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【Linux】生物信息软件安装过程

巩翔宇Ibrahimovic 2023-03-28 原文
image.png

变量

  • 显示变量值：echo $变量名变量名之前一定要有$符号，echo才能将变量名替换成实际变量值。
  • PATH存放命令的查找方式，类似快捷方式。which查看命令的位置。
  • 系统级配置文件：/etc/profile
    用户配置文件：~/.bashrc
  • 查看linux常见命令：man.linux【linux命令大全】
  • windows下查看环境变量：我的电脑-属性-高级系统设置

正式安装软件

1. Root安装

2.Conda安装

小炒：搜索 “conda cheatsheet”
好处：

  • 第三方软件齐全，安装方便。
  • 多环境管理，避免软件冲突。
  • 不需要root权限，可自由安装软件。

添加channel
channel是有顺序的，一般保持bioconda在第一个，conda-forge在第二个。-defaults放最后。

创建软链接,相当于在桌面创建了快捷方式：ln -s
例：ln -s ~/miniconda3/envs/python2/macs2 ~/.local/bin
搜索生信软件
https://bioconda.github.io/ -availiable packages
Tips

  • 安装conda不要添加到环境变量，用source activate 启动。
  • 家目录下创建路径opt存放软件，一个子目录为“syssoft”，存放系统软件；另一个子目录为“biosoft”，存放生物学软件。
  • 家目录下创建路径src，用于存放源代码
  • Vim条件下，shift+g 跳到最后一行。
    conda的另一种形式：mamba，也可以用来安装软件。

3.C/C++安装

二进制版本
以ncbi-blast,'sra-toolkit','hisat2'为例

  • 下载相应版本的文件
  • 解压缩
  • 添加环境变量,使其在相对路径也可调用
vim ~/.bashrc
export PATH=$PATH:~/opt/biosoft/hisat2-2.1.0 #$PATH是提取当前环境变量
source ~/.bashrc  #运行
  • 完成

预编译版本

image.png

以zlib为例，samtools依赖的软件。

  • 下载并解压
  • 配置 作用：检查系统，构建make file。
./configure --prefix=$HOME/opt/sysoft/ #第一步
  • 编译
make #第二步
make install #第三步

tree的安装只需后两步，且最后一步的时候要做修改，记得去看Read me。

make install prefix=$HOME/opt/sysoft/

三部曲解读：

  • configure 检查系统，构建makefile。

如果没有root权限要解决软件依赖的问题：
https://www.jianshu.com/p/da92ca36a220
修改makefile的变量名

4.Python 安装软件

python包软件管理工具

pip 从源代码进行编译安装。
conda 下载预编译代码解压安装

conda 安装deeptools
deeptools在python2下表现更好。

conda create -n python2 python2
conda activate python2
conda install deeptools

5.Perl 安装软件

image.png

安装链接：http://www.bio-info-trainee.com/2451.html

6.R安装软件

链接：
1.http://www.biotrainee.com/thread-144-1-1.html
2.http://www.bio-info-trainee.com/2092.html

7.JAVA安装软件

image.png

举两个例子：

  • trimmomatic 常用于处理原始测序数据。
  • GATK 最突出的功能在variant calling
    三步走战略：

下载
安装
运行：java -Xmx4G -jar XXX.jar parameters

参考：
bilibili：zhougengxu
https://www.bilibili.com/video/BV1JJ411p7fX?spm_id_from=333.337.search-card.all.click

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