论文PlasmaproteomeanalysesinindividualsofEuropeanandAfricanancestryidentifycis-pQTLsandmodelsforproteome-wideassociationstudieshttps://www.nature.com/articles/s41588-022-01051-w本地pdfs41588-022-01051-w.pdf代码链接https://zenodo.org/record/6332981#.YroV0nZBzichttps://github.com/Jingning-Zhang/PlasmaProtein/
RNA-seq入门实战整体分析流程前言：进行RNA-seq入门实战首先需要有一定的linux与R基础，推荐跟着B站生信技能树-jimmy老师学习打牢基础：【生信技能树】生信人应该这样学linux(更新至第14集)_哔哩哔哩_bilibili【生信技能树】生信人应该这样学R语言_哔哩哔哩_bilibili本节概览：Linux下RNA-seq环境创建:Ubuntu子系统下载安装、Mniconda3与上游分析软件下载R下RNA-seq环境创建R与Rstudio下载安装、Bioconductor与R包下载1.Linux环境设置1.1Linux系统的创建——Ubuntu运行Linux系统一般使用服务器或
因为FrontiersInImmunology要求提供图片的时候选择“对色盲友好”的配色，因此尝试了一下这个包。但是非常困惑的是经常报错。今天终于解决了问题。记录一下。Viridis包的用法首先加载相关的包并作一个简单的图>library(ggpubr)>library(ggplot2)>library(viridis)原图用的是ggplot2默认的调色板之后用Viridis调色，主要是加了这么一条函数：scale_fill_viridis(option="magma")+然后就花式报错Error:Discretevaluesuppliedtocontinuousscale大概意思用一个连续型
最近折腾Shiny的时候接触到了一款非常好用的数据读取包。写一下备忘录。1.自动识别分隔文件vroom有自动识别文件格式功能，所以不管是csv，还是tsv文件都只需要同一个读取指令vroom(”xxx.csv”)就可以。library(vroom)dataObservations:336,776#>Variables:19#>chr[4]:carrier,tailnum,origin,dest#>dbl[14]:year,month,day,dep_time,sched_dep_time,dep_delay,arr_time,sched_arr...#>dttm[1]:time_hour#>#
上一篇我们讲了传统venn图的画法，今天测试另外一个包VennDetail，有点还是它综合了upset，从而能处理大于5维的数据。首先没有安装的话，安装这个包。library(devtools)install_github("guokai8/VennDetail")我们这次测试用的是T2DM的测试数据。T2DM数据包括三组差异表达基因(DEGs)。通过比较db/db糖尿病小鼠和进行吡格列酮治疗的db/db小鼠，在三种不同的组织、肾皮质、肾小球和坐骨神经中获得了三个DEGs数据集。通过使用Cuffdiff确定差异表达，错误发现率(FDR)library(VennDetail)data(T2DM)
拟时序分析是单细胞测序高级分析之一，其中引用量最多的一是Monocle，其次就是velocyto。velocyto分为python版本和R版本，python版本用于分析得到上游loom文件，而R版本则用于下游分析及可视化。不得不说，velocyto.R是我安装的所有R包中最为复杂的，花了一下午去研究各个教程及github中各位大神的解答，终于在我的MacM1中成功加载。以下内容参考了多种来源资料，如有侵权请联系我删除，谢谢。velocyto.R的安装语法首先我参考了生信技能树的一篇帖子《在Mac或者Linux上面安装velocyto.R的成功经验分享》，代码很简单：remotes::insta
论文Commonanti-cancertherapiesinducesomaticmutationsinstemcellsofhealthytissuehttps://www.nature.com/articles/s41467-022-33663-5#Sec18今天的推文我们重复一下论文中的Figure1a，看起来非常像一个表格，很有意思image.png我们使用ggplot2来实现，主要分为三个部分，文本，形状，和背景的灰色条首先是文本的部分数据截图image.png形状的三个数据截图image.png背景灰色条数据截图image.png总共5份数据，放在同一个excel文件里，5个不同的
我正在使用R、MySQL、Sweave和LaTeX生成查询数据库的报告。我的问题是，由于R代码嵌入在.Rnw文件中，我似乎无法控制多行格式。我嵌入了以下R代码:library(RMySQL)con然后我在Sweave生成的PDF中得到以下输出:>library(RMySQL)>condataqueryCatCat结果是SELECT查询在页面外运行。有没有办法让LaTeX输出显示编写的SQL查询？ 最佳答案 在代码块选项中添加keep.source选项，并设置为true>=query在latex源中是这样处理的:\begin{Sc
论文Graphpangenomecapturesmissingheritabilityandempowerstomatobreedinghttps://www.nature.com/articles/s41586-022-04808-9#MOESM8没有找到论文里的作图的代码，但是找到了部分做图数据，我们可以用论文中提供的原始数据模仿出论文中的图今天的推文重复一下论文中的Figure4bFigure4c箱线图叠加蜂群图Figure4b的部分数据截图image.png读取数据library(readxl)dat.fig4b作图代码(ggplot2)library(latex2exp)librar
之前找了很多信息，见到的都是用行画PCA，用列的大多都是使用fviz_pca_var这个函数，但这个函数椭圆我又死活加不上，再加上画椭圆时的分组信息又没法加在原数据里，纠结了很久。但最后还是被我试出来了。先放个原数据格式：imageimagelibrary("FactoMineR")library("factoextra")library("dplyr")data=read.csv("G:/TPTNW.csv",row.names="gene_id")这是分组信息datagroup=read.csv("G:/TPTNWgroup.csv")t()用于转换矩阵行列，用起来方便省事verdata=
