Conda是开放源代码的软件包管理系统和环境管理系统。miniconda是Conda的精简版本，我们一般使用miniconda进行生信上游流程软件的安装。
相比于其他软件下载方式，其优势在于能简单快捷下载软件及其所需的依赖环境，并且为每个流程创建单独的环境，避免软件之间可能引起的冲突。

Conda官网：Conda — Conda documentation

conda.png

本例中使用的为windows子系统——Ubuntu，其下载和配置见Windows子系统的体验与配置——Ubuntu-22.04 - 简书 (jianshu.com)

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1. miniconda3的下载安装

• 切换到安装位置（一般为主目录~）， 从中科大镜像下载最新的miniconda3，bash启动安装，一直enter、yes就可以了。

wget https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
#wget -c https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

bash  Miniconda-latest-Linux-x86_64.sh

• 若想平时不在conda环境，则需要将.bashrc文件中的conda设置内容注释 。
  平时在~/miniconda3/bin/下执行 source activate就可使用conda了。
  更便捷的方法是在~/.bashrc 下添加 ：

alias condaac='source ~/miniconda3/bin/activate' 

设置后使用condaac命令就可以快捷地激活conda环境了

注释掉conda 启动代码，添加alias

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2. 设置conda镜像源

依次输入以下命令设置软件镜像源，并展示镜像源地址，一般设下载地址为清华，也可以选择其他。注意，要用 bioconda 源，必须先设置 conda-forge 源，并且 conda-forge 源优先级是最高的

清华：anaconda | 镜像站使用帮助 | 清华大学开源软件镜像站 | Tsinghua Open Source Mirror

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config  --set show_channel_urls yes

北外镜像：

conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/r/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config  --set show_channel_urls yes

中科大：

conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/pro
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/r
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/main
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config  --set show_channel_urls yes

其他一些命令：

conda config --show channels                              #显示镜像源
conda config --show-sources                               #显示镜像源
conda config --remove channels  https://***              #删除镜像源

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3. 创建流程环境

• 创建rna流程环境，指定python版本为3，同时下载sra-tools 软件

conda create -n rna_p3 python=3 sra-tools               
conda env list                                      #查看环境
conda activate rna_p3                               #进入conda 环境
conda deactivate                                    #退出当前conda环境

• 如果想重命名环境：先新建clone再进行删除

conda create -n rna --clone rna_p3
conda remove -n rna_p3 --all

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4. 软件的下载管理

conda安装包在线查询 https://anaconda.org/

conda install （-y）软件名            # 安装软件
conda install 软件名=版本号           # 安装特定版本软件
conda search 软件名                   #搜索软件
conda list                           # 列出已安装软件
conda update  软件名                   #更新软件 
conda remove 软件名                   #卸载软件

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5. 在脚本中切换conda环境

若想在脚本中切换conda环境，脚本内容如下，脚本执行完后会自动退回当前环境

  source  ~/miniconda3/bin/activate  rna_p3
  python --version
  conda info --envs
  #####命令
  python --version
  conda info --envs

或者先在脚本执行source ~/miniconda3/etc/profile.d/conda.sh，再使用conda命令

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6. 环境迁移：导出安装包列表成为yaml文件

如果想要迁移环境中的安装包到其他计算机上，可以导出yaml文件

conda env export --file rna_p3_env.yaml --name rna_p3
conda env create -f rna_p3_env.yaml

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参考资料：
conda的安装与使用（2021-04-27更新） - 简书 (jianshu.com)
bioconda channel设置 - 简书 (jianshu.com)
【生信技能树】转录组测序数据分析_哔哩哔哩_bilibili