准备工作
1.安装好conda以及mamba
2.建立一个环境，命名为resfinder
conda create -n resfinder
激活环境
source activate resfinder
开始安装
1.准备安装脚本，复制以下代码至一个txt文件中，保存后修改文件名为"install_resfinder.sh"，代码修改自：
resfinder/install_resfinder.sh at master · cadms/resfinder (github.com)
赋予权限：
chmod 777 install_resfinder.sh
运行：
sh ./install_resfinder.sh
途中需要确认conda的软件安装，选择"Y"即可。
### Install ResFinder 4.0 ###
# 依赖软件安装:如果有装mamba的话则修改为mamba安装
conda install blast cgecore tabulate biopython python==3.8.13 -c bioconda
#resfinder安装及数据库的部署
git clone -b 4.0 https://bitbucket.org/genomicepidemiology/resfinder.git
git clone -b new_naming https://bitbucket.org/genomicepidemiology/pointfinder_db.git resfinder/db_pointfinder
git clone https://bitbucket.org/genomicepidemiology/resfinder_db.git resfinder/db_resfinder
git clone https://bitbucket.org/genomicepidemiology/kma.git resfinder/cge/kma
cd resfinder/cge/kma && make
cd ../..
mkdir db_resfinder/kma_indexing
cge/kma/kma_index -i db_resfinder/fusidicacid.fsa -o db_resfinder/kma_indexing/fusidicacid
cge/kma/kma_index -i db_resfinder/phenicol.fsa -o db_resfinder/kma_indexing/phenicol
cge/kma/kma_index -i db_resfinder/glycopeptide.fsa -o db_resfinder/kma_indexing/glycopeptide
cge/kma/kma_index -i db_resfinder/trimethoprim.fsa -o db_resfinder/kma_indexing/trimethoprim
cge/kma/kma_index -i db_resfinder/oxazolidinone.fsa -o db_resfinder/kma_indexing/oxazolidinone
cge/kma/kma_index -i db_resfinder/tetracycline.fsa -o db_resfinder/kma_indexing/tetracycline
cge/kma/kma_index -i db_resfinder/quinolone.fsa -o db_resfinder/kma_indexing/quinolone
cge/kma/kma_index -i db_resfinder/nitroimidazole.fsa -o db_resfinder/kma_indexing/nitroimidazole
cge/kma/kma_index -i db_resfinder/fosfomycin.fsa -o db_resfinder/kma_indexing/fosfomycin
cge/kma/kma_index -i db_resfinder/aminoglycoside.fsa -o db_resfinder/kma_indexing/aminoglycoside
cge/kma/kma_index -i db_resfinder/macrolide.fsa -o db_resfinder/kma_indexing/macrolide
cge/kma/kma_index -i db_resfinder/sulphonamide.fsa -o db_resfinder/kma_indexing/sulphonamide
cge/kma/kma_index -i db_resfinder/rifampicin.fsa -o db_resfinder/kma_indexing/rifampicin
cge/kma/kma_index -i db_resfinder/colistin.fsa -o db_resfinder/kma_indexing/colistin
cge/kma/kma_index -i db_resfinder/beta-lactam.fsa -o db_resfinder/kma_indexing/beta-lactam
cge/kma/kma_index -i db_pointfinder/campylobacter/*.fsa -o db_pointfinder/campylobacter/campylobacter
cge/kma/kma_index -i db_pointfinder/escherichia_coli/*.fsa -o db_pointfinder/escherichia_coli/escherichia_coli
cge/kma/kma_index -i db_pointfinder/enterococcus_faecalis/*.fsa -o db_pointfinder/enterococcus_faecalis/enterococcus_faecalis
cge/kma/kma_index -i db_pointfinder/enterococcus_faecium/*.fsa -o db_pointfinder/enterococcus_faecium/enterococcus_faecium
cge/kma/kma_index -i db_pointfinder/neisseria_gonorrhoeae/*.fsa -o db_pointfinder/neisseria_gonorrhoeae/neisseria_gonorrhoeae
cge/kma/kma_index -i db_pointfinder/salmonella/*.fsa -o db_pointfinder/salmonella/salmonella
cge/kma/kma_index -i db_pointfinder/mycobacterium_tuberculosis/*.fsa -o db_pointfinder/mycobacterium_tuberculosis/mycobacterium_tuberculosis
问题
