草庐IT

细胞分割

全部标签

【语义分割】ST_Unet论文 逐步代码解读

【语义分割】ST_Unet论文逐步代码解读文章目录【语义分割】ST_Unet论文逐步代码解读一、代码整体解读二、辅助Decode代码框架2.1混合transformer和cnn的模型2.2Swintransformer部分2.3FCM部分三、主Decode代码框架3.1基本卷积模块3.2RAM3.3输出参数四、Encode代码4.1block函数解析4.2上采样还原一、代码整体解读主要工程文件为这5个分别作用为:构造相应的deform卷积DCNN的残差网络编写相应的配置文件,可以改变相应参数模型的主函数和主框架模型的连接部分二、辅助Decode代码框架代码框架由3部分组成,encode,dec

YOLOv5+BiSeNet——同时进行目标检测和语义分割

前言在Gayhub上看到个项目,有人在YOLOv5的基础上,新增了一个分割头,把BiSeNet语义分割算法加入到了目标检测中,使其能够同时进行目标检测和语义分割。项目地址:https://github.com/TomMao23/multiyolov5效果预览先看我使用原作者提供的模型,复刻出来的效果:(本来想放视频的,不过传了两次CSDN都莫名其妙消失了,那就放动图了)模型架构目标检测模型采用的是YOLOv5,具体原理在我之前的博文【目标检测】从YOLOv1到YOLOX(理论梳理)里已经详细解读过。语义分割模型采用的是部分BiSeNet结构,因为我不是这个方向的,具体原理不做细究,放张BiSe

语义分割学习笔记(五)U-net网络

推荐课程:U-Net网络结构讲解(语义分割)_哔哩哔哩_bilibili感谢博主霹雳吧啦Wz /太阳花的小绿豆提供视频讲解和源码支持!目录1.U-net网络模型2.分割效果3.U-Net源码解析(Pytorch版)4.测试结果1.U-net网络模型U-Net网络由两部分构成,contractingpath(收缩路径)和expandingpath(扩展路径)。U-Net网络训练过程:1.contractingpath(收缩路径):由4组{两个3x3卷积层+一个池化层(下采样)}构成。输入特征图(572x572x1)--conv(3x3卷积)-->长、宽、通道数(570x570x64)--conv

COCO_01 数据集介绍 COCO目标检测分割数据集格式

文章目录1COCO数据集介绍2COCO数据集目标检测和分割格式2.1images2.2categories2.3annotations参考1COCO数据集介绍COCO数据集是常用的目标检测和分割数据集,可以用于分类、目标检测、分割以及人体关键点检测等任务,这里我们重点关注目标检测与分割其中目标类别objectcategories80个(不包括背景)物体类别stuffcategories91(包括背景,背景也被分为不同的物体类)情景描述captionsperimage每张图片5段情景描述人体关键点peoplewithkeypoints25w个人进行关键点标注**NOTE:**stuffcateg

单细胞差异基因可视化|Seurat和scanpy提取细胞簇主要差异基因(DEG)并绘制气泡图

1.背景单细胞数据分析在进行完细胞自聚类或者细胞类型注释后,一般需要对查到的差异基因可视化,用来显示基因和细胞群的相关性,进行后续分析。当然Seurat和scanpy本身可视化的方式有非常多,例如featureplot,violinplot,dotplot等,但是问题在于差异基因分析后,如何快速将每个细胞簇所对应的topdeg汇总,然后再对接函数绘制成图像。Seurat的操作比较简单,因为FindMarker()后自身生成的就是一个数据框,但scanpy的sc.tl.rank_genes_groups()就没有那么用户友好了。2.Seurat的实现library(Seurat)library(

论文阅读—2023.7.13:遥感图像语义分割空间全局上下文信息网络(主要为unet网络以及改unet)附加个人理解与代码解析

前期看的文章大部分都是深度学习原理含量多一点,一直在纠结怎么改模型,论文看的很吃力,看一篇忘一篇,总感觉摸不到方向。想到自己是遥感专业,所以还是回归遥感影像去谈深度学习,回归问题,再想着用什么方法解决问题。一、问题与解决方法 1、易丢失空间信息在Decoder阶段输出多尺度特征,与ReEncoder阶段结合获取全局上下文信息2、边界信息不明确 保留边界损失函数,设计多尺度损失函数级联方法 AttentionU-Net,在U-Net网络高低级语义信息融合的过程中,加入注意力控制模块(Attentiongates),强化了有效信息的传递,对无效信息的传输进行抑制。二、原理1、问题一的原理Unet网

【单细胞】monocle2拟时序分析图美化(2)

前面那个帖子我们讲了如何提取monocle2的结果,然后利用pheatmap自己可以进行多方位的美化。今天我们测试一下如何利用complexheatmap进行更多的美化,因为相对来说complexheatmap能做更多的控制和美化。annotation_col=data.frame( pseudotime=rescale(newdata$Pseudotime,to=c(-1,1)))row.names(annotation_col)annotation_rowrow.names(annotation_row)rowcolornames(rowcolor)ann_colors         C

【图像分割】传统分割算法—分水岭算法(包含基于opencv的实例展示)

一、分水岭算法原理分水岭算法将图像看作地理学中的地形表面,图像中的高灰度值区域被看作山峰,低灰度值区域被看作山谷。进而实现图像的分割。假如我们向“山谷”中注水,水位则会逐渐升高,然后不同山谷的水就会汇集在一起,如果我们阻止来自不同山谷的水汇集,我们需在水流可能交汇处建立堤坝,我们需要把图像分成两个不同的集合:集水盆地和分水岭线。我们建立的堤坝即是分水岭线,也即是对原图像的分割。但是由于图像中的噪声或任何其他不规则性,这种方法会造成过度分割的结果。所以OpenCV实现了一种基于标记的分水岭算法,您可以指定哪些是所有要合并的山谷点,哪些不是。这是一种交互式图像分割。我们所做的是为我们知道的对象给出

语义分割数据集(多分类)制作

1:使用labelme标注工具直接在命令行安装或者在anaconda下面新建虚拟环境安装(避免污染环境,不用的时候可以直接delete该环境)直接命令行(base)安装pipinstalllabelmelabelme创建虚拟环境安装,python版本选择3.6.x,打开AnacondaPromptcondacreate-nlabelmepython=3.6condaactivatelabelmepipinstalllabelmelabelme当前自动安装的版本为labelme-4.5.6标注信息图如下woman.pngplane.pngcomputer.pngtrain.png2:使用提供的脚