论文MiDAS4:Aglobalcatalogueoffull-length16SrRNAgenesequencesandtaxonomyforstudiesofbacterialcommunitiesinwastewatertreatmentplantshttps://www.nature.com/articles/s41467-022-29438-7数据链接https://figshare.com/articles/dataset/Dueholm2021a_data_zip/16566408/1代码链接https://github.com/msdueholm/MiDAS4今天的推文重复一下

论文Chromosome-levelassembliesofmultipleArabidopsisgenomesrevealhotspotsofrearrangementswithalteredevolutionarydynamicshttps://www.nature.com/articles/s41467-020-14779-y拟南芥NC_panGenome.pdf分析代码的github主页https://github.com/schneebergerlab/AMPRIL-genomes论文中组装了7个拟南芥的基因组，做了一些泛基因组相关的分析，数据和大部分代码都公开了，我们试着复现一下其

目录一、遇到问题二、找到报错具体原因 三、解决办法 一、遇到问题在电脑上面有多个mysql版本的时候。可能会启用之前的mysql版本的执行路径，所以导致出现了这个mysql连接错误。com.mysql.jdbc.exceptions.jdbc4.CommunicationsException:Communicationslinkfailu

论文MiDAS4:Aglobalcatalogueoffull-length16SrRNAgenesequencesandtaxonomyforstudiesofbacterialcommunitiesinwastewatertreatmentplantshttps://www.nature.com/articles/s41467-022-29438-7数据链接https://figshare.com/articles/dataset/Dueholm2021a_data_zip/16566408/1代码链接https://github.com/msdueholm/MiDAS4今天的推文我们重复

复杂散点图从这个系列开始，师兄就带着大家从各大顶级期刊中的Figuer入手，从仿照别人的作图风格到最后实现自己游刃有余的套用在自己的分析数据上！这一系列绝对是高质量！还不赶紧点赞+在看，学起来！参考文献本期分享的是NatureCommunications上一篇关于机器学习的文章中的散点图。这个散点图的亮点在于充分利用了散点的填充和描边属性，将两者与图形要表达的意义相结合，另外再加上散点的大小属性，使得这个图非常的美观且内涵丰富。内容很充实，记得点赞哦！话不多说，直接上图！示例数据和代码获取跟着NatureMedicine学作图--复杂散点图读图原图这个散点图的亮点在于充分利用了散点的填充和描边

论文Ahighlyconservedcorebacterialmicrobiotawithnitrogen-fixationcapacityinhabitsthexylemsapinmaizeplantshttps://www.nature.com/articles/s41467-022-31113-w本地pdfs41467-022-31113-w.pdf数据代码链接https://github.com/PlantNutrition/Liyu今天的推文我们重复一下论文中的Figure2fimage.png这个图怎们看，然后表达的是什么含义，我暂时还想不明白，论文中给的图注是Ternaryplo

论文Alatitudinalgradientofdeep-seainvasionsformarinefisheshttps://www.nature.com/articles/s41467-023-36501-4s41467-023-36501-4.pdf论文中对应的图实现的代码都有，链接是https://github.com/stfriedman/Depth-transitions-paper里面有个弦图很好看，在论文中对应的是figure3,对应画图代码是上面链接中的figure2image.png论文中的作图数据是没有提供的，这里我就随便构造一个数据，能够把论文中提供的代码运行通就可以示

论文Meta-analysisoftheimpactsofglobalchangefactorsonsoilmicrobialdiversityandfunctionalityhttps://www.nature.com/articles/s41467-020-16881-7#Sec15论文里提供了数据和代码，很好的学习素材这篇论文是公众号的一位读者留言，说这篇论文提供了数据和代码，但是代码比较长，看起来比较吃力。我看了论文中提供的代码，大体上能够看懂，争取抽时间把论文中提供的代码都复现一下。因为论文中的图都对应着提供了作图数据，我们想复现论文中的图。关于用原始数据分析的部分后续有时间在单独介

数据库url中useSSL=true，可能引起报错：com.mysql.jdbc.exceptions.jdbc4.CommunicationsException:Communicationslinkfailure.解决:如果报错可以把jdbc.url里的useSSL=true改成false或者可以先删除原因：修改是因为根据MySQL5.5.45+、5.6.26+和5.7.6+的要求，为了数据的安全及维护，如果不设置显式选项，则必须建立默认的SSL连接（True），改成false关掉就好，删除的话是不建议在没有服务器身份验证的情况下建立SSL连接其他报错查看bug提示进行修改1.driver=

问题分析步骤一：(刚开始出现问题时，习惯性直接搜索第一行的错误信息，导致走了好多弯路)报错信息：Thelastpacketsentsuccessfullytotheserverwas0millisecondsago.Thedriverhasnotreceivedanypacketsfromtheserver.最后一个成功发送到服务器的数据包是0毫秒前。驱动程序尚未从服务器接收到任何数据包。解答：如果出现以上问题（问题分析步骤一），则可使用数据库连接工具进行测试，查看连接是否正常，如正常则请看步骤二。如不正常可以查看数据库的wait_timeout的值以判断是否正常。问题分析步骤二：（在报错信息