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python - 科学模拟数据的数据持久化,Mongodb + HDF5?

我正在开发一个涉及多个物理场和模拟器的MonteCarlo模拟软件包。我需要进行在线分析,跟踪派生数据对原始数据的依赖性,并执行诸如“给我温度>400和(x0,y0)附近位置的波形”之类的查询。所以内存中的数据模型比较复杂。应用程序是用Python编写的,每个模拟结果都被建模为一个Python对象。它每小时产生约100个结果(对象)。大多数对象都有大量数据(几MB的二进制数字数组),以及一些轻型数据(温度、位置等)。总数据生成速率为每小时几GB。我需要一些数据持久性解决方案和易于使用的查询API。我已经决定将大量数据(数字数组)存储在HDF5存储中。我正在考虑使用MongoDB作为对象

一个例子了解通过Openharmony的HDF框架实现简易驱动的流程

HDF是什么?官方说明:HDF(HardwareDriverFoundation)驱动框架,为驱动开发者提供驱动框架能力,包括驱动加载、驱动服务管理和驱动消息机制。旨在构建统一的驱动架构平台,为驱动开发者提供更精准、更高效的开发环境,力求做到一次开发,多系统部署。以下通过一个最简易的例程来了解HDF,并且解释如何通过HDF框架来开发Openharmony平台设备(PlatformDevice)驱动,为系统及外设驱动提供访问接口。一、创建内核态驱动(KHDF)示例驱动本例在Openharmony中的V3.1版本中,创建KHDF驱动程序。1.1创建KHDF项目创建KHDF驱动程序步骤如下:添加目录

python - "Large data"使用 Pandas 的工作流程

几个月来,我在学习Pandas的过程中一直试图找出这个问题的答案。我在日常工作中使用SAS,它的核心外支持非常棒。然而,由于许多其他原因,SAS作为一款软件很糟糕。有一天,我希望用Python和Pandas取代我对SAS的使用,但我目前缺乏用于大型数据集的核心外工作流程。我说的不是需要分布式网络的“大数据”,而是大到无法放入内存但小到可以放入硬盘的文件。我的第一个想法是使用HDFStore将大型数据集保存在磁盘上并仅将我需要的部分提取到数据帧中进行分析。其他人提到MongoDB是一种更易于使用的替代方案。我的问题是这样的:完成以下工作的最佳实践工作流程有哪些:将平面文件加载到永久的磁盘

python - "Large data"使用 Pandas 的工作流程

几个月来,我在学习Pandas的过程中一直试图找出这个问题的答案。我在日常工作中使用SAS,它的核心外支持非常棒。然而,由于许多其他原因,SAS作为一款软件很糟糕。有一天,我希望用Python和Pandas取代我对SAS的使用,但我目前缺乏用于大型数据集的核心外工作流程。我说的不是需要分布式网络的“大数据”,而是大到无法放入内存但小到可以放入硬盘的文件。我的第一个想法是使用HDFStore将大型数据集保存在磁盘上并仅将我需要的部分提取到数据帧中进行分析。其他人提到MongoDB是一种更易于使用的替代方案。我的问题是这样的:完成以下工作的最佳实践工作流程有哪些:将平面文件加载到永久的磁盘

李俊刚:我是如何在OpenHarmony完成ap6275s WiFi驱动的HDF适配工作的?

编者按:在OpenHarmony生态发展过程中,涌现了大批优秀的代码贡献者,本专题旨在表彰贡献、分享经验,文中内容来自嘉宾访谈,不代表OpenHarmony工作委员会观点。 李俊刚深圳开鸿数字产业发展有限公司资深OS驱动开发工程师 开源之风盛行,有人站在门口跃跃欲试,有人已经进场大展身手。OpenAtomOpenHarmony(简称“OpenHarmony”)吸引了不少开发者和合作伙伴,各行各业的开发者投身其中,全方位地面向OpenHarmony社区进行开源贡献,李俊刚便是其中的一位。李俊刚是深圳市开鸿数字产业发展有限公司的一名OS驱动开发工程师,自今年1月加入OpenHarmony生态以来,

李俊刚:我是如何在OpenHarmony完成ap6275s WiFi驱动的HDF适配工作的?

