我正在尝试调试 Rcpp在运行时编译代码。很长一段时间以来，我一直试图让它成功地工作。 这里问了一个非常相似的问题:Debugging (line by line) of Rcpp-generated DLL under Windows问同样的问题，但问题和答案都远远超出了我的理解。

这是我的:

Windows 7 Pro SP1
R 3.5
Rstudio 1.1.463 with Rcpp.
Rbuild Tools from Rstudio. (c++ compiler)

程序: 在 Rstudio File->New File->C++ File(创建一个带有 timesTwo 函数的示例文件。)

我在这个文件中添加了一个新函数:

// [[Rcpp::export]]
NumericVector timesTwo2(NumericVector x) {
  for(int ii = 0; ii <= x.size(); ii++)
  {
    x.at(ii) = x.at(ii) * 2;
  }
  return x;
}

我在保存时检查了源并将文件另存为 RcppTest.cpp，它成功地获取或编译了文件。

在 Rstudio 中运行代码:

data = c(1:10)
data
[1]  1  2  3  4  5  6  7  8  9 10
timesTwo2(data)
Error in timesTwo2(data) : Index out of bounds: [index=10; extent=10].

错误是因为在for循环中是<= x.size()所以结果是运行时错误。

问题是如何获得有关此错误的调​​试输出，合理地告诉我发生了什么？ 至少我想知道触发异常的代码行以及使用哪些参数。 此外，我真的很想在异常发生之前逐行执行代码，这样我就可以准确监控正在发生的事情。

我可以安装任何其他程序或应用任何其他设置，只要我能找到有关操作方法的准确详细信息。现在我从头开始只是为了让它工作。谢谢。

更新: 我找到了这个网站:Debugging Rcpp c++ code using gdb 我安装了最新的 gcc 8.1 与 gdb

我找到了 CXXFLAGS在makeconf文件位于 C:\Program Files\R\R-3.5.1\etc\x64 然后我开始了 Rgui按照建议，但是当我尝试 Rcpp:::sourceCpp我得到一个错误:

> library(Rcpp)
> Rcpp::sourceCpp('Rcpptest.cpp')
C:/PROGRA~1/R/R-35~1.1/etc/x64/Makeconf:230: warning: overriding recipe for target '.m.o'
C:/PROGRA~1/R/R-35~1.1/etc/x64/Makeconf:223: warning: ignoring old recipe for target '.m.o'
c:/Rtools/mingw_64/bin/g++  -I"C:/PROGRA~1/R/R-35~1.1/include" -DNDEBUG   -I"C:/Users/Michael/Documents/R/win-library/3.5/Rcpp/include" -I"C:/PROGRA~1/R/R-35~1.1/bin/x64"        -ggdb -O0 -Wall -gdwarf-2 -mtune=generic -c Rcpptest.cpp -o Rcpptest.o
process_begin: CreateProcess(NULL, c:/Rtools/mingw_64/bin/g++ -IC:/PROGRA~1/R/R-35~1.1/include -DNDEBUG -IC:/Users/Michael/Documents/R/win-library/3.5/Rcpp/include -IC:/PROGRA~1/R/R-35~1.1/bin/x64 -ggdb -O0 -Wall -gdwarf-2 -mtune=generic -c Rcpptest.cpp -o Rcpptest.o, ...) failed.
make (e=2): The system cannot find the file specified.

make: *** [C:/PROGRA~1/R/R-35~1.1/etc/x64/Makeconf:215: Rcpptest.o] Error 2
Error in Rcpp::sourceCpp("Rcpptest.cpp") : 
  Error 1 occurred building shared library.

WARNING: The tools required to build C++ code for R were not found.

Please download and install the appropriate version of Rtools:

http://cran.r-project.org/bin/windows/Rtools/

看起来它正在加载新的 CXXFLAGS它正在使用 DEBUG , 不过好像还是编译不了。有人知道错误的原因吗？

我尝试以与 Rgui 相同的方式运行 Rstudio它从 gdb 中显示的许多线程开始窗口，但 Rstudio 中的所有内容都像以前一样运行，没有来自 Rstudio 或 gdb 的额外调试信息。 .

