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生物信息学中常用的linux命令（二）

生信开荒牛 2023-10-24 原文

一、压缩和解压缩

  1. “tar.gz”结尾的文件: tar

#将file1，file2文件打包到newfile.tar
tar -cf newfile.tar file1 file2 
#将test.tar.gz文件解压并提取里边的文件
tar -xzvf test.tar.gz

  1. “.zip”结尾的文件: zip

#将file1，file2进行压缩到newfile.zip内
zip newfile.zip file1 file2
#解压
unzip newfile.zip

  1. “.gz”结尾的文件: gzip

#将file压缩为file.gz
gzip file 
#解压
gunzip file.gz

  1. “.bz2”结尾的文件: bzip2

#将file压缩为file.bz2并删除源文件
bzip2 file 
#解压
bunzip2file.bz2

二、数据统计与处理

  1. sort 将文本文件内容进行排序

    参 数：
    -n/-g 将文件按数值大小从小到大排序（默认按ascii码从小到大排序）
    -k按第num列内容对文件排序（默认按第一列）
    -r 反向排序

#对file文件按第一列内容ascii码值从小到大排序并输出。
sort file 
#对file文件按第3列内容数值大小从小到大排序。
sort -n -k 3 file 
#对file文件按数值大小反向排序，优先考虑第一列，再考虑第二列
sort -nr -k1,2 file

  1. uniq 合并文件中相邻的相同的行

    参 数：
    -c 在每行第一列显示该行重复次数
    -d 仅显示有重复的行

#合并相同的行，并统计每行重复次数，输出到屏幕
uniq -c file 
#合并相同的行，并显示file中有重复出现的行，输出到outfile文件中
uniq -d file outfile

  1. wc 统计文件中字节数

    参 数：
    -c 只统计字节数/Bytes数
    -w 只统计字数（单词数）
    -l 只统计行数

#显示文件file的字节数，字数，行数
wc file 
#显示文件file的行数
wc -l file

  1. grep 查找文件中符合条件的行

    参 数：
    -v 不匹配，显示文件中不匹配string的行

#查找文件中含有“world”的行
grep world file 
#查找文件中不含有“world”的行
grep -v world file

  1. awk 对特定的行中特定的列进行操作

    参 数：
    -F 指定列的分割符，可以使任意字符，默认按空白分割

#按“：”来分割并打印出第一列
awk -F “:” ‘{print $1}’ 
#对第一列大于100的行整行输出
awk ‘($1 > 100){print $0}’ 
#对第一列大于100的行输出第一列和第二列的结果并以“\t”分割。
awk ‘($1 > 100){print $1”\t”$2}’ 
#对第三列匹配“world”的行的第一列求和，全部处理完之后输出结果x的值
awk ‘($3~/world/){ x+= $1}END{print x}’

  1. sed 文本处理并可对文件进行编辑

    参 数：
    -i 直接在原文件中修改（默认修改后屏幕输出，原文件不变）

#将file文件中的test字符替换为new_word
sed -i ‘s/test/new_word/’ file 
#将file文件中匹配pattern字串的行进行替换操作
sed -i ‘/pattern/ s/test/new_word/’ file 
#将文件file中的空白行删除（d） 
sed -i ‘/^$/ d’ file

  1. chmod 设置文件或目录权限

    -R 对目录和目录下所有文件均设置权限
    详细说明：文件权限分为是否可读(r)、是否可写(w)、是否可执行(x)3种，同时对应档案拥有者(u)、同 组成员(g)、其他成员(o)3种。mode分为符号模式和数值模式。
    符号模式：[ugoa] [+-=] [rwx]
    数值模式：用1/0表示，则111表示可读可写可执行，000表示不可读不可写不可执行，可读可写可执行 分别对应10进制的4,2,1，则5表示可读不可写可执行。

#对file 文件用户自身增加可执行权限，同组成员权限设置为可读可写，对其他成员移除rwx权限。
chmod u+xg=rx o-rwx file 
#对file文件所有成员移除可写权限。
chmod a-w file 
#对dirname目录及其下所有文件权限设置为用户自身可读可写可执行，同组成员可读可执行，其他成员无权限。
chmod -R 750 dirname

  1. find 查找文件

#在当前目录及其子目录下查找文件名为file的文件
find./ -name file 
#寻找文件名以a结尾的目录文件。
find ./ -name ‘*a’ -type d

  1. du 显示目录或文件的大小

    参 数：
    -a 显示目录中个别文件大小
    -s 只显示总计
    -h 以“K” ，“M” ，“G”为单位显示

#显示当前目录的大小
du -sh ./ 
#显示dir目录下所有文件大小，不包括下一级目录
du -ah --max-depth=1 dir
中常生物filecodepre

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