编者按:在OpenHarmony生态发展过程中,涌现了大批优秀的代码贡献者,本专题旨在表彰贡献、分享经验,文中内容来自嘉宾访谈,不代表OpenHarmony工作委员会观点。 李俊刚深圳开鸿数字产业发展有限公司资深OS驱动开发工程师 开源之风盛行,有人站在门口跃跃欲试,有人已经进场大展身手。OpenAtomOpenHarmony(简称“OpenHarmony”)吸引了不少开发者和合作伙伴,各行各业的开发者投身其中,全方位地面向OpenHarmony社区进行开源贡献,李俊刚便是其中的一位。李俊刚是深圳市开鸿数字产业发展有限公司的一名OS驱动开发工程师,自今年1月加入OpenHarmony生态以来,

Python批量读取HDF多波段栅格数据并绘制像元直方图

  本文介绍基于Python语言gdal模块,实现多波段HDF栅格图像文件的读取、处理与像元值可视化(直方图绘制)等操作。  另外,基于gdal等模块读取.tif格式栅格图层文件的方法可以查看Python批量绘制遥感影像数据的直方图,读取单波段.hdf格式栅格图层文件的方法可以查看PythonGDAL读取栅格数据并基于质量评估波段QA对指定数据加以筛选掩膜。  本文期望实现的需求为:现有一存放.tif格式的全球LAI产品栅格数据的路径,需将这一路径下的全部LAI产品栅格数据依据另一路径下存放的全球MODIS植被覆盖类型产品栅格数据进行像元分类,并绘制全球每一种植被类型对应的LAI数值直方图。在

Python批量读取HDF多波段栅格数据并绘制像元直方图

  本文介绍基于Python语言gdal模块,实现多波段HDF栅格图像文件的读取、处理与像元值可视化(直方图绘制)等操作。  另外,基于gdal等模块读取.tif格式栅格图层文件的方法可以查看Python批量绘制遥感影像数据的直方图,读取单波段.hdf格式栅格图层文件的方法可以查看PythonGDAL读取栅格数据并基于质量评估波段QA对指定数据加以筛选掩膜。  本文期望实现的需求为:现有一存放.tif格式的全球LAI产品栅格数据的路径,需将这一路径下的全部LAI产品栅格数据依据另一路径下存放的全球MODIS植被覆盖类型产品栅格数据进行像元分类,并绘制全球每一种植被类型对应的LAI数值直方图。在

在VMD上可视化hdf5格式的分子轨迹文件

技术背景在处理分子动力学模拟的数据时,不可避免的会遇到众多的大轨迹文件。因此以什么样的格式来存储这些庞大的轨迹数据,也是一个在分子动力学模拟软件设计初期就应该妥善考虑的问题。现有的比较常见的方式,大致可以分为存成明文的和存成二进制的两种方式。这两种方式各有优劣,明文存储可读性较好,二进制文件压缩率较好,不会占用太大的空间。又因为我们也不会经常性的去打开轨迹文件一个一个的检索,因此二进制文件是一个更好的存储格式选项。如果不仅仅限于分子动力学模拟的领域,在其他数据领域经常用的格式有npz等。而经过各种格式的对比之后,发现hdf5格式是一种非常适合用来存储分子动力学轨迹的文件,其原因主要有:层级结构

在VMD上可视化hdf5格式的分子轨迹文件

技术背景在处理分子动力学模拟的数据时,不可避免的会遇到众多的大轨迹文件。因此以什么样的格式来存储这些庞大的轨迹数据,也是一个在分子动力学模拟软件设计初期就应该妥善考虑的问题。现有的比较常见的方式,大致可以分为存成明文的和存成二进制的两种方式。这两种方式各有优劣,明文存储可读性较好,二进制文件压缩率较好,不会占用太大的空间。又因为我们也不会经常性的去打开轨迹文件一个一个的检索,因此二进制文件是一个更好的存储格式选项。如果不仅仅限于分子动力学模拟的领域,在其他数据领域经常用的格式有npz等。而经过各种格式的对比之后,发现hdf5格式是一种非常适合用来存储分子动力学轨迹的文件,其原因主要有:层级结构