草庐IT

c++ - Instruments Call Tree 破坏了 R、C++ 和 Fortran 的混合

coder 2024-02-22 原文

我正在尝试针对 CPU 时间分析 OpenMx 的一个函数，一个包含 C++ 和 Fortran 代码的 R 包。我的操作系统是 OS X 10.10。我读过 section关于 R 手册中的这个主题。本款和this post带我试试 Instruments。这是我做的

  1. 打开的工具
  2. 选择时间分析器模板
  3. 按下记录
  4. 使用 RStudio 启动我的 R 脚本

我得到以下输出: .命令行工具 sample返回相同的输出。

问题是它看起来像 omxunsafedgemm_ 会直接从主线程调用。但是，这是一个低级 Fortran 函数。它总是由名为 omxDGEMM 的 C++ 函数调用。在此示例中，omxDGEMM 首先由 omxCallRamExpection 调用(因此几乎位于调用树的底部)。 omxDGEMM 的总时间为 0。因此，分析信息目前无用。

在包的原始版本中，omxDGEMM 被定义为内联。我改变了这个，希望它能解决这个问题。此情况并非如此。 omxunsafedgemm 由 omxDGEMM 调用

F77_CALL(omxunsafedgemm)(&transa, &transb,
                        &(nrow), &(ncol), &(nmid),
                        &alpha, a->data, &(a->leading), 
                        b->data, &(b->leading),&beta, result->data, &(result->leading));

关于如何获得合理的分析器输出的任何想法？

最佳答案

此问题是由 gfortran 编译器的 -O2 标志引起的，R 默认使用该标志。 -O2 标志打开所有优化步骤，-O1 标志启用等等(参见 gcc manual page 98)。 -O1 标志启用的优化标志之一是 -fomit-frame-pointer。 Instruments 需要帧指针来了解调用帧的父级(参见 this talk )。

因此，改变

FFLAGS = -g -O2 $(LTO) 到

FFLAGS = -g -O2 -fno-omit-frame-pointer $(LTO)

在 ${R_HOME}/etc/Makeconf 中解决了这个问题。对我来说 R_HOME=/Library//Frameworks/R.framework/Versions/3.2/Resources

简单地省略 -O2 也可以解决问题，但会使 OpenMx 相当慢(在我的例子中是 200 秒对 30 秒)。

关于c++ - Instruments Call Tree 破坏了 R、C++ 和 Fortran 的混合，我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题： https://stackoverflow.com/questions/32378821/

amp43codesectionnoreferrerc++rmacosfortranopenmx

有关c++ - Instruments Call Tree 破坏了 R、C++ 和 Fortran 的混合的更多相关文章

  1. ruby-on-rails - 在混合/模块中覆盖模型的属性访问器 - 2

    我有一个包含模块的模型。我想在模块中覆盖模型的访问器方法。例如:classBlah这显然行不通。有什么想法可以实现吗？ 最佳答案 您的代码看起来是正确的。我们正在毫无困难地使用这个确切的模式。如果我没记错的话，Rails使用#method_missing作为属性setter，因此您的模块将优先，阻止ActiveRecord的setter。如果您正在使用ActiveSupport::Concern(参见thisblogpost)，那么您的实例方法需要进入一个特殊的模块:classBlah

  2. ruby-on-rails - 如何优雅地重启 thin + nginx？ - 2

    我的瘦服务器配置了nginx，我的ROR应用程序正在它们上运行。在我发布代码更新时运行thinrestart会给我的应用程序带来一些停机时间。我试图弄清楚如何优雅地重启正在运行的Thin实例，但找不到好的解决方案。有没有人能做到这一点？ 最佳答案 #Restartjustthethinserverdescribedbythatconfigsudothin-C/etc/thin/mysite.ymlrestartNginx将继续运行并代理请求。如果您将Nginx设置为使用多个上游服务器，例如server{listen80;server

  3. ruby - 使用 `+=` 和 `send` 方法 - 2

    如何将send与+=一起使用？a=20;a.send"+=",10undefinedmethod`+='for20:Fixnuma=20;a+=10=>30 最佳答案 恐怕你不能。+=不是方法，而是语法糖。参见http://www.ruby-doc.org/docs/ProgrammingRuby/html/tut_expressions.html它说Incommonwithmanyotherlanguages,Rubyhasasyntacticshortcut:a=a+2maybewrittenasa+=2.你能做的最好的事情是:

