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Anaconda 安装R环境，安装Package和配置镜像

Z_bioinfo 2023-10-14 原文

安装R

在安装之前，先检查一下本地的环境有哪些：


image.png

接着创建一个R环境：
然后切换到新建的r环境：

conda activate r

接着安装r：

conda install r

过程大概如下：


image.png

image.png

过程中遇到一些问题：

有些安装包由于网络问题不能下载完全，如下所示


image.png

对于这个问题，只需要再针对这些包单独安装即可：

例如：

conda install r-base=3.6.1

全部安装完毕之后，检查是否安装完成：

输入R按Tab键：


image.png

可以看到R和Rscript都能检索出来了，安装完毕。

安装Package：

第一种方法使用R脚本安装：

#输入R回车,进入R命令行交互界面，输入如下命令进行安装
 
>install.package("glue")

第二种方式使用Anaconda进行安装：

既然我们选择了Anaconda安装R，那么使用Anaconda安装Package也是比较方便的，并且易于管理。

方法如下：

打开https://anaconda.org/网站，看到如下界面

image.png

在搜索窗口输入r-glue进行搜索，注意R的package一般都有r-为前缀。
image.png

可以看到有很多结果，结果为xxx/r-glue的形式，其中xxx为不同的channel，可以选择其中一个点击进去，以第一个为例
image.png

清楚的告诉我们选择任何一个进行安装即可。由于我已经安装过r-glue，所以以r-wavelets为例进行演示，如下
image.png

注：-c r 的意思是选择r这个channel

添加Channel和镜像

由于访问国外的网络经常会有网速慢的问题，所以可以添加一些国内镜像作为channel，这样就能在下载的时候体验飞一般的速度了。方法如下：

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/msys2/

当然也可以打开home目录下的.condarc文件手工添加，格式如下：

channels:
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/msys2/
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
image.png

如上图所示，可以使用镜像下载了，速度飞快。

AnacondaPackagesectionimagesupload

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