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GeneToList – 基因名转换网络服务器

微生信 2023-03-28 原文

小编写过有关基因名的坑的推文,总结了有关基因名的十大坑,见:。今天为大家推荐一款很不错的基因名转化在线服务器 – GeneToList


随着高通量组学技术的日益流行,处理它们所产生的数据集变得越来越困难,因此需要借助于编程语言或者在线服务器,将一个数据库中的基因名转换成另一个数据库中的基因名,例如:biomaRt,MyGene http://mygene.info)和org.Hs.eg.db;DAVID在线服务器(https://david.ncifcrf.gov/conversion.jsp),g:Convert(https://biit.cs.ut.ee/gprofiler)以及bioDBnethttps://biodbnet-abcc.ncifcrf.gov/db/db2db.php)。


然而,遇见别名,或者是废弃的IDs时就不行了。因此作者使用Python Plotly Dash包开发了一个ID转换网络服务器GeneToList

https://www.genetolist.com/)。可以批量转换,并且能够处理别名,废弃名字等情况。


GeneToList从NCBI中收集了超过3.4万个物种的基因信息,支持的数据库包括:NCBI Gene symbol,NCBI gene IDs(Entrez IDs),OMIM IDs,HGNC IDs,Ensembl IDs等。


1,基因别名

作者使用了10个基因名进行测试。

图1. 建议功能


10个基因名中4个基因名完美匹配(绿色),5个是suggestion accepted,1个是自动接收建议,均可以匹配到响应基因。


2,ID转换

由于GeneToList具有suggestion功能,因此比其他转换工具的转换准确性更高。

图2. 不同工具比较


3,测试

这里,我们以Ensembl数据库ID为例。


1)打开GeneToList网站。

图3. GeneToList网站


2)选择物种


默认列了3个物种:人、小鼠、大鼠。可根据自己的物种情况点击“Other (select from >34,000 taxa!”,然后在下面输入框中键入物种名或者taxaid进行搜索(带有提示)。

图4. 选择物种


4,粘贴待转换IDs

将待转换的基因IDs粘贴到


图5. 粘贴待转换基因id


5,提交并下载结果

点击“Start New List”后会在右侧出现转换结果,点击“Save as CSV”即可下载结果。与其他数据库相比,转换结果包括非常多的列(主要是来自NCBI geneinfo数据库),例如常见的GeneID,Description,基因类型等均有列出,极大地方便了我们对基因的研究。

图6. 转换结果


优点:


1,物种众多,超过3.4w种

2,带基因名建议功能,可手工确定

3,输出信息列较多

4,转换效率高,准确

缺点:


1,ID类型较少,例如不支持affy探针

2,没有外部数据库的信息,例如GO数据库,KEGG数据库等。

然而,该网站是目前发现的比较好的在线基因名转换网站,微生信强烈推荐给大家使用!

地址:https://www.genetolist.com/




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