更新 2: 由于上面的错误指出 Rgui没有用于编译的 Rtools，所以我从提供的链接安装了 Rtools。它安装在 C:\Rtools 中，而 Rstudio 安装在 C:\RBuildTools 中。所以我现在有 3 个编译器，Rtools、RbuildTools 和 gcc与 gdb . 它现在编译，但仍然给出与我在 Rstudio 中所做的相同的错误。我想至少得到更好的错误输出，比如传递的行和值。 指令说 Rgui应该有一个断点的位置，但我找不到这样的选项。

更新 3 我终于能够设置并运行 Linux 安装 (Ubuntu 16.04.05)。 首先是我的 CXXFLAGS :

$ R CMD config CXXFLAGS
-g -O0 -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g

我必须创建一个 .R我的主目录中的文件夹和一个 Makevar只用一行文件在里面

CXXFLAGS = -g -O0 -Wall -pedantic -fstack-protector-strong -D_FORTIFY_SOURCE=2

仅此一项就花了几个小时，因为它实际上没有说制作文件夹和文件。

然后我在断点执行了 Ralf 发布的命令:

> timesTwo2(d1)

Thread 1 "R" hit Breakpoint 1, timesTwo2 (x=...) at RcppTest.cpp:19
19  NumericVector timesTwo2(NumericVector x) {
(gdb) n
20    for (int ii = 0; ii <= x.size(); ii++)
(gdb) n
22      x.at(ii) = x.at(ii) * 2;
(gdb) display ii
1: ii = 0
(gdb) n
20    for (int ii = 0; ii <= x.size(); ii++)
1: ii = 0
(gdb) n
22      x.at(ii) = x.at(ii) * 2;
1: ii = 1
(gdb) n
20    for (int ii = 0; ii <= x.size(); ii++)
1: ii = 1
(gdb) display x.at(ii)
2: x.at(ii) = <error: Attempt to take address of value not located in memory.>
(gdb) n
22      x.at(ii) = x.at(ii) * 2;
1: ii = 2
2: x.at(ii) = <error: Attempt to take address of value not located in memory.>
(gdb) 

最后在 n = 10 :

1: ii = 10
2: x.at(ii) = <error: Attempt to take address of value not located in memory.>
(gdb) n
0x00007ffff792d762 in Rf_applyClosure () from /usr/lib/R/lib/libR.so
(gdb) 

这绝对是我调试最远的一次，但这是一个非常基本的功能，调试输出甚至错误输出都不是很有用。它给了我它正在执行的行，它可以显示 ii，但我无法显示数组值或整个数组。是否可以创建一个更具体的断点，使其仅在 ii == 10 时中断？ 理想情况下，我希望在 Rstudio 或其他可以显示整个矢量的 GUI 中使用它。仍在进行更多测试。

最佳答案

通常的做法R -d gdb ，我也在下面的原始答案中建议，在 Windows 上不起作用:

--debugger=name
-d name

(UNIX only) Run R through debugger name. For most debuggers (the exceptions are valgrind and recent versions of gdb), further command line options are disregarded, and should instead be given when starting the R executable from inside the debugger.

https://cran.r-project.org/doc/manuals/r-release/R-intro.html#Invoking-R-from-the-command-line

备选方案:

1. 在调试器中启动 R:gdb.exe Rgui.exe
2. 设置断点:break TimesTwo2
3. 运行 R:run
4. 源文件:Rcpp::sourceCpp("debug.cpp")
5. 使用next , print , display单步执行代码。

第 1 步的替代方法是启动 R，使用 Sys.getpid() 获取 PID , 附加调试器 gdb -p <pid> .你将不得不使用 continue而不是 run .

