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Perl 中的 XML 解析问题

coder 2024-06-30 原文

我正在尝试从 XML 文件中解析抽象部分。我正在使用力阵列。我写了代码，但它只在抽象在数组中时工作，而在数组不存在时不工作。这是因为当在数组中时我也使用 {content} 而当不在数组中时 {content} 丢失了。代码如下

use LWP::Simple;
use XML::Simple;
use Data::Dumper;

open (FH, ">:utf8","xmlparsed2.txt");

my $db1 = "pubmed";
my $query  = "9915366";
my $q = 16404398;
my $xml = new XML::Simple;

$urlxml = "http://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/efetch.fcgi?db=$db1&id=$q&retmode=xml&rettype=abstract";
$dataxml = get($urlxml);
$data = $xml->XMLin("$dataxml", ForceArray => [qw( MeshHeading Author AbstractText )], ForceContent => 1);
print FH Dumper($data);

print FH "Abstract: ".join "\n", map {join ":",($_->{NlmCategory},$_->{content})} @{$data->{PubmedArticle}->{MedlineCitation}->{Article}->{Abstract}->{AbstractText}};
print FH "\n";
print FH "Title: "."$data->{PubmedArticle}->{MedlineCitation}->{Article}->{ArticleTitle}\n";
print FH "\n";
print FH "MeSH: ".join '$$', map $_->{DescriptorName}{content}, @{$data->{PubmedArticle}->{MedlineCitation}->{MeshHeadingList}->{MeshHeading}};
print FH "\n";
print FH "Authors: ".join '$$', map {join " ",($_->{LastName},$_->{ForeName})} @{$data->{PubmedArticle}{MedlineCitation}{Article}{AuthorList}{Author}};

好吧，当在数组中(通过 $query 替换 $urlxml 中的 $q)时，我想要带有 NlmCategory 的摘要，例如 Objective: To determine if the long......。对于上面的代码，它给了我想要的输出，但末尾有哈希，如下所示:

METHODS:Tertiary care outpatient and inpatient rehabilitation center directly attached to a university hospital.:HASH(0x69d0810).

对于不是数组的摘要($urlxml 中的 $q)，这段代码似乎不起作用，可能是因为没有内容项(我在数据转储器中找到了这个)。我玩了一点，如果我为数组做 $_ 之类的事情但也打印两个 :​​:.简而言之，我希望我的代码适用于 $query 和 $q。你能帮忙吗？

最佳答案

使用 ForceContent => 1。

或者:

use strict;
use warnings;
use feature qw( say );

use LWP::Simple qw( get );
use XML::LibXML qw( );
use URI         qw( );

binmode STDOUT, ':encoding(UTF-8)';

my $db = "pubmed";
my $id = $ARGV[0] || '9915366';

my $url = URI->new('http://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/efetch.fcgi');
$url->query_form(
   db      => $db,
   id      => $id,
   retmode => 'xml',
   rettype => 'abstract',
);

my $xml = get($url);

my $parser = XML::LibXML->new();
my $doc = $parser->parse_string($xml);
my $root = $doc->documentElement();

for my $node ($root->findnodes('PubmedArticle/MedlineCitation/Article/Abstract/AbstractText')) {
   say join ':', $node->getAttribute('NlmCategory') // '', $node->textContent();
}

关于Perl 中的 XML 解析问题，我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题： https://stackoverflow.com/questions/6803727/

PerlXML34gtsectionparsing

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