  4. ruby - 如何计算 Liquid 中的变量 +1 - 2

    我对如何计算通过{%assignvar=0%}赋值的变量加一完全感到困惑。这应该是最简单的任务。到目前为止，这是我尝试过的:{%assignamount=0%}{%forvariantinproduct.variants%}{%assignamount=amount+1%}{%endfor%}Amount:{{amount}}结果总是0。也许我忽略了一些明显的东西。也许有更好的方法。我想要存档的只是获取运行的迭代次数。 最佳答案 因为{{incrementamount}}将输出您的变量值并且不会影响{%assign%}定义的变量，我

  5. ruby-on-rails - OS X Mavericks 破坏了 rbenv？ - 2

    最近，我安装了OSXMavericks，它似乎弄乱了我的开发环境。我在运行“railsnewfirst_app”后收到此消息:Youruseraccountisn'tallowedtoinstalltothesystemRubygems.Youcancancelthisinstallationandrun:bundleinstall--pathvendor/bundletoinstallthegemsinto./vendor/bundle/,oryoucanenteryourpasswordandinstallthebundledgemstoRubygemsusingsudo.Pass

  6. arrays - Ruby 数组 += vs 推送 - 2

    我有一个数组数组，想将元素附加到子数组。+=做我想做的，但我想了解为什么push不做。我期望的行为(并与+=一起工作):b=Array.new(3,[])b[0]+=["apple"]b[1]+=["orange"]b[2]+=["frog"]b=>[["苹果"],["橙子"],["Frog"]]通过推送，我将推送的元素附加到每个子数组(为什么？):a=Array.new(3,[])a[0].push("apple")a[1].push("orange")a[2].push("frog")a=>[[“苹果”、“橙子”、“Frog”]、[“苹果”、“橙子”、“Frog”]、[“苹果”、“

  7. ruby - 如何测试正在使用 RSpec 和 Mocha 调用的混合类方法？ - 2

    我有一个模块:moduleMyModuledefdo_something#...endend由类使用如下:classMyCommandextendMyModuledefself.execute#...do_somethingendend如何验证MyCommand.execute调用了do_something？我已经尝试使用mocha进行部分模拟，但是当未调用do_something时它不会失败:it"callsdo_something"doMyCommand.stubs(:do_something)MyCommand.executeend 最佳答案

  8. += 的 Ruby 方法 - 2

    有没有办法让Ruby能够做这样的事情？classPlane@moved=0@x=0defx+=(v)#thisiserror@x+=v@moved+=1enddefto_s"moved#{@moved}times,currentxis#{@x}"endendplane=Plane.newplane.x+=5plane.x+=10putsplane.to_s#moved2times,currentxis15 最佳答案 您不能在Ruby中覆盖复合赋值运算符。任务在内部处理。您应该覆盖+，而不是+=。plane.a+=b与plane.a=

  9. ruby-on-rails - OSX Yosemite 更新破坏了 pow.cx - 2

    升级到OSXYosemite后，我现有的pow.cx安装不起作用。升级到最新的pow.cx无效。通过事件监视器重新启动它也没有成功。 最佳答案 卸载(!)并重新安装解决了这个问题。curlget.pow.cx/uninstall.sh|shcurlget.pow.cx|sh 关于ruby-on-rails-OSXYosemite更新破坏了pow.cx，我们在StackOverflow上找到一个类似的问题： https://stackoverflow.com/q

  10. ruby-on-rails - 为什么 DataMapper 使用混合与继承？ - 2

    所以我只是对此感到好奇:DataMapper为其模型使用混合classPostincludeDataMapper::Resource虽然active-record使用继承classPost有谁知道为什么DataMapper选择这样做(或者为什么AR选择不这样做)？ 最佳答案 它允许您从另一个不是DM类的类继承。它还允许动态地将DM功能添加到类中。这是我正在处理的模块中的类方法:defdatamapper_classklass=self.dupklass.send(:include,DataMapper::Resource)klass

随机推荐