1 conda安装

清华镜像：https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/?C=M&O=A

帮助链接：https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/help/anaconda/

获取镜像：
$ wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-py39_4.12.0-Linux-x86_64.sh

$ bash Miniconda3-py39_4.12.0-Linux-x86_64.sh

一路默认ENTER、yes

conda config --set auto_activate_base false
Thank you for installing Miniconda3!

看到这个安装成功。然后启动进程
$ source ~/.bashrc

会变成这样且多了一个（base）
(base) root 20:21:50 /home/kaoku/biosoft/conda
$ conda
usage: conda [-h] [-V] command ...

conda is a tool for managing and deploying applications, environments and packages.

Options:

positional arguments:
  command
    clean        Remove unused packages and caches.
    compare      Compare packages between conda environments.
看到帮助文档说明安装成功。

关闭显示（base）
$ conda config --set auto_activate_base false

2 conda频道配置

不要重复添加频道，顺序是有意义的。

添加清华频道：
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud//pytorch/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/

设置显示搜索通道地址
conda config --set show_channel_urls yes

查看添加的频道：
$ cat ~/.condarc

auto_activate_base: false
channels:
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud//pytorch/
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
  - defaults
show_channel_urls: true

defaulrs要删除
vim ~/.condarc
按dd删除一整行
:wq保存退出

设置独立环境：
conda会修改原本设置环境，并方便项目管理。

创建名为rnaseq小环境：-n指定环境名称
$ conda create -n rnaseq

进入新环境：
conda activate rnaseq

$ conda activate rnaseq
(rnaseq) root 16:13:10 /home/kaoku

退出新环境：
conda deactivate

列出已存在小环境：
conda info --env
conda env list

$ conda env list
# conda environments:
#
base                  *  /root/miniconda3
rnaseq                   /root/miniconda3/envs/rnaseq

删除创建小环境及安装的包：
conda remove -n rnaseq --all

重命名小环境：
复制原先的：conda creative -n py2 --clone Phyton2
删除旧的：conda remove -n Phyton2 -all

conda创建小环境报错，排除网络问题和频道问题后，运行：

conda clean --packages && conda clean --all && conda update --all

一路y，再重新建立小环境即可。

3 conda安装软件

转录组为例：

质量控制：fastaqc、miltiqc、fastp、trimmomatic、cutadapt、trim_galore

对比和定量：bwa、hisat2、bowtie、bowtie2、STAR、salmon、subread(featureCount)

无参组装：Trinity

查询软件是否可以用conda安装：

网站查询：https://anaconda.org/search

$ conda search XXX

关键词搜索 fastaq conda

遇到conda安装问题：

conda update -n base conda
conda update --all

报错：Solving environment: failed with initial frozen solve. Retrying with flexible solve.

解决：
conda config --add channels conda-forge
conda config --set channel_priority flexible

但是我的版本没有解决，发现在conda网站搜索软件https://anaconda.org/bioconda/fastqc
然后复制网页中的内容
conda install -c bioconda fastqc
就可以成功安装了

或者把https改为http

安装软件：

conda activate rnaseq

conda install XXXXX

指定版本：
conda install fastqc=0.11.7

查看当前环境安装软件：
conda list

查看符合正则表达式软件：
conda list fast*

查看指定环境的软件：
conda list -n rnaseq

删除软件：

conda remove fastqc

删除特定环境：
conda remove -n rnaseq fastqc

升级conda：

conda update conda

总结：

环境管理：
conda create -n rnaseq
conda activate rnaseq
conda deactivate

软件管理：
conda search fastqc
conda install fastqc
conda remove fastqc
conda update fastqc
conda list

4 conda进阶操作-mamba

切换base:
conda activate base

安装：
conda install mamba


除了启动环境之外（conda activate rnaseq）
所有命令都可以用mamba替代

搜索软件：
mamba search fastqc
mamba repoquery search fastqc

安装软件：
mamba install fastqc

$ mamba search fastqc

                  __    __    __    __
                 /  \  /  \  /  \  /  \
                /    \/    \/    \/    \
███████████████/  /██/  /██/  /██/  /████████████████████████
              /  / \   / \   / \   / \  \____
             /  /   \_/   \_/   \_/   \    o \__,
            / _/                       \_____/  `
            |/
        ███╗   ███╗ █████╗ ███╗   ███╗██████╗  █████╗
        ████╗ ████║██╔══██╗████╗ ████║██╔══██╗██╔══██╗
        ██╔████╔██║███████║██╔████╔██║██████╔╝███████║
        ██║╚██╔╝██║██╔══██║██║╚██╔╝██║██╔══██╗██╔══██║
        ██║ ╚═╝ ██║██║  ██║██║ ╚═╝ ██║██████╔╝██║  ██║
        ╚═╝     ╚═╝╚═╝  ╚═╝╚═╝     ╚═╝╚═════╝ ╚═╝  ╚═╝

        mamba (0.24.0) supported by @QuantStack

        GitHub:  https://github.com/mamba-org/mamba
        Twitter: https://twitter.com/QuantStack

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mamba可以多线程安装软件

mamba可查看依赖关系：
我依靠谁：
mamba repoquery depends -t samtools
谁依赖我：
mamba repoquery whoneeds -t phyton

版本和控制：

解决发文章的时候提供版本号，在更换服务器的时候保持软件版本不变：

1、用conda list 的export功能：
conda list

进阶用法：
conda list -n rnaseq --export > conda_rnaseq_list.txt
软件名=版本号=build

安装导出信息：
conda create -n rna -file conda_rnaseq_list.txt

2、用conda env 的 export导出整个环境：
conda env export -n rnaseq > rnaseq.yml

根据yml文件创建/更新环境：
conda env create/update -f rnaseq.yml

本地安装：

wget——移动到minoconda3的pkgs文件下

小技巧：

删除下载了没有使用的包：有一定风险
conda clean -p

清除index，比如更换北外镜像为清华镜像
conda clean -i

全部：
conda clean -a

指定位置安装：
conda install -p~/biosoft/samtools 
然后启动
conda activate /home/data/...

之后，我们将进入Linux的进阶学习

我们们下一篇再见！