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snpEff构建物种数据库及完成vcf变异文件注释

云养江停 2023-03-28 原文

1. 如果在没有jdk12的conda下安装snpeff，会报错

Error: A JNI error has occurred, please check your installation and try again
Exception in thread "main" java.lang.UnsupportedClassVersionError: org/snpeff/SnpEff has been compiled by a more recent version of the Java Runtime (class file version 55.0), this version of the Java Runtime only recognizes class file versions up to 52.0
 at java.lang.ClassLoader.defineClass1(Native Method)
 at java.lang.ClassLoader.defineClass(ClassLoader.java:756)
 at java.security.SecureClassLoader.defineClass(SecureClassLoader.java:142)
 at java.net.URLClassLoader.defineClass(URLClassLoader.java:468)
 at java.net.URLClassLoader.access$100(URLClassLoader.java:74)
 at java.net.URLClassLoader$1.run(URLClassLoader.java:369)
 at java.net.URLClassLoader$1.run(URLClassLoader.java:363)
 at java.security.AccessController.doPrivileged(Native Method)
 at java.net.URLClassLoader.findClass(URLClassLoader.java:362)
 at java.lang.ClassLoader.loadClass(ClassLoader.java:418)
 at sun.misc.Launcher$AppClassLoader.loadClass(Launcher.java:352)
 at java.lang.ClassLoader.loadClass(ClassLoader.java:351)
 at sun.launcher.LauncherHelper.checkAndLoadMain(LauncherHelper.java:495)

解决方法（针对非root用户）

conda create -n java12
conda activate java12
conda install -c r r-rjava
java -version
openjdk version "11.0.9.1-internal" 2020-11-04
OpenJDK Runtime Environment (build 11.0.9.1-internal+0-adhoc..src)
OpenJDK 64-Bit Server VM (build 11.0.9.1-internal+0-adhoc..src, mixed mode)
##足够能带动snpEff就行
conda install -y snpeff   ##下载后启动snpEff

参考：https://www.jianshu.com/p/3e3ebd397293
https://zhuanlan.zhihu.com/p/476561285

2.构建自有物种数据库

因为我是要从头构建注释基因集，所以它自带的数据库对我就没有什么用
而第一步便是要找到snpEff.config这个文件进行添加
这个文件在哪呢？
我的是在下面这个这个文件，如果你使用conda安装的，基本就是在minicondas下面pkgs里面的snpeff开头的文件夹里面，然后依次往下找就是了

cd /home/wangshuangyi/miniconda2/pkgs/snpeff-5.1-hdfd78af_2/share/snpeff-5.1-2
#该目录下存在：
scripts  snpEff  snpEff.config  snpEff.jar

假设我要构建的基因组叫Amur_ide

(1) 追加一行文件内容到snpEff.config

 echo "Amur_ide.genome: Amur_ide" >> snpEff.config

(2) 在含有snpEff.config那个地方，创建个文件夹data, 然后在data里面又创建两个文件夹Amur_ide，genomes

    Amur_ide/   genomes/
 Amur_ide/中包括了genes.gff3   cds.fa protein.fa   ##无论原名是啥都改为这个
genomes/中包括了基因组文件 Amur_ide.fa ##无论原名是啥都改为这个。

(3) 在含有snpEff.config那个地方,执行命令构建数据库

./snpEff build -gff3 -v Amur_ide
# -c , -config   : Specify config file
#  -v , -verbose : Verbose mode (详细模式)

(4) 注释

在注释之前，检查vcf变异文件，应去除##注释信息，开头应为：

#CHROM  POS     ID      REF     ALT     QUAL    FILTER  INFO    FORMAT

java -Xmx4g -jar ../snpEff.jar ann Amur_ide  -o vcf -v ./alk_fw_pass_merged_filter.vcf -csvStats 1.csv -stats 1.html > selected.ann.vcf

##-Xmx：堆内存的最⼤值，默认值是物理内存的1/4（且⼩于1G），如默认情况下当堆中可⽤内存⼤于70%时，堆内存会开始减少，⼀直减⼩到-Xms的⼤⼩
# -csvStats <file> : Create CSV summary file.
#-s , -stats, -htmlStats: Create HTML summary file.  Default is 'snpEff_summary.html'
#-o <format> : Ouput format [ vcf, gatk, bed, bedAnn ]. Default: VCF.
#-formatEff: Use 'EFF' field compatible with older versions (instead of 'ANN'). (使用与旧版本兼容的'EFF'字段(而不是'ANN')。)
物种snpEffjavaURLClassLoader

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