###01.序列比对
nohup nucmer --mum -c 100 -l 50 -g 1000 -t 12 $ref $qry &> step1.log &
#--mincluster/-c 用于聚类的匹配最低长度，默认65
#--minmatch/-l 单个匹配最小长度
#--maxgap/-g: 两个相邻匹配间的最大gap长度，默认90
---------------------------------------------------------------------------------------
--mum Use anchor matches that are unique in both the reference and query 或者 --maxmatch Use all anchor matches regardless of their uniqueness
同时比对也可以用minimap2等软件完成
--------------------------------------------------------------------------------------
###02.去除短的和低质量比对
delta-filter -1 -q -r -i 89 -l 50 out.delta > out.filter
#-1: 1对1联配，允许重排，是-r和-q的交集
#-q: 仅保留每个query在reference上的最佳位置,允许多条query在reference上重叠
#-r: 仅保留每个reference在query上的最佳位置,允许多条reference在query上重叠
##-i: 最小的相似度 [0,100], 默认0
##-l: 最小的匹配长度 默认0.
#-u: 最小的联配唯一度 [0,100], 默认0
#-o: 最大重叠度，针对-r和-q设置。 [0,100], 默认100
#-g: 1对1全局匹配，不允许重排
#-m: 多对对联配，允许重排，是-r和-q的合集
###03.比对结果转成表格格式
show-coords -THrd out.filter > out.filter.coords
#-r：以refID排序，相对的，还有-q，以queryID排序
#-T: Switch output to tab-delimited format
#-H: Do not print the output header
#-d 在附加的 FROM 列中显示对齐方向（引物的默认值）
###04.运行syri进行变异检测
syri -c out.filter.coords -d out.filter -r $ref -q $qry
# 输入mummer coords文件，记录共线性块位置信息
# 输入mummer delta文件，记录共线性区块内错配，插入，删除等信息；即SNP和indel信息。
# refence路径
# query路径
###05.绘图
syri plotsr syri.out $ref $qry -H 8 -W 5
exe应该在我打开页面时运行。异步进程需要运行。有什么方法可以在ruby中使用两个参数异步运行exe吗？我已经尝试过ruby命令-system()、exec()但它正在等待过程完成。我需要用参数启动exe，无需等待进程完成是否有任何rubygems会支持我的问题？ 最佳答案 您可以使用Process.spawn和Process.wait2:pid=Process.spawn'your.exe','--option'#Later...pid,status=Process.wait2pid您的程序将作为解释器的子进程执行。除
我正在阅读一本关于Ruby的书，作者在编写类初始化定义时使用的形式与他在本书前几节中使用的形式略有不同。它看起来像这样:classTicketattr_accessor:venue,:datedefinitialize(venue,date)self.venue=venueself.date=dateendend在本书的前几节中，它的定义如下:classTicketattr_accessor:venue,:datedefinitialize(venue,date)@venue=venue@date=dateendend在第一个示例中使用setter方法与在第二个示例中使用实例变量之间是
需求：要创建虚拟机，就需要给他提供一个虚拟的磁盘，我们就在/opt目录下创建一个10G大小的raw格式的虚拟磁盘CentOS-7-x86_64.raw命令格式：qemu-imgcreate-f磁盘格式磁盘名称磁盘大小qemu-imgcreate-f磁盘格式-o?1.创建磁盘qemu-imgcreate-fraw/opt/CentOS-7-x86_64.raw10G执行效果#ls/opt/CentOS-7-x86_64.raw2.安装虚拟机使用virt-install命令，基于我们提供的系统镜像和虚拟磁盘来创建一个虚拟机，另外在创建虚拟机之前，提前打开vnc客户端，在创建虚拟机的时候，通过vnc
我从用户Hirolau那里找到了这段代码:defsum_to_n?(a,n)a.combination(2).find{|x,y|x+y==n}enda=[1,2,3,4,5]sum_to_n?(a,9)#=>[4,5]sum_to_n?(a,11)#=>nil我如何知道何时可以将两个参数发送到预定义方法(如find)？我不清楚，因为有时它不起作用。这是重新定义的东西吗？ 最佳答案 如果您查看Enumerable#find的文档，您会发现它只接受一个block参数。您可以将它发送两次的原因是因为Ruby可以方便地让您根据它的“并行赋
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我有两个具有以下格式的哈希mydetails[x['Id']]=x['Amount']这将包含如下数据hash1={"A"=>"0","B"=>"1","C"=>"0","F"=>"1"}hash2={"A"=>"0","B"=>"3","C"=>"0","E"=>"1"}我期待这样的输出:Differencesinhash:"B,F,E"非常感谢任何帮助。 最佳答案 这个解决方案可能更容易理解:(hash1.keys|hash2.keys).select{|key|hash1[key]!=hash2[key]}Array#|返回2
