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怎样完整读取IEU的.vcf文件并转为数据框

旅行的白山茶 2023-10-09 原文

大家好，好久不见，这个号目前只有我在写，所有更新随心所欲，想起来什么就发点啥，也不为挣钱，希望能跟大家分享一些自己在生信学习中的感受。

今天我们来学习一个有意思的事情，IEU数据库做孟德尔随机化分析的应该都很熟悉了，平时我们都直接使用TwoSampleMR包里的extract_instruments函数提取p<5-e8数据了，但是进行一些特殊处理，如共定位分析的时候，需要提取完整数据，今天教大家怎样从IEU数据库提取一个GWAS的完整数据。

首先，直接用原来的函数extract_instruments，然后把p1参数改成1是不行的，因为有的GWAS数据库比较大，在线提取的时候超过300秒会报错。

不用害怕，非常简单，现成的包和代码已经有官方或者前辈写好了。我们需要3步，1.下载vcf文件，如图，和平时下载数据是一样的，下载完后放在工作目录；

2. 在R里面使用VariantAnnotation包readVcf函数读取，例如data0=VariantAnnotation::readVcf("ieu-b-4979.vcf.gz")；3. 使用gwasvcf包里的vcf_to_tibble函数，例如data1=gwasvcf::vcf_to_tibble(data0,id='ieu-b-4979')，得到一个数据框，里面有我们需要的全部信息。

这样就把完整的vcf数据提取出来了，完整的数据对于我们提取其他有效信息非常有用，不过这个数据框的列名有些比较令人费解，并不是我们数据的命名形式。下一次我们讲这个完整数据每一列的列名代表什么意思。

R语言是生信学习避不开的语言，在孟德尔随机化领域，基本上只有R可以做完所有的分析，R在绘图上也有很完善的语法，也是比较简单的语言，我目前学习上碰到的事情大部分都是R完成的，少量使用到python，希望大家能学好R。

并转为数section的列名

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