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跟着Nature Communication学作图：R语言ggplot2画世界地图展示采样地点

小明的数据分析笔记本 2023-11-08 原文

论文

Structure and function of the soil microbiome underlying N2O emissions from global wetlands

https://www.nature.com/articles/s41467-022-29161-3#Sec21

没有找到论文的代码，但是论文的数据是公开的，可以用论文中的数据复现一下论文中的结果，今天的推文试着复现一下论文中的figure1a

世界地图的数据

ggplot2自带了一份地图数据，可以直接使用，这里需要注意的是我们画的是没有国家边界的世界地图，如果是带有国家边界的地图，使用数据的时候需要小心。

ggplot2画地图

library(ggplot2)
world<-map_data("world")
ggplot() +
  geom_polygon(data=world,aes(x=long,y=lat,group=group),
               fill="#dedede")+
  theme_bw()+
  scale_y_continuous(expand = expansion(mult=c(0,0)))+
  scale_x_continuous(expand = expansion(add=c(0,0))) -> world.map

world.map
image.png

采样地点部分数据

image.png

读取数据

library(readxl)

dat01<-read_excel("data/20220603/NC/41467_2022_29161_MOESM12_ESM.xlsx",
                  sheet = "Fig.1a")
head(dat01)

给数据集增加新的一列

dat01 %>% 
  mutate(n2o=case_when(
    N2O<10 ~ "-2..10",
    N2O >= 10 & N2O < 100 ~ "10..100",
    N2O >= 100 ~ "100..500"
  )) -> new.dat01

作图代码

library(ggstar)
world.map + 
  geom_star(data=dat01,
             aes(x=Longitude,y=Latitude,
                 starshape=Land_use,
                 color=`AamoA/nir`,
                 fill=`AamoA/nir`),
            size=4,
            position = position_jitter(width = 10,
                                       height = 10,
                                       seed = 1234))+
  scale_starshape_manual(values=c(11:15,20,9))+
  scale_fill_gradient2(low = "#429eb3",
                       mid = "#e9c922",
                       high = "#f22101",
                       midpoint = 0.5)+
  scale_color_gradient2(low = "#429eb3",
                       mid = "#e9c922",
                       high = "#f22101",
                       midpoint = 0.5) -> world.map.01


world.map.01 +
  geom_point(data=new.dat01,
             aes(x=Longitude,y=Latitude,
                 shape=n2o),
             position = position_jitter(width = 10,
                                        height = 10,
                                        seed = 1234))+
  scale_shape_manual(values = c(3,4,8),
                     name= expression("A^2"))+
  theme(#legend.position = c(0.5,0.5),
        legend.background = element_rect(fill = "transparent"))+
  labs(x="Longitude",y="Latitude")
image.png

这里遇到两个问题

  • 1 这里有三个图例，有没有办法用代码调整每个图例的位置呢？暂时没有找到解决办法

  • 2 图例的标题如何用代码设置上下标暂时没有找到解决办法

这连个问题目前的解决办法是出图后编辑图片

采样地点数据可以到论文中去下载，代码可以在推文中复制，如果需要我整理好的代码可以给推文打赏1元获取

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作图Communicationsectionblockquoteworld

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