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利用Python读取fasta文件并进行一系列操作（上）

yhlhhhh 2023-04-10 原文

利用Python读取fasta文件并进行一系列操作（上）

概述

语言：python3.8
模块：pysam collections
可选：jupyter
整体思路：将fasta格式的基因原始数据处理为方便读写的txt格式并进行操作

步骤：

  1. 获取自己的fasta文件（这里我将从NCBI上下载人类的ABO基因参考序列的fasta文件为例）
  2. 利用pysam模块的FastaFile函数读取fasta，之后即可获取fasta的基本信息：filename 文件名，references 染色体编号（因为这里我下载的是ABO基因的fasta，所以不是染色体编号），nreferences 染色体数，lengths 每条染色体长度（这个非常重要！）
import pysam as sam
# 读取fasta
fasta = sam.FastaFile('ABO_sequence.fasta')
# 获取染色体编号
fasta.references
# 获取文件名
fasta.filename
# 获取染色体数
fasta.nreferences
# 获取每条染色体长
fasta.lengths

返回结果如下：

['NG_006669.2']

b'ABO_sequence.fasta'

1

[42144]
  1. 通过获取输出的长度，我们知道了这个ABO基因的长度值为42144，我们再利用fetch函数获取ABO基因碱基序列（注意索引是从0开始）
data = fasta.fetch('NG_006669.2', 0, 42144)

输出结果如下图：

  1. 我们的最终目的是要输出txt，所以就需要将我们的碱基序列写到txt上
with open('ABO_seq.txt', 'w') as f:
    f.write(data)
  1. 我们可以利用我们输出的txt来做点事情，例如看看这个序列中4种碱基数量，先读取文件，再处理为列表，利用collections模块的Counter函数来输出结果
from collections import Counter

with open('ABO_seq.txt', 'r') as f:
    seq = f.read()
    seq.split()
    print(Counter(seq))

结果展示：


下面总结一下将fasta输出为txt的代码如下：

import pysam as sam
# 读取fasta
fasta = sam.FastaFile('ABO_sequence.fasta')
# 获取每条染色体长
fasta.lengths
# 获取指定的碱基序列
data = fasta.fetch('NG_006669.2', 0, 42144)
# 将序列输出为txt文件
with open('ABO_seq.txt', 'w') as f:
    f.write(data)

更多操作将在下篇解锁！

并进Pythonquotspanlt

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