草庐IT

python - 使 Python 脚本与 linux 包相结合，易于最终用户安装

coder 2023-06-17 原文

我编写了一个使用 numpy、多处理、tqdm 和 feq 其他 Python 库的 python 脚本。此外，我运行的软件包(例如 samtools、bwa、GATK)集是在 linux 中安装所必需的(apt-get install)。

我想以某种方式包装所有这些依赖项，以使最终安装尽可能对用户友好和稳定。

似乎 pip 在这里不是一个选项，因为我的示例包含非 python 包。

也许 Docker 或创建具有所有这些依赖项的 conda 环境是可能的，但我并没有真正了解如何管理它。

最佳答案

我不会在某些计算机/服务器上安装软件，因为它可能会破坏该系统上运行的其他软件。相反，我会创建一个 deb 包并设置必须安装的软件的依赖关系，以指导用户完成安装。

<强>1。创建deb目录结构
deb 目录包含包的最终脚本/二进制文件。 source 有你的 python 代码。

$ cd $HOME/path/to/some/directory
$ mkdir -p ./deb/DEBIAN ./source
$ touch ./Makefile ./source/Makefile ./deb/DEBIAN/{control,preinst} ./source/hello-world.py
$ chmod +x ./deb/DEBIAN/preinst

<强>2。添加文件
下面我添加了每个文件的内容。您应该能够根据自己的需要实现它。

./Makefile:此文件负责生成源代码和 deb。

PACKAGE         := hello-world

DEB_DIR         := deb
DEB_FILE        := $(PACKAGE).deb

SOURCE_DIR      := source
SOURCE_IN       := $(SOURCE_DIR)/$(PACKAGE).py
SOURCE_OUT      := $(DEB_DIR)/usr/bin/

.PHONY: all clean
all:
        @make -C $(SOURCE_DIR) CROSS_COMPILE=$(CROSS_COMPILE)
        @mkdir -p $(SOURCE_OUT)
        @cp -r $(SOURCE_IN) $(SOURCE_OUT)
        @chmod -R a-s $(DEB_DIR)
        @dpkg-deb --build $(DEB_DIR) $(DEB_FILE)

clean:
        @rm -rf $(DEB_FILE) $(SOURCE_OUT)
        @make -C $(SOURCE_DIR) clean

./deb/DEBIAN/control:Debian 包管理器的控制文件。

Package: hello-world
Version: 1
Section: misc
Priority: optional
Architecture: all
Depends: libc6 (>= 2.24), python (>=2.7.13), virtualenv (>=1.11.6)
Maintainer: Your name <your-name@domain.org>
Description: This is a deb package to install an application

./deb/DEBIAN/preinst:您可以在其中安装 python 包的文件。它在安装 hello-world.py 之前运行。同样，确保您不只是(重新)安装/更新库。它可能会导致其他软件出现不兼容问题。

#! /bin/bash
virtualenv -p /usr/bin/python3 venv/
source venv/bin/activate
pip install -r ./requirements.txt

./source/Makefile:我用来测试此设置的文件。

MYFILE=hello-world.py
all:
        @echo "#!/usr/bin/python\n\
        print('Hello world!')" > $(MYFILE)
        @chmod +x $(MYFILE)
clean:
        @rm $(MYFILE)

<强>3。安装和拆卸 安装非常简单，只需使用dpkg。

dpkg -i hello-world.deb # for installation
dpkg -r hello-world     # for removal

一个不错的功能是您不必担心软件的版本控制，因为它是在 control 文件中完成的。 Debian 有一个相当不错的 tutorial如果您有兴趣阅读更多内容。

编辑:
在示例中添加了 virtualenv。 Python 包应该安装在虚拟环境中，而不是全局安装。

关于python - 使 Python 脚本与 linux 包相结合，易于最终用户安装，我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题： https://stackoverflow.com/questions/56916422/

易于pythoncodeSOURCEstronglinuxbashinstallation

有关python - 使 Python 脚本与 linux 包相结合，易于最终用户安装的更多相关文章

  1. python - 如何使用 Ruby 或 Python 创建一系列高音调和低音调的蜂鸣声？ - 2

    关闭。这个问题是opinion-based.它目前不接受答案。想要改进这个问题？更新问题，以便editingthispost可以用事实和引用来回答它.关闭4年前。Improvethisquestion我想在固定时间创建一系列低音和高音调的哔哔声。例如:在150毫秒时发出高音调的蜂鸣声在151毫秒时发出低音调的蜂鸣声200毫秒时发出低音调的蜂鸣声250毫秒的高音调蜂鸣声有没有办法在Ruby或Python中做到这一点？我真的不在乎输出编码是什么(.wav、.mp3、.ogg等等)，但我确实想创建一个输出文件。

  2. ruby-on-rails - 结合 meta_search 与 acts_as_taggable_on - 2

    我在开发的Rails3网站的一些搜索功能上遇到了一个小问题。我有一个简单的Post模型，如下所示:classPost我正在使用acts_as_taggable_on来更轻松地向我的帖子添加标签。当我有一个标记为“rails”的帖子并执行以下操作时，一切正常:@posts=Post.tagged_with("rails")问题是，我还想搜索帖子的标题。当我有一篇标题为“Helloworld”并标记为“rails”的帖子时，我希望能够通过搜索“hello”或“rails”来找到这篇帖子。因此，我希望标题列的LIKE语句与acts_as_taggable_on提供的tagged_with方法

