https://github.com/miso-lims/miso-lims
github加速可使用:https://kfqbvpat.fast-github.tk/-----https://github.com/miso-lims/miso-lims
适用于NGS基因测序医院检验实验室,当前大量的新冠核酸检测机构,倒是可以试一试。
开源协议是GPL3.0。
MISO是Managing Information for Sequencing Operations的缩写,是适用于基因测试实验室的LIMS。
由 Earlham Institute 和 Ontario Institute for Cancer Research发布。
Earlham Institute 2010年开发,然后开源,然后OICR选择其作为自己的LIMS,并参与到开发团队中,系统提供的DEMO等也是基于OICR LIMS项目。
后端服务使用Java,Groovy(使用JVM虚拟机的动态语言,项目中用于公式脚本的编写等配置性功能的实现)。
使用spring,并没有使用springboot,部署war包可使用Tomcat 8等中间件部署。(Tomcat8以上版本的兼容性需要测试验证调整)
前端使用js\css,未使用vue、react等现代前端技术。
数据库使用mysql 5.7及以上。(5.7以上版本的兼容性需要测试验证调整)
可以使用docker部署,或使用传统的Tomcat中间件部署。
docker镜像下载地址:https://hub.docker.com/u/misolims
war包下载地址:https://kfqbvpat.fast-github.tk/-----https://github.com/miso-lims/miso-lims/releases
尝鲜可先下载官方docker镜像跑个容器看看,深入学习还是要下载war包并部署,最终如果部署自己的环境,可打war包或做docker镜像。
安装、编译向导:https://miso-lims.readthedocs.io/projects/docs/en/latest/admin/installation-guide/
两个功能模式:Plain sample mode (简单样品模式) 和Detailed sample mode(详细样品模式),detailed模式包含了plain模式。
默认账号信息:admin\admin。
简单样品模式用户手册:https://miso-lims.github.io/walkthroughs/index-plain
详细样品模式用户手册:https://miso-lims.github.io/walkthroughs/
demo演示、学习(按习惯称作miso学院\味噌学院):https://github.com/miso-lims/walkthroughs
https://oicr.on.ca/该癌症研究机构为学习案例,培训资料(training workshop)链接地址:
https://kfqbvpat.fast-github.tk/-----https://github.com/miso-lims/miso-training-external。
开发或用户可加入讨论组(当然得英文讨论),https://gitter.im/miso-lims/community
https://github.com/miso-lims/runscanner
https://kfqbvpat.fast-github.tk/-----https://github.com/miso-lims/runscanner
同多数lims系统解决方案一致,部分仪器(例如Illumina、PACBIO、OXFORDNANOPORE)的数据采集方式是通过采集仪器输出的数据报告文件,然后解析其中的内容,间接达到采集仪器数据的目的。
使用JDK11和Tomcat8、9,jsoncpp和c++。
该仪器数据采集服务做得很完善,不同于其他lims组件或一个Windows服务、简单应用程序,其实现为一个web系统,做数据文件的采集、解析,以及过程的监控。
监控使用 Prometheus,现在服务器、数据库等的监控使用 Prometheus很不错。
https://kfqbvpat.fast-github.tk/-----https://github.com/miso-lims/visionmate-client
赛默飞的VisionMate高速读码器的TCP/IP客户端,Java实现。

大约一年前,我决定确保每个包含非唯一文本的Flash通知都将从模块中的方法中获取文本。我这样做的最初原因是为了避免一遍又一遍地输入相同的字符串。如果我想更改措辞,我可以在一个地方轻松完成,而且一遍又一遍地重复同一件事而出现拼写错误的可能性也会降低。我最终得到的是这样的:moduleMessagesdefformat_error_messages(errors)errors.map{|attribute,message|"Error:#{attribute.to_s.titleize}#{message}."}enddeferror_message_could_not_find(obje
我已经在Sinatra上创建了应用程序,它代表了一个简单的API。我想在生产和开发上进行部署。我想在部署时选择,是开发还是生产,一些方法的逻辑应该改变,这取决于部署类型。是否有任何想法,如何完成以及解决此问题的一些示例。例子:我有代码get'/api/test'doreturn"Itisdev"end但是在部署到生产环境之后我想在运行/api/test之后看到ItisPROD如何实现? 最佳答案 根据SinatraDocumentation:EnvironmentscanbesetthroughtheRACK_ENVenvironm
