草庐IT

r - 在 R : Incorrect namespaces 中解析 XML

coder 2024-06-25 原文

我有一堆 XML 文件和一个将文件内容读入数据框的 R 脚本。但是，我现在得到了我想像往常一样解析的文件，但是它们的命名空间定义中有些东西不允许我使用 XPath 表达式正常选择它们的值。

XML 文件是这样的:

xml_nons.xml

<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
<XML>
   <Node>
      <Name>Name 1</Name>
      <Title>Title 1</Title>
      <Date>2015</Date>
   </Node>
</XML>

还有一个:

xml_ns.xml

<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
<XML xmlns="http://www.nonexistingsite.com">
   <Node>
      <Name>Name 2</Name>
      <Title>Title 2</Title>
      <Date>2014</Date>
   </Node>
</XML>

xmlns指向的URL不存在

我用的R代码是这样的:

library(XML)

xmlfiles <- list.files(path = ".", 
                       pattern="*.xml$", 
                       full.names = TRUE, 
                       recursive = TRUE)

n <- length(xmlfiles)
dat <- vector("list", n)

for(i in 1:n){
       doc <- xmlTreeParse(xmlfiles[i], useInternalNodes = TRUE)
       nodes <- getNodeSet(doc, "//XML")
       x <- lapply(nodes, function(x){ data.frame(
              Filename = xmlfiles[i],
              Name = xpathSApply(x, ".//Node/Name" , xmlValue),
              Title = xpathSApply(x, ".//Node/Title" , xmlValue),
              Date = xpathSApply(x, ".//Node/Date" , xmlValue)
            )})
            dat[[i]] <- do.call("rbind", x)
    }

    xml <- do.call("rbind", dat)
    xml

但是，我得到的结果是:

Filename            Name    Title    Date
./xml_nons.xml      Name 1  Title 1  2015

如果我从第二个文件中删除命名空间链接，我会得到正确的结果:

Filename            Name    Title    Date
./xml_nons_1.xml    Name 1  Title 1  2015
./xml_ns_1.xml      Name 2  Title 2  2014

当然，我可以使用 XSL 从原始 XML 文件中删除这些命名空间，但我想要一些在 R 中工作的解决方案。有没有什么方法可以告诉 R 忽略 XML 声明中的所有内容？

最佳答案

我认为没有简单的方法可以忽略命名空间。最好的方法是学会和他们一起生活。这个答案将使用更新的 XML2 包。但这同样适用于 XML 包解决方案。

使用

library(XML2)
fname='myfile.xml'
doc <- read_xml(fname)
#peak at the namespaces
xml_ns(doc)

第一个命名空间分配给 d1。如果您的 XPath 没有找到您想要的，最可能的原因是命名空间问题。

xpath <-  "//d1:FormDef"
ns <- xml_find_all(doc,xpath, xml_ns(doc))
ns

此外，您必须对路径中的每个元素执行此操作 所以为了节省打字，你可以这样做

library(stringr)
> xpath <-  "/ODM/Study"
> (xpath<-str_replace_all(xpath,'/','/d1:'))
[1] "/d1:ODM/d1:Study"

关于r - 在 R : Incorrect namespaces 中解析 XML，我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题： https://stackoverflow.com/questions/29170161/

namespacesIncorrectlt34coderxmlxml-namespacesxml2

有关r - 在 R : Incorrect namespaces 中解析 XML的更多相关文章

  1. Ruby 解析字符串 - 2

    我有一个字符串input="maybe(thisis|thatwas)some((nice|ugly)(day|night)|(strange(weather|time)))"Ruby中解析该字符串的最佳方法是什么？我的意思是脚本应该能够像这样构建句子:maybethisissomeuglynightmaybethatwassomenicenightmaybethiswassomestrangetime等等，你明白了......我应该一个字符一个字符地读取字符串并构建一个带有堆栈的状态机来存储括号值以供以后计算，还是有更好的方法？也许为此目的准备了一个开箱即用的库？

  2. ruby - 解析 RDFa、微数据等的最佳方式是什么，使用统一的模式/词汇(例如 schema.org)存储和显示信息 - 2

    我主要使用Ruby来执行此操作，但到目前为止我的攻击计划如下:使用gemsrdf、rdf-rdfa和rdf-microdata或mida来解析给定任何URI的数据。我认为最好映射到像schema.org这样的统一模式，例如使用这个yaml文件，它试图描述数据词汇表和opengraph到schema.org之间的转换:#SchemaXtoschema.orgconversion#data-vocabularyDV:name:namestreet-address:streetAddressregion:addressRegionlocality:addressLocalityphoto:i

