草庐IT

C++ 加速多个 substr() 或等效函数调用以解析大字符串

coder 2024-02-15 原文

我正在尝试解析从文件加载到内存中的大字符串。我正在使用可变长度的滑动窗口解析 DNA 序列(存储为字符串)。问题是字符串太大，遍历它们需要很长时间。我不知道这是否可能，但是否有可能以某种方式加快速度？

我的意思是我希望 I/O 主导我的应用程序，所以我将逐行读取改为一次将整个文件读入内存，但在测试我的代码后我发现它大部分时间都在这样的循环中:

size_t currentCharNumber = 0;
int16_t windowSize = 50;
//seq is a string of length 249250621
while(seq.length() - currentLinePos < windowSize)
{
   string temp = seq.substr(currentLinePos, windowSize);
   //do stuff to temp
   ++currentLinePos;
}

将序列从文件加载到内存只需要几秒钟，但解析序列需要大约 30 分钟(即使在注释掉 substr() 调用下面的处理之后)。我是否遗漏了什么会增加大量开销，或者可能是因为我的数据大小？

提及我可以忽略包含 ATCG 以外字符的子字符串是否有帮助？我的意思是我在我的代码中执行此过滤，但仅在我从 substr 获取字符串之后。

这是我第一次发帖，我的 C++ 有点生疏。任何反馈将不胜感激。

最佳答案

您可能需要考虑从使用 string 切换到使用 std::deque<char> 来保持你的滑动窗口. deque type 针对在两端插入和删除值进行了优化，因此在这里是一个很好的候选者。您可以先将前 50 个字符加载到 deque 中，然后可以像这样调整循环:

/* Initialize the window to the first windowSize characters. */
std::deque<char> window(seq.begin(), seq.begin() + windowSize);

/* Repeatedly process each window. */
for (size_t i = windowSize; i < seq.length(); ++i) {
    /* Do something to window */

    /* Drop the first character from the window, then add the next character
     * of the sequence.
     */
    window.pop_front();
    window.push_back(seq[i]);     
}

这使得构建每个窗口的时间为 O(1) 而不是 O(k)，其中 k是窗口中的字符数。这可能会显着减少运行时间，因为窗口中的字符数非常大。

希望这对您有所帮助!

关于C++ 加速多个 substr() 或等效函数调用以解析大字符串，我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题： https://stackoverflow.com/questions/12148296/

等效ampcodesectionwindowSizec++stringperformancedata-structuressubstr

有关C++ 加速多个 substr() 或等效函数调用以解析大字符串的更多相关文章

  1. ruby - 如何从 ruby​​ 中的字符串运行任意对象方法？ - 2

    总的来说，我对ruby​​还比较陌生，我正在为我正在创建的对象编写一些rspec测试用例。许多测试用例都非常基础，我只是想确保正确填充和返回值。我想知道是否有办法使用循环结构来执行此操作。不必为我要测试的每个方法都设置一个assertEquals。例如:describeitem,"TestingtheItem"doit"willhaveanullvaluetostart"doitem=Item.new#HereIcoulddotheitem.name.shouldbe_nil#thenIcoulddoitem.category.shouldbe_nilendend但我想要一些方法来使用

  2. Ruby 解析字符串 - 2

    我有一个字符串input="maybe(thisis|thatwas)some((nice|ugly)(day|night)|(strange(weather|time)))"Ruby中解析该字符串的最佳方法是什么？我的意思是脚本应该能够像这样构建句子:maybethisissomeuglynightmaybethatwassomenicenightmaybethiswassomestrangetime等等，你明白了......我应该一个字符一个字符地读取字符串并构建一个带有堆栈的状态机来存储括号值以供以后计算，还是有更好的方法？也许为此目的准备了一个开箱即用的库？

  3. ruby-on-rails - 在 Rails 中将文件大小字符串转换为等效千字节 - 2

    我的目标是转换表单输入，例如“100兆字节”或“1GB”，并将其转换为我可以存储在数据库中的文件大小(以千字节为单位)。目前，我有这个:defquota_convert@regex=/([0-9]+)(.*)s/@sizes=%w{kilobytemegabytegigabyte}m=self.quota.match(@regex)if@sizes.include?m[2]eval("self.quota=#{m[1]}.#{m[2]}")endend这有效，但前提是输入是倍数(“gigabytes”，而不是“gigabyte”)并且由于使用了eval看起来疯狂不安全。所以，功能正常，

