草庐IT

R语言两个矩阵（两组）数据的相关性分析

hence.. 2023-10-09 原文

R语言两个矩阵（两组）数据的相关性分析

vegan包及数据说明

Mantel tests是确定两组距离测度矩阵（而非两组变量矩阵）之间相关性的相关性测试方法，用于判断一个矩阵中的样本距离与另一矩阵中的样本距离是否相关。Mantel tests零假设为响应变量矩阵中对象之间的距离与解释变量矩阵不存在相关，如果结果中p值显著，则拒绝零假设，即存在相关性，随着一个矩阵中样本之间距离的增加（或减少），另一矩阵中对应样本之间的距离也增加（或减少）。

install.packages("vegan")#安装包
library(vegan)#加载包

数据是vegan包里自带的两个数据：

data(varespec);varespec
data(varechem);varechem

分别计算距离矩阵

我们使用vegdist函数计算距离矩阵，以下是参数

vegdist(x, method="bray", binary=FALSE, diag=FALSE, upper=FALSE,
        na.rm = FALSE, ...)

其中method默认是布雷克蒂斯距离，可以是欧式距离，马氏距离，卡方距离等等
method= “manhattan”, “euclidean”, “canberra”, “clark”, “bray”, “kulczynski”, “jaccard”, “gower”, “altGower”, “morisita”, “horn”, “mountford”, “raup”, “binomial”, “chao”, “cao”, “mahalanobis”, “chisq”, “chord”, “aitchison”, or “robust.aitchison”.
对于这些距离的具体定义可以看这篇文章

veg.dist <- vegdist(varespec))# Bray-Curtis
env.dist <- vegdist(scale(varechem), "euclid")#首先标准化在进行计算

相关性分析

mantel函数进行相关性分析，mantel.partial函数进行偏相关性分析
以下是函数的具体参数

mantel(xdis, ydis, method="pearson", permutations=999, strata = NULL,
    na.rm = FALSE, parallel = getOption("mc.cores"))
mantel.partial(xdis, ydis, zdis, method = "pearson", permutations = 999, 
    strata = NULL, na.rm = FALSE, parallel = getOption("mc.cores"))

具体操作：

mantel(veg.dist, env.dist, method="spear")


这里的significance为0.001小于0.05拒绝原假设H0，即认为两个矩阵之间有很强的相关性

语言两个spanclasstokenr语言矩阵python

有关R语言两个矩阵（两组）数据的相关性分析的更多相关文章

  1. ruby - 如何将脚本文件的末尾读取为数据文件(Perl 或任何其他语言) - 2

    我正在寻找执行以下操作的正确语法(在Perl、Shell或Ruby中):#variabletoaccessthedatalinesappendedasafileEND_OF_SCRIPT_MARKERrawdatastartshereanditcontinues. 最佳答案 Perl用__DATA__做这个:#!/usr/bin/perlusestrict;usewarnings;while(){print;}__DATA__Texttoprintgoeshere 关于ruby-如何将脚

  2. ruby - 解析 RDFa、微数据等的最佳方式是什么，使用统一的模式/词汇(例如 schema.org)存储和显示信息 - 2

    我主要使用Ruby来执行此操作，但到目前为止我的攻击计划如下:使用gemsrdf、rdf-rdfa和rdf-microdata或mida来解析给定任何URI的数据。我认为最好映射到像schema.org这样的统一模式，例如使用这个yaml文件，它试图描述数据词汇表和opengraph到schema.org之间的转换:#SchemaXtoschema.orgconversion#data-vocabularyDV:name:namestreet-address:streetAddressregion:addressRegionlocality:addressLocalityphoto:i

  3. ruby-on-rails - 如何在 ruby​​ 中使用两个参数异步运行 exe？ - 2

    exe应该在我打开页面时运行。异步进程需要运行。有什么方法可以在ruby​​中使用两个参数异步运行exe吗？我已经尝试过ruby​​命令-system()、exec()但它正在等待过程完成。我需要用参数启动exe，无需等待进程完成是否有任何ruby​​gems会支持我的问题？ 最佳答案 您可以使用Process.spawn和Process.wait2:pid=Process.spawn'your.exe','--option'#Later...pid,status=Process.wait2pid您的程序将作为解释器的子进程执行。除

