我有一个模拟,有 N 个粒子,运行 T 个时间步长。在每个时间步,每个粒子都会计算一些关于自身和附近(半径内)其他粒子的数据,这些数据被打包成一个 4-22 字节长的 c 字符串(取决于附近有多少粒子)。我称之为状态字符串。
我需要计算每个状态字符串出现的次数,以形成直方图。我试过使用 Google 的稀疏 HashMap ,但内存开销太高了。
我一直在为 500 个粒子运行超过 100,000 个时间步的一些精简测试(已附上)。这导致在 5000 万个可能的状态字符串中超过 1820 万个唯一状态字符串,这与需要完成的实际工作一致。
它最终使用 323 MB 的空间来存储每个唯一条目的 char* 和 int 以及实际状态字符串本身。但是,任务管理器报告已使用 870M。这是 547M 的开销,或 ~251.87 位/条目,远远超过谷歌宣传的大约 4-5 位。
所以我认为我一定是做错了什么。但后来我发现了这个 site ,它显示了类似的结果,但是,我不确定他的图表是否只显示哈希表大小,或者也包括实际数据的大小。此外,他的代码不会释放任何插入到已经存在的 HashMap 中的字符串(这意味着如果他的图表确实包含实际数据的大小,它就会结束)。
这是一些显示输出问题的代码:
#include <google/sparse_hash_map>
#include <stdio.h>
#include <string.h>
#include <math.h>
#include <stdlib.h>
//String equality
struct eqstrc
{
bool operator()(const char* s1, const char* s2) const
{
return (s1 == s2) || (s1 && s2 && !strcmp(s1,s2));
}
};
//Hashing function
template <class T>
class fnv1Hash
{
public:
size_t operator()(const T& c) const {
unsigned int hash = 2166136261;
const unsigned char *key = (const unsigned char*)(c);
size_t L = strlen((const char*)c);
size_t i = 0;
for(const unsigned char *s = key; i < L; ++s, ++i)
hash = (16777619 * hash) ^ (*s);
return (size_t)hash;
}
};
//Function to form new string
char * new_string_from_integer(int num)
{
int ndigits = num == 0 ? 1 : (int)log10((float)num) + 1;
char * str = (char *)malloc(ndigits + 1);
sprintf(str, "%d", num);
return str;
}
typedef google::sparse_hash_map<const char*, int, fnv1Hash<const char*>, eqstrc> HashCharMap;
int main()
{
HashCharMap hashMapChar;
int N = 500;
int T = 100000;
//Fill hash table with strings
for(int k = 0; k < T; ++k)
{
for(int i = 0; i < N; ++i)
{
char * newString = new_string_from_integer(i*k);
std::pair<HashCharMap::iterator, bool> res = hashMapChar.insert(HashCharMap::value_type(newString, HashCharMap::data_type()));
(res.first)->second++;
if(res.second == false) //If the string already in hash map, don't need this memory
free(newString);
}
}
//Count memory used by key
size_t dataCount = 0;
for(HashCharMap::iterator hashCharItr = hashMapChar.begin(); hashCharItr != hashMapChar.end(); ++hashCharItr)
{
dataCount += sizeof(char*) + sizeof(unsigned int); //Size of data to store entries
dataCount += (((strlen(hashCharItr->first) + 1) + 3) & ~0x03); //Size of entries, padded to 4 byte boundaries
}
printf("Hash Map Size: %lu\n", (unsigned long)hashMapChar.size());
printf("Bytes written: %lu\n", (unsigned long)dataCount);
system("pause");
}
Hash Map Size: 18218975
Bytes written: 339018772
Peak Working Set (Reported by TaskManager): 891,228 K
Overhead: 560,155 K, or 251.87 bits/entry
我已经尝试过 Google Sparse Hash Map v1.10 和 v2.0.2。
我在使用 HashMap 时做错了什么吗?或者有没有更好的方法来解决这个问题,因为有了这些字符串,我几乎可以只存储字符串列表、排序,然后对连续的条目进行计数。
感谢您的帮助
因为有人问我,这里是实际数据的格式: 每个组件是 2 个字节,分为两个子部分。 12 位和 4 位。
角度是近似值(除以 16),以 4 位存储。
说的有点啰嗦,我写个例子:
0x120A 0x001B 0x136F = 粒子 288 (0x120),角度 10 (0xA)。在上一个时间步中有角度 11 (0xB)。与 1 (0x001) 个其他粒子交互。这另一个粒子是粒子 310 (0x136),在之前的时间步长中有 15 个角度 (0xF)。
粒子与 0 到 9 个其他粒子相互作用,因此我上面提到的 4-22 个字节(尽管很少,可以与多达 12 个或更多其他粒子相互作用。没有限制。如果所有 500 个粒子都在radius,则字符串长度为 1004 字节)
附加信息:我实际代码中的哈希函数和比较函数使用存储在第二个 short 的最高有效 12 位中的大小来进行处理,因为非终结符 0x0000s 可以出现在我的状态字符串中。一切正常。
最佳答案
这些数字来自 Linux 上的 gcc 实验。分配 4-22 字节的短 block 需要 16 字节用于 1-12 的长度,24 字节用于 13-20 和 32 字节用于其余部分。
这意味着您对 18218975 个字符串(“0”..“50000000”)的实验需要堆上 291503600 个字节,它们的长度总和(加上尾随 0)为 156681483。
因此,仅仅由于 malloc,您就有 135MB 的开销。
(这个峰值工作集大小是一个可靠的数字吗?)
关于c++ - 统计大数据流中每个元素出现的次数,我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题: https://stackoverflow.com/questions/24186015/
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