我现在没有 Windows 机器，所以下面是在 Linux 上完成的。不过，我希望它是可转让的。让我们从一个包含您的代码的简单 cpp 文件(在我的例子中为 debug.cpp)开始:

#include <Rcpp.h>
using Rcpp::NumericVector;

// [[Rcpp::export]]
NumericVector timesTwo2(NumericVector x) {
  for(int ii = 0; ii <= x.size(); ii++)
  {
    x.at(ii) = x.at(ii) * 2;
  }
  return x;
}

/*** R
data = c(1:10)
data
timesTwo2(data)
*/

我可以通过在命令行调用 R 来重现错误:

$ R -e "Rcpp::sourceCpp('debug.cpp')"

R version 3.5.1 (2018-07-02) -- "Feather Spray"
[...]

> Rcpp::sourceCpp('debug.cpp')

> data = c(1:10)

> data
 [1]  1  2  3  4  5  6  7  8  9 10

> timesTwo2(data)
Error in timesTwo2(data) : Index out of bounds: [index=10; extent=10].
Calls: <Anonymous> ... source -> withVisible -> eval -> eval -> timesTwo2 -> .Call
Execution halted

接下来我们可以用gdb启动R作为调试器(参见 Dirk 所说的 Writing R Extensions):

$ R -d gdb -e "Rcpp::sourceCpp('debug.cpp')"
GNU gdb (Debian 8.2-1) 8.2
[...]
(gdb) break timesTwo2
Function "timesTwo2" not defined.
Make breakpoint pending on future shared library load? (y or [n]) y
Breakpoint 1 (timesTwo2) pending.
(gdb) run
[...]
> Rcpp::sourceCpp('debug.cpp')
[Thread 0xb40d3b40 (LWP 31793) exited]
[Detaching after fork from child process 31795]

> data = c(1:10)

> data
 [1]  1  2  3  4  5  6  7  8  9 10

> timesTwo2(data)

Thread 1 "R" hit Breakpoint 1, 0xb34f3310 in timesTwo2(Rcpp::Vector<14, Rcpp::PreserveStorage>)@plt ()
   from /tmp/RtmphgrjLg/sourceCpp-i686-pc-linux-gnu-1.0.0/sourcecpp_7c2d7f56744b/sourceCpp_2.so
(gdb)

此时您可以使用 next 单步执行程序(或只是 n )并使用 print 输出变量(或者只是 p )。一个有用的命令也是 display :

Thread 1 "R" hit Breakpoint 1, timesTwo2 (x=...) at debug.cpp:5
5   NumericVector timesTwo2(NumericVector x) {
(gdb) n
6     for(int ii = 0; ii <= x.size(); ii++)
(gdb) n
8       x.at(ii) = x.at(ii) * 2;
(gdb) display ii
2: ii = 0
(gdb) n
8       x.at(ii) = x.at(ii) * 2;
2: ii = 0

[...]

2: ii = 9
(gdb) 
46          inline proxy ref(R_xlen_t i) { return start[i] ; }
2: ii = 9
(gdb) 
6     for(int ii = 0; ii <= x.size(); ii++)
2: ii = 10
(gdb) 
8       x.at(ii) = x.at(ii) * 2;
2: ii = 10
(gdb) 
Error in timesTwo2(data) : Index out of bounds: [index=10; extent=10].
Calls: <Anonymous> ... source -> withVisible -> eval -> eval -> timesTwo2 -> .Call
Execution halted
[Detaching after fork from child process 32698]
[Inferior 1 (process 32654) exited with code 01]

顺便说一句，我使用了以下编译标志:

$ R CMD config CXXFLAGS
-g -O2 -Wall -pedantic -fstack-protector-strong -D_FORTIFY_SOURCE=2

您可能想切换到 -O0 .

关于r - 如何在 Windows 中调试(逐行)Rcpp 生成的代码？，我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题： https://stackoverflow.com/questions/53622354/