我有一个自定义模拟器(用于生物学)在 64 位 Linux(内核)上运行 版本 2.6.28.4) 使用 64 位 Python 3.3.0 CPython 解释器的机器。
因为模拟器依赖于许多独立的实验来获得有效的结果,
我内置了用于运行实验的并行处理。之间的通信
线程主要出现在具有托管的生产者-消费者模式下
多处理队列
(doc)。
架构概要如下:
进程和各种队列的主进程主进程和工作进程通过输入 Queue 进行通信。
同样,工作进程将它们的结果放在输出 Queue 中
结果消费者进程从中消费项目。最终结果消费者
对象通过多处理管道传递
( doc )
回到主进程。
一切正常,直到它尝试将 ResultConsumer 对象传递回
通过 Pipe 的主进程:
Traceback (most recent call last):
File "/home/cmccorma/.local/lib/python3.3/multiprocessing/process.py", line 258, in _bootstrap
self.run()
File "/home/cmccorma/.local/lib/python3.3/multiprocessing/process.py", line 95, in run
self._target(*self._args, **self._kwargs)
File "DomainArchitectureGenerator.py", line 93, in ResultsConsumerHandler
pipeConn.send(resCon)
File "/home/cmccorma/.local/lib/python3.3/multiprocessing/connection.py", line 207, in send
self._send_bytes(buf.getbuffer())
File "/home/cmccorma/.local/lib/python3.3/multiprocessing/connection.py", line 394, in _send_bytes
self._send(struct.pack("!i", n))
struct.error: 'i' format requires -2147483648 <= number <= 2147483647
我理解前两条轨迹(Process 库中未处理的退出),
第三个是我的代码行,用于将 ResultConsumer 对象发送到
管道到主进程。最后两条痕迹是它得到的地方
有趣的。 Pipe 挑选发送给它的任何对象并传递
结果字节到另一端(匹配连接),在那里它被取消
在运行 recv() 时。 self._send_bytes(buf.getbuffer()) 正在尝试
发送腌制对象的字节。 self._send(struct.pack("!i", n)) 是
试图用长度为 n 的整数(网络/大端)打包结构,
其中 n 是作为参数传入的缓冲区的长度(struct
库处理 Python 值和 C 结构之间的转换,表示为
Python 字符串,参见 the doc ).
此错误仅在尝试大量实验时发生,例如10个实验
不会导致它,但 1000 会一致(所有其他参数保持不变)。我最好的
关于为什么抛出 struct.error 的假设是字节数
试图被推下管道超过 2^32-1 (2147483647),或 ~2 GB。
所以我的问题有两个方面:
我的调查陷入困境,因为 struct.py 本质上只是
从 _struct 导入,我不知道它在哪里。
考虑到底层架构,字节限制似乎是任意的 64 位。那么,为什么我不能传递比这更大的东西呢?另外,如果我 无法更改此问题,是否有针对此问题的任何好的(阅读:简单的)解决方法?
注意:我不认为使用 Queue 代替 Pipe 可以解决问题,
因为我怀疑 Queue 使用了类似的 pickling 中间步骤。 编辑:正如 abarnert 的回答中所指出的,这条注释是完全不正确的。
最佳答案
I'm getting stuck with my investigations as struct.py essentially just imports from _struct and I have no idea where that is.
在 CPython 中,_struct是从 _struct.c 构建的 C 扩展模块在Modules源树中的目录。您可以在线找到代码here .
每当foo.py做 import _foo ,那几乎总是一个 C 扩展模块,通常是从 _foo.c 构建的.如果找不到 foo.py根本上,它可能是一个 C 扩展模块,由 _foomodule.c 构建.
通常也值得一看 equivalent PyPy source ,即使您没有使用 PyPy。他们用纯 Python 重新实现了几乎所有扩展模块——对于其余部分(包括本例),底层的“扩展语言”是 RPython,而不是 C。
但是,在这种情况下,您不需要知道 struct 是如何实现的。正在超出文档中的范围。
The byte limit seems arbitrary given that the underlying architecture is all 64-bit.
查看它调用的代码:
self._send(struct.pack("!i", n))
如果你看the documentation , 'i'格式字符明确表示“4 字节 C 整数”,而不是“ssize_t 是什么”。为此,您必须使用 'n' .或者你可能想显式地使用 long long,带 'q' .
你可以 monkeypatch multiprocessing使用 struct.pack('!q', n) .或者 '!q' .或者以 struct 以外的方式对长度进行编码.当然,这会破坏与未打补丁的兼容性 multiprocessing ,如果您尝试在多台计算机或其他设备上进行分布式处理,这可能是个问题。但这应该非常简单:
def _send_bytes(self, buf):
# For wire compatibility with 3.2 and lower
n = len(buf)
self._send(struct.pack("!q", n)) # was !i
# The condition is necessary to avoid "broken pipe" errors
# when sending a 0-length buffer if the other end closed the pipe.
if n > 0:
self._send(buf)
def _recv_bytes(self, maxsize=None):
buf = self._recv(8) # was 4
size, = struct.unpack("!q", buf.getvalue()) # was !i
if maxsize is not None and size > maxsize:
return None
return self._recv(size)
当然,不能保证这种变化就足够了;您将需要通读其余的周围代码并对其进行测试。
Note: I suspect that using a
Queuein place of aPipewill not solve the issue, as I suspect thatQueue's use a similar pickling intermediate step.
好吧,这个问题与酸洗无关。 Pipe没有使用 pickle发送长度,它使用 struct .您可以验证 pickle不会有这个问题:pickle.loads(pickle.dumps(1<<100)) == 1<<100将返回 True .
(在早期版本中,pickle 也在处理大对象时存在问题——例如,一个 list 的 2G 元素——这可能会导致大约 8 倍于大对象的问题你目前正在击球。但这已被 3.3 修复。)
与此同时……试一试看看会不会更快,而不是深入研究源代码来弄清楚它是否可行?
另外,你确定你真的想通过隐式 pickling 传递一个 2GB 的数据结构吗?
如果我正在做一些缓慢且耗费内存的事情,我宁愿将其明确化——例如,pickle 到一个临时文件并发送路径或 fd。 (如果您使用的是 numpy 或 pandas 或其他东西,请使用其二进制文件格式而不是 pickle ,但想法相同。)
或者,更好的是,共享数据。是的,可变的共享状态不好……但是共享不可变对象很好。无论你有 2GB 的空间,你能把它放在 multiprocessing.Array 中吗? , 或者把它放在 ctypes 中您可以通过 multiprocessing.sharedctypes 共享的数组或结构(属于……的数组或结构) , 或 ctypes它来自 file那你mmap双方,还是……?有一些额外的代码来定义和分离结构,但当 yield 可能如此之大时,值得尝试。
最后,当您认为您在 Python 中发现了错误/明显缺失的功能/不合理的限制时,值得查看错误跟踪器。看起来像 issue 17560: problem using multiprocessing with really big objects?正是您的问题,并且有很多信息,包括建议的解决方法。
关于python - 使用管道在进程之间传输 Python 对象时的字节限制?,我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题: https://stackoverflow.com/questions/16576386/
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