  3. ruby - 用逗号、双引号和编码解析 csv - 2

    我正在使用ruby​​1.9解析以下带有MacRoman字符的csv文件#encoding:ISO-8859-1#csv_parse.csvName,main-dialogue"Marceu","Giveittohimóhe,hiswife."我做了以下解析。require'csv'input_string=File.read("../csv_parse.rb").force_encoding("ISO-8859-1").encode("UTF-8")#=>"Name,main-dialogue\r\n\"Marceu\",\"Giveittohim\x97he,hiswife.\"\

  4. ruby-on-rails - 如何从 format.xml 中删除 <hash></hash> - 2

    我有一个对象has_many应呈现为xml的子对象。这不是问题。我的问题是我创建了一个Hash包含此数据，就像解析器需要它一样。但是rails自动将整个文件包含在.........我需要摆脱type="array"和我该如何处理？我没有在文档中找到任何内容。 最佳答案 我遇到了同样的问题；这是我的XML:我在用这个:entries.to_xml将散列数据转换为XML，但这会将条目的数据包装到中所以我修改了:entries.to_xml(root:"Contacts")但这仍然将转换后的XML包装在“联系人”中，将我的XML代码修改为

  5. ruby-on-rails - 我更新了 ruby​​ gems，现在到处都收到解析树错误和弃用警告! - 2

    简而言之错误:NOTE:Gem::SourceIndex#add_specisdeprecated,useSpecification.add_spec.Itwillberemovedonorafter2011-11-01.Gem::SourceIndex#add_speccalledfrom/opt/local/lib/ruby/site_ruby/1.8/rubygems/source_index.rb:91./opt/local/lib/ruby/gems/1.8/gems/rails-2.3.8/lib/rails/gem_dependency.rb:275:in`==':und

  6. ruby - 用 YAML.load 解析 json 安全吗？ - 2

    我正在使用ruby2.1.0我有一个json文件。例如:test.json{"item":[{"apple":1},{"banana":2}]}用YAML.load加载这个文件安全吗？YAML.load(File.read('test.json'))我正在尝试加载一个json或yaml格式的文件。 最佳答案 YAML可以加载JSONYAML.load('{"something":"test","other":4}')=>{"something"=>"test","other"=>4}JSON将无法加载YAML。JSON.load("

  7. ruby - 如何使用 Nokogiri 解析纯 HTML 表格？ - 2

    我想用Nokogiri解析HTML页面。页面的一部分有一个表，它没有使用任何特定的ID。是否可以提取如下内容:Today,3,455,34Today,1,1300,3664Today,10,100000,3444,Yesterday,3454,5656,3Yesterday,3545,1000,10Yesterday,3411,36223,15来自这个HTML:TodayYesterdayQntySizeLengthLengthSizeQnty345534345456563113003664354510001010100000344434113622315

  8. python - 帮我找到合适的 ruby​​/python 解析器生成器 - 2

    我使用的第一个解析器生成器是Parse::RecDescent，它的指南/教程很棒，但它最有用的功能是它的调试工具，特别是tracing功能(通过将$RD_TRACE设置为1来激活)。我正在寻找可以帮助您调试其规则的解析器生成器。问题是，它必须用python或ruby​​编写，并且具有详细模式/跟踪模式或非常有用的调试技术。有人知道这样的解析器生成器吗？编辑:当我说调试时，我并不是指调试python或ruby​​。我指的是调试解析器生成器，查看它在每一步都在做什么，查看它正在读取的每个字符，它试图匹配的规则。希望你明白这一点。赏金编辑:要赢得赏金，请展示一个解析器生成器框架，并说明它的

  9. ruby - 如何用 Nokogiri 解析连续的标签？ - 2

    我有这样的HTML代码:Label1Value1Label2Value2...我的代码不起作用。doc.css("first").eachdo|item|label=item.css("dt")value=item.css("dd")end显示所有首先标记，然后标记标签，我需要“标签:值” 最佳答案 首先，您的HTML应该有和中的元素:Label1Value1Label2Value2...但这不会改变您解析它的方式。你想找到s并遍历它们，然后在每个你可以使用next_element得到;像这样:doc=Nokogiri::HTML(

  10. ruby-on-rails - 如何在 Rails 3 中禁用 XML 解析 - 2

    我想禁用HTTP参数的自动XML解析。但我发现命令仅适用于Rails2.x，它们都不适用于3.0:config.action_controller.param_parsers.deleteMime::XML(application.rb)ActionController::Base.param_parsers.deleteMime::XMLRails3.0中的等价物是什么？ 最佳答案 根据CVE-2013-0156的最新安全公告你可以将它用于Rails3.0。3.1和3.2ActionDispatch::ParamsParser::

随机推荐