  4. ruby-on-rails - 相关表上的范围为 "WHERE ... LIKE" - 2

    我正在尝试从Postgresql表(table1)中获取数据，该表由另一个相关表(property)的字段(table2)过滤。在纯SQL中，我会这样编写查询:SELECT*FROMtable1JOINtable2USING(table2_id)WHEREtable2.propertyLIKE'query%'这工作正常:scope:my_scope,->(query){includes(:table2).where("table2.property":query)}但我真正需要的是使用LIKE运算符进行过滤，而不是严格相等。然而，这是行不通的:scope:my_scope,->(que

  5. ruby - Ruby 有 `Pair` 数据类型吗？ - 2

    有时我需要处理键/值数据。我不喜欢使用数组，因为它们在大小上没有限制(很容易不小心添加超过2个项目，而且您最终需要稍后验证大小)。此外，0和1的索引变成了魔数(MagicNumber)，并且在传达含义方面做得很差(“当我说0时，我的意思是head...”)。散列也不合适，因为可能会不小心添加额外的条目。我写了下面的类来解决这个问题:classPairattr_accessor:head,:taildefinitialize(h,t)@head,@tail=h,tendend它工作得很好并且解决了问题，但我很想知道:Ruby标准库是否已经带有这样一个类？ 最佳

  6. ruby - 寻找通过阅读代码确定编程语言的ruby gem？ - 2

    几个月前，我读了一篇关于ruby​​gem的博客文章，它可以通过阅读代码本身来确定编程语言。对于我的生活，我不记得博客或gem的名称。谷歌搜索“ruby编程语言猜测”及其变体也无济于事。有人碰巧知道相关gem的名称吗？ 最佳答案 是这个吗:http://github.com/chrislo/sourceclassifier/tree/master 关于ruby-寻找通过阅读代码确定编程语言的rubygem？，我们在StackOverflow上找到一个类似的问题：

  7. ruby - 这两个 Ruby 类初始化定义有什么区别？ - 2

    我正在阅读一本关于Ruby的书，作者在编写类初始化定义时使用的形式与他在本书前几节中使用的形式略有不同。它看起来像这样:classTicketattr_accessor:venue,:datedefinitialize(venue,date)self.venue=venueself.date=dateendend在本书的前几节中，它的定义如下:classTicketattr_accessor:venue,:datedefinitialize(venue,date)@venue=venue@date=dateendend在第一个示例中使用setter方法与在第二个示例中使用实例变量之间是

  8. ruby - 我如何添加二进制数据来遏制 POST - 2

    我正在尝试使用Curbgem执行以下POST以解析云curl-XPOST\-H"X-Parse-Application-Id:PARSE_APP_ID"\-H"X-Parse-REST-API-Key:PARSE_API_KEY"\-H"Content-Type:image/jpeg"\--data-binary'@myPicture.jpg'\https://api.parse.com/1/files/pic.jpg用这个:curl=Curl::Easy.new("https://api.parse.com/1/files/lion.jpg")curl.multipart_form_

  9. 世界前沿3D开发引擎HOOPS全面讲解——集3D数据读取、3D图形渲染、3D数据发布于一体的全新3D应用开发工具 - 2

    无论您是想搭建桌面端、WEB端或者移动端APP应用，HOOPSPlatform组件都可以为您提供弹性的3D集成架构，同时，由工业领域3D技术专家组成的HOOPS技术团队也能为您提供技术支持服务。如果您的客户期望有一种在多个平台（桌面/WEB/APP，而且某些客户端是“瘦”客户端）快速、方便地将数据接入到3D应用系统的解决方案，并且当访问数据时，在各个平台上的性能和用户体验保持一致，HOOPSPlatform将帮助您完成。利用HOOPSPlatform，您可以开发在任何环境下的3D基础应用架构。HOOPSPlatform可以帮您打造3D创新型产品，HOOPSSDK包含的技术有：快速且准确的CAD

  10. 旋转矩阵的几何意义 - 2

    点向量坐标矩阵的几何意义介绍旋转矩阵的几何含义之前，先介绍一下点向量坐标矩阵的几何含义点：在一维空间下就是一个标量，如同一条直线上，以任意某一个位置为0点，以一定的尺度间隔为1，2，3...,相反方向为-1，-2，-3...；如此就形成了一维坐标系，这时候任何一个点都可以用一个数值表示，如点p1=5，即即从原点出发沿着x轴正方向移动5个尺度；点p2=-3，负方向移动3个尺度；     在一维坐标系上过原点做垂直于一维坐标系的直线，则形成了二维坐标系，此时描述一个点需要两个数值来表示点p3=（3，2），即从原点出发沿着x轴正方向移动3个尺度，在此基础上沿着y轴正方向移动两个尺度的位置就是点p3。

随机推荐