  3. ruby - 在 64 位 Snow Leopard 上使用 rvm、postgres 9.0、ruby 1.9.2-p136 安装 pg gem 时出现问题 - 2

    我想为Heroku构建一个Rails3应用程序。他们使用Postgres作为他们的数据库，所以我通过MacPorts安装了postgres9.0。现在我需要一个postgresgem并且共识是出于性能原因你想要pggem。但是我对我得到的错误感到非常困惑当我尝试在rvm下通过geminstall安装pg时。我已经非常明确地指定了所有postgres目录的位置可以找到但仍然无法完成安装:$envARCHFLAGS='-archx86_64'geminstallpg--\--with-pg-config=/opt/local/var/db/postgresql90/defaultdb/po

  4. ruby - 如何将脚本文件的末尾读取为数据文件(Perl 或任何其他语言) - 2

    我正在寻找执行以下操作的正确语法(在Perl、Shell或Ruby中):#variabletoaccessthedatalinesappendedasafileEND_OF_SCRIPT_MARKERrawdatastartshereanditcontinues. 最佳答案 Perl用__DATA__做这个:#!/usr/bin/perlusestrict;usewarnings;while(){print;}__DATA__Texttoprintgoeshere 关于ruby-如何将脚

  5. ruby - 完全离线安装RVM - 2

    我打算为ruby​​脚本创建一个安装程序，但我希望能够确保机器安装了RVM。有没有一种方法可以完全离线安装RVM并且不引人注目(通过不引人注目，就像创建一个可以做所有事情的脚本而不是要求用户向他们的bash_profile或bashrc添加一些东西)我不是要脚本本身，只是一个关于如何走这条路的快速指针(如果可能的话)。我们还研究了这个很有帮助的问题:RVM-isthereawayforsimpleofflineinstall?但有点误导，因为答案只向我们展示了如何离线在RVM中安装ruby。我们需要能够离线安装RVM本身，并查看脚本https://raw.github.com/wayn

  6. ruby-on-rails - rails 目前在重启后没有安装 - 2

    我有一个奇怪的问题:我在rvm上安装了ruby​​onrails。一切正常，我可以创建项目。但是在我输入“railsnew”时重新启动后，我有“程序'rails'当前未安装。”。SystemUbuntu12.04ruby-v"1.9.3p194"gemlistactionmailer(3.2.5)actionpack(3.2.5)activemodel(3.2.5)activerecord(3.2.5)activeresource(3.2.5)activesupport(3.2.5)arel(3.0.2)builder(3.0.0)bundler(1.1.4)coffee-rails(

  7. ruby - 如何为 emacs 安装 ruby​​-mode - 2

    我刚刚为fedora安装了emacs。我想用emacs编写ruby。为ruby​​提供代码提示、代码完成类型功能所需的工具、扩展是什么？ 最佳答案 ruby-mode已经包含在Emacs23之后的版本中。不过，它也可以通过ELPA获得。您可能感兴趣的其他一些事情是集成RVM、feature-mode(Cucumber)、rspec-mode、ruby-electric、inf-ruby、rinari(用于Rails)等。这是我当前用于Ruby开发的Emacs配置:https://github.com/citizen428/emacs

  8. ruby-on-rails - 无法在centos上安装therubyracer(V8和GCC出错) - 2

    我正在尝试在我的centos服务器上安装therubyracer，但遇到了麻烦。$geminstalltherubyracerBuildingnativeextensions.Thiscouldtakeawhile...ERROR:Errorinstallingtherubyracer:ERROR:Failedtobuildgemnativeextension./usr/local/rvm/rubies/ruby-1.9.3-p125/bin/rubyextconf.rbcheckingformain()in-lpthread...yescheckingforv8.h...no***e

  9. ruby-on-rails - 独立 ruby​​ 脚本的配置文件 - 2

    我有一个在Linux服务器上运行的ruby​​脚本。它不使用rails或任何东西。它基本上是一个命令行ruby​​脚本，可以像这样传递参数:./ruby_script.rbarg1arg2如何将参数抽象到配置文件(例如yaml文件或其他文件)中？您能否举例说明如何做到这一点？提前谢谢你。 最佳答案 首先，您可以运行一个写入YAML配置文件的独立脚本:require"yaml"File.write("path_to_yaml_file",[arg1,arg2].to_yaml)然后，在您的应用中阅读它:require"yaml"arg

  10. ruby - 通过 RVM (OSX Mountain Lion) 安装 Ruby 2.0.0-p247 时遇到问题 - 2

    我的最终目标是安装当前版本的RubyonRails。我在OSXMountainLion上运行。到目前为止，这是我的过程:已安装的RVM$\curl-Lhttps://get.rvm.io|bash-sstable检查已知(我假设已批准)安装$rvmlistknown我看到当前的稳定版本可用[ruby-]2.0.0[-p247]输入命令安装$rvminstall2.0.0-p247注意:我也试过这些安装命令$rvminstallruby-2.0.0-p247$rvminstallruby=2.0.0-p247我很快就无处可去了。结果:$rvminstall2.0.0-p247Search

随机推荐