  4. ruby-on-rails - unicode 字符串的长度 - 2

    在我的Rails(2.3，Ruby1.8.7)应用程序中，我需要将字符串截断到一定长度。该字符串是unicode，在控制台中运行测试时，例如'א'.length，我意识到返回了双倍长度。我想要一个与编码无关的长度，以便对unicode字符串或latin1编码字符串进行相同的截断。我已经了解了Ruby的大部分unicode资料，但仍然有些一头雾水。应该如何解决这个问题？ 最佳答案 Rails有一个返回多字节字符的mb_chars方法。试试unicode_string.mb_chars.slice(0,50)

  5. ruby-on-rails - Rails 3 中的多个路由文件 - 2

    Rails2.3可以选择随时使用RouteSet#add_configuration_file添加更多路由。是否可以在Rails3项目中做同样的事情？ 最佳答案 在config/application.rb中:config.paths.config.routes在Rails3.2(也可能是Rails3.1)中，使用:config.paths["config/routes"] 关于ruby-on-rails-Rails3中的多个路由文件，我们在StackOverflow上找到一个类似的问题

  6. ruby - 将差异补丁应用于字符串/文件 - 2

    对于具有离线功能的智能手机应用程序，我正在为Xml文件创建单向文本同步。我希望我的服务器将增量/差异(例如GNU差异补丁)发送到目标设备。这是计划:Time=0Server:hasversion_1ofXmlfile(~800kiB)Client:hasversion_1ofXmlfile(~800kiB)Time=1Server:hasversion_1andversion_2ofXmlfile(each~800kiB)computesdeltaoftheseversions(=patch)(~10kiB)sendspatchtoClient(~10kiBtransferred)Cl

  7. ruby-on-rails - 在 Ruby 中循环遍历多个数组 - 2

    我有多个ActiveRecord子类Item的实例数组，我需要根据最早的事件循环打印。在这种情况下，我需要打印付款和维护日期，如下所示:ItemAmaintenancerequiredin5daysItemBpaymentrequiredin6daysItemApaymentrequiredin7daysItemBmaintenancerequiredin8days我目前有两个查询，用于查找maintenance和payment项目(非排他性查询)，并输出如下内容:paymentrequiredin...maintenancerequiredin...有什么方法可以改善上述(丑陋的)代

  8. ruby-on-rails - Rails 常用字符串(用于通知和错误信息等) - 2

    大约一年前，我决定确保每个包含非唯一文本的Flash通知都将从模块中的方法中获取文本。我这样做的最初原因是为了避免一遍又一遍地输入相同的字符串。如果我想更改措辞，我可以在一个地方轻松完成，而且一遍又一遍地重复同一件事而出现拼写错误的可能性也会降低。我最终得到的是这样的:moduleMessagesdefformat_error_messages(errors)errors.map{|attribute,message|"Error:#{attribute.to_s.titleize}#{message}."}enddeferror_message_could_not_find(obje

  9. ruby - 如何以所有可能的方式将字符串拆分为长度最多为 3 的连续子字符串？ - 2

    我试图获取一个长度在1到10之间的字符串，并输出将字符串分解为大小为1、2或3的连续子字符串的所有可能方式。例如:输入:123456将整数分割成单个字符，然后继续查找组合。该代码将返回以下所有数组。[1,2,3,4,5,6][12,3,4,5,6][1,23,4,5,6][1,2,34,5,6][1,2,3,45,6][1,2,3,4,56][12,34,5,6][12,3,45,6][12,3,4,56][1,23,45,6][1,2,34,56][1,23,4,56][12,34,56][123,4,5,6][1,234,5,6][1,2,345,6][1,2,3,456][123

  10. ruby - 什么是填充的 Base64 编码字符串以及如何在 ruby​​ 中生成它们？ - 2

    我正在使用的第三方API的文档状态:"[O]urAPIonlyacceptspaddedBase64encodedstrings."什么是“填充的Base64编码字符串”以及如何在Ruby中生成它们。下面的代码是我第一次尝试创建转换为Base64的JSON格式数据。xa=Base64.encode64(a.to_json) 最佳答案 他们说的padding其实就是Base64本身的一部分。它是末尾的“=”和“==”。Base64将3个字节的数据包编码为4个编码字符。所以如果你的输入数据有长度n和n%3=1=>"=="末尾用于填充n%

随机推荐