正常来说按照以上的来是没有问题了。一开始我遇到的问题是安装完成后运行resfinder提示
"AttributeError: module 'collections' has no attribute 'MutableSet'"
查询后发现应该是python版本的问题，所以降级python从3.10至3.8.13（上面已经指定安装的python版本），之后就可以正常使用resfinder了。
我想为Heroku构建一个Rails3应用程序。他们使用Postgres作为他们的数据库，所以我通过MacPorts安装了postgres9.0。现在我需要一个postgresgem并且共识是出于性能原因你想要pggem。但是我对我得到的错误感到非常困惑当我尝试在rvm下通过geminstall安装pg时。我已经非常明确地指定了所有postgres目录的位置可以找到但仍然无法完成安装:$envARCHFLAGS='-archx86_64'geminstallpg--\--with-pg-config=/opt/local/var/db/postgresql90/defaultdb/po
我正在使用的第三方API的文档状态:"[O]urAPIonlyacceptspaddedBase64encodedstrings."什么是“填充的Base64编码字符串”以及如何在Ruby中生成它们。下面的代码是我第一次尝试创建转换为Base64的JSON格式数据。xa=Base64.encode64(a.to_json) 最佳答案 他们说的padding其实就是Base64本身的一部分。它是末尾的“=”和“==”。Base64将3个字节的数据包编码为4个编码字符。所以如果你的输入数据有长度n和n%3=1=>"=="末尾用于填充n%
尝试通过RVM将RubyGems升级到版本1.8.10并出现此错误:$rvmrubygemslatestRemovingoldRubygemsfiles...Installingrubygems-1.8.10forruby-1.9.2-p180...ERROR:Errorrunning'GEM_PATH="/Users/foo/.rvm/gems/ruby-1.9.2-p180:/Users/foo/.rvm/gems/ruby-1.9.2-p180@global:/Users/foo/.rvm/gems/ruby-1.9.2-p180:/Users/foo/.rvm/gems/rub
我打算为ruby脚本创建一个安装程序，但我希望能够确保机器安装了RVM。有没有一种方法可以完全离线安装RVM并且不引人注目(通过不引人注目，就像创建一个可以做所有事情的脚本而不是要求用户向他们的bash_profile或bashrc添加一些东西)我不是要脚本本身，只是一个关于如何走这条路的快速指针(如果可能的话)。我们还研究了这个很有帮助的问题:RVM-isthereawayforsimpleofflineinstall?但有点误导，因为答案只向我们展示了如何离线在RVM中安装ruby。我们需要能够离线安装RVM本身，并查看脚本https://raw.github.com/wayn
我有一个奇怪的问题:我在rvm上安装了rubyonrails。一切正常，我可以创建项目。但是在我输入“railsnew”时重新启动后，我有“程序'rails'当前未安装。”。SystemUbuntu12.04ruby-v"1.9.3p194"gemlistactionmailer(3.2.5)actionpack(3.2.5)activemodel(3.2.5)activerecord(3.2.5)activeresource(3.2.5)activesupport(3.2.5)arel(3.0.2)builder(3.0.0)bundler(1.1.4)coffee-rails(
我刚刚为fedora安装了emacs。我想用emacs编写ruby。为ruby提供代码提示、代码完成类型功能所需的工具、扩展是什么？ 最佳答案 ruby-mode已经包含在Emacs23之后的版本中。不过，它也可以通过ELPA获得。您可能感兴趣的其他一些事情是集成RVM、feature-mode(Cucumber)、rspec-mode、ruby-electric、inf-ruby、rinari(用于Rails)等。这是我当前用于Ruby开发的Emacs配置:https://github.com/citizen428/emacs
我正在尝试在我的centos服务器上安装therubyracer，但遇到了麻烦。$geminstalltherubyracerBuildingnativeextensions.Thiscouldtakeawhile...ERROR:Errorinstallingtherubyracer:ERROR:Failedtobuildgemnativeextension./usr/local/rvm/rubies/ruby-1.9.3-p125/bin/rubyextconf.rbcheckingformain()in-lpthread...yescheckingforv8.h...no***e
我的最终目标是安装当前版本的RubyonRails。我在OSXMountainLion上运行。到目前为止，这是我的过程:已安装的RVM$\curl-Lhttps://get.rvm.io|bash-sstable检查已知(我假设已批准)安装$rvmlistknown我看到当前的稳定版本可用[ruby-]2.0.0[-p247]输入命令安装$rvminstall2.0.0-p247注意:我也试过这些安装命令$rvminstallruby-2.0.0-p247$rvminstallruby=2.0.0-p247我很快就无处可去了。结果:$rvminstall2.0.0-p247Search
我实际上是在尝试使用RVM在我的OSX10.7.5上更新ruby，并在输入以下命令后:rvminstallruby我得到了以下回复:Searchingforbinaryrubies,thismighttakesometime.Checkingrequirementsforosx.Installingrequirementsforosx.Updatingsystem.......Errorrunning'requirements_osx_brew_update_systemruby-2.0.0-p247',pleaseread/Users/username/.rvm/log/138121
由于fast-stemmer的问题，我很难安装我想要的任何rubygem。我把我得到的错误放在下面。Buildingnativeextensions.Thiscouldtakeawhile...ERROR:Errorinstallingfast-stemmer:ERROR:Failedtobuildgemnativeextension./System/Library/Frameworks/Ruby.framework/Versions/2.0/usr/bin/rubyextconf.rbcreatingMakefilemake"DESTDIR="cleanmake"DESTDIR=