kraken是微生物组分析进行物种分类的工具，目前已经是第二代kraken2了。kraken2对比kraken重点优化了数据库创建速度和数据库大小，以及分类速度。kraken用k-mer方法对输入数据的每一条序列进行分类分析。将每一条序列分成多个k-mers,每个k-mer在分类数据库寻找LCA(lowestcommonancestor),序列所有k-mers所在的分类及其祖先组成一个分类树————属于总分类树的子集，这个分类树每个节点的权重是序列k-mers分配到该分类的次数。分类树上每个RTL(root-to-leaf)路径得分是这些权重总分，得分最高的路径是分类路径。然后将该路径分类le

微生物数据特点SparsityCompositionalOverdispersionSparsity即使在同一环境中，不同样本的微生物出现概率或者丰度都是不一样的，大部分微生物丰度极低。又因为在测序仪的检测极限下，微生物丰度（相对或绝对丰度）为0的概率又极大增加了。除此之外，比对所使用的数据库大小也即是覆盖物种率也会对最终的微生物丰度表达谱有较大的影响。最后我们所获得的微生物丰度谱必然含有大量的零值，它有两种情况，一种是真实的零值，另一种是误差导致的零值。很多算法会针对这两个特性构建不同的处理零值策略。零值数量的大小构成了微生物丰度谱稀疏性。在某次16s数据的OTU水平中，零值比例高达80%以

微生物数据特点SparsityCompositionalOverdispersionSparsity即使在同一环境中，不同样本的微生物出现概率或者丰度都是不一样的，大部分微生物丰度极低。又因为在测序仪的检测极限下，微生物丰度（相对或绝对丰度）为0的概率又极大增加了。除此之外，比对所使用的数据库大小也即是覆盖物种率也会对最终的微生物丰度表达谱有较大的影响。最后我们所获得的微生物丰度谱必然含有大量的零值，它有两种情况，一种是真实的零值，另一种是误差导致的零值。很多算法会针对这两个特性构建不同的处理零值策略。零值数量的大小构成了微生物丰度谱稀疏性。在某次16s数据的OTU水平中，零值比例高达80%以

发表期刊：ScienceoftheTotalEnvironment(IF=7.963)发表时间：2021样本类型：土壤沉积物DOI: 10.1016/j.scitotenv.2021.1512研究背景    了解富营养化对潮汐滩地生态系统的影响，有利于沿海生态系统的恢复和管理。本文研究了在不同富营养化水平下的潮汐滩地沉积物中细菌和古细菌群落的多样性、群落组成、构建机制和潜在的代谢功能。实验设计    本研究在江苏沿岸潮汐滩地的两个纵向剖面（XS段和DL段）上进行。2020年8月，在XS段（34°N，119°E）和DL段（33°N，120°E）分别设置了6个（X1-X6）和5个采样点（D1-D5

发表期刊：ScienceoftheTotalEnvironment(IF=7.963)发表时间：2021样本类型：土壤沉积物DOI: 10.1016/j.scitotenv.2021.1512研究背景    了解富营养化对潮汐滩地生态系统的影响，有利于沿海生态系统的恢复和管理。本文研究了在不同富营养化水平下的潮汐滩地沉积物中细菌和古细菌群落的多样性、群落组成、构建机制和潜在的代谢功能。实验设计    本研究在江苏沿岸潮汐滩地的两个纵向剖面（XS段和DL段）上进行。2020年8月，在XS段（34°N，119°E）和DL段（33°N，120°E）分别设置了6个（X1-X6）和5个采样点（D1-D5