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科研绘图——R绘制柱状图

R语言科研绘图——柱状图前言使用R语言绘制能够发表的图片,ggplot2是一个很好的选择。并且一些基于ggplot2开发的包,能够达到这个目标。graphpadprism做出来的图深得大家喜爱,因此本系列的文章就利用R语言ggprism这个包进绘制image.png一、柱状图柱状图在绘图中经常使用到,例如PCR的数据结果,绘制过程如下二、使用工具1.所使用的包为了科研绘图的美观,所以使用了ggprism这个包的绘制,能够绘制出和graphpadprism类似的效果,便于放在论文中发表2.数据特征使用的是R自带的ToothGrowth数据,包含了三个数据len是指牙生长的长度suppfactor

柱状图|GO、KEGG|标签与柱状图颜色对应

有小伙伴发来图,想让实现一下,是一个KEGG分析的柱状图,图的特点是文字标签颜色与柱子颜色一样,其实这个图也就这么一个特点,其他的柱状图的特征都没有什么,很普通的ggplot做法,最终效果如下:image.png首先读入数据,示例数据使用的是之前的文章:复现《naturecommunications》图表(四):ggplot画多组富集气泡图。setwd("E:/")A先做一个普通的柱状图。只需要两个参数,一个是genecount,一个是富集的GO或者KEGGterms。ggplot(A)+geom_bar(aes(Description,Count),stat="identity")+coor

柱状图|GO、KEGG|标签与柱状图颜色对应

有小伙伴发来图,想让实现一下,是一个KEGG分析的柱状图,图的特点是文字标签颜色与柱子颜色一样,其实这个图也就这么一个特点,其他的柱状图的特征都没有什么,很普通的ggplot做法,最终效果如下:image.png首先读入数据,示例数据使用的是之前的文章:复现《naturecommunications》图表(四):ggplot画多组富集气泡图。setwd("E:/")A先做一个普通的柱状图。只需要两个参数,一个是genecount,一个是富集的GO或者KEGGterms。ggplot(A)+geom_bar(aes(Description,Count),stat="identity")+coor