当我使用has_one时,它工作得很好,但在has_many上却不行。在这里您可以看到object_id不同,因为它运行了另一个SQL来再次获取它。ruby-1.9.2-p290:001>e=Employee.create(name:'rafael',active:false)ruby-1.9.2-p290:002>b=Badge.create(number:1,employee:e)ruby-1.9.2-p290:003>a=Address.create(street:"123MarketSt",city:"SanDiego",employee:e)ruby-1.9.2-p290
电脑0x0000001A蓝屏错误怎么U盘重装系统教学分享。有用户电脑开机之后遇到了系统蓝屏的情况。系统蓝屏问题很多时候都是系统bug,只有通过重装系统来进行解决。那么蓝屏问题如何通过U盘重装新系统来解决呢?来看看以下的详细操作方法教学吧。 准备工作: 1、U盘一个(尽量使用8G以上的U盘)。 2、一台正常联网可使用的电脑。 3、ghost或ISO系统镜像文件(Win10系统下载_Win10专业版_windows10正式版下载-系统之家)。 4、在本页面下载U盘启动盘制作工具:系统之家U盘启动工具。 U盘启动盘制作步骤: 注意:制作期间,U盘会被格式化,因此U盘中的重要文件请注
在应用开发中,有时候我们需要获取系统的设备信息,用于数据上报和行为分析。那在鸿蒙系统中,我们应该怎么去获取设备的系统信息呢,比如说获取手机的系统版本号、手机的制造商、手机型号等数据。1、获取方式这里分为两种情况,一种是设备信息的获取,一种是系统信息的获取。1.1、获取设备信息获取设备信息,鸿蒙的SDK包为我们提供了DeviceInfo类,通过该类的一些静态方法,可以获取设备信息,DeviceInfo类的包路径为:ohos.system.DeviceInfo.具体的方法如下:ModifierandTypeMethodDescriptionstatic StringgetAbiList()Obt
需求:要创建虚拟机,就需要给他提供一个虚拟的磁盘,我们就在/opt目录下创建一个10G大小的raw格式的虚拟磁盘CentOS-7-x86_64.raw命令格式:qemu-imgcreate-f磁盘格式磁盘名称磁盘大小qemu-imgcreate-f磁盘格式-o?1.创建磁盘qemu-imgcreate-fraw/opt/CentOS-7-x86_64.raw10G执行效果#ls/opt/CentOS-7-x86_64.raw2.安装虚拟机使用virt-install命令,基于我们提供的系统镜像和虚拟磁盘来创建一个虚拟机,另外在创建虚拟机之前,提前打开vnc客户端,在创建虚拟机的时候,通过vnc
因为我现在正在做一些时间测量,我想知道是否可以在不使用Benchmark类或命令行实用程序time的情况下测量用户时间或系统时间。使用Time类只显示挂钟时间,而不显示系统和用户时间,但是我正在寻找具有相同灵active的解决方案,例如time=TimeUtility.now#somecodeuser,system,real=TimeUtility.now-time原因是我有点不喜欢Benchmark,因为它不能只返回数字(编辑:我错了-它可以。请参阅下面的答案。)。当然,我可以解析输出,但感觉不对。*NIX系统的time实用程序也应该可以解决我的问题,但我想知道是否已经在Ruby中实
我正在使用带有Rails的Devise,我想添加一个方法“getAllComments”,所以我这样写:classUser在我的Controller中:defdashboard@user=current_user@comments=@user.getAllComments();end当我访问我的url时,我得到了undefinedmethod`getAllComments'for#我做错了什么?谢谢 最佳答案 因为getAllComments是一个类方法,而您正试图将其作为实例方法访问。您要么需要访问它:User.getAllCom
我正在使用Rails3.2.3和Ruby1.9.3p0。我发现我经常需要确定某个字符串是否出现在选项列表中。看来我可以使用Ruby数组.includemethod:或正则表达式equals-tildematchshorthand用竖线分隔选项:就性能而言,一个比另一个好吗?还有更好的方法吗? 最佳答案 总结:Array#include?包含String元素,在接受和拒绝输入时均胜出,对于您的示例只有三个可接受的值。对于要检查的更大的集合,看起来Set#include?和String元素可能会获胜。如何测试我们应该根据经验对此进行测试
在Ruby中,以毫秒为单位获取自纪元(1970)以来的当前系统时间的正确方法是什么?我试过了Time.now.to_i,好像不是我想要的结果。我需要结果显示毫秒并且使用long类型,而不是float或double。 最佳答案 (Time.now.to_f*1000).to_iTime.now.to_f显示包含十进制数字的时间。要获得毫秒数,只需将时间乘以1000。 关于ruby-以毫秒为单位获取当前系统时间,我们在StackOverflow上找到一个类似的问题: