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109:SE SPEC编写以及程序要点注意

SASPRO的打工人生活 2023-03-28 原文

最近在做一个肿瘤项目,从SDTM SPEC编写到编程都亲手写了一遍,几乎接触了80%的domain,所以,接下来一段时间会一个domain一个domain分享给大家。说实话,真的学到很多,也认识到自己的不足,还是需要学习(真的要吐槽一句,太累了!学无止境,有完没完)

同时你们看到我没有经常更新文章,一部分原因是确实太忙了,另一部分就是精神有点崩溃,工作是一部分原因,YQ被困在家快2个月了也是一部分原因。昨天真的感觉扛不住了,半夜去“骚扰”一个读者,跟他谈论“人生的意义”。写完才发现是前天,记忆都错乱了。

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SE就这几个变量,看起来很简单,但是要考虑的东西很多。

首先,SE记录的是受试者在临床试验中的元素,什么是元素,你要是叫我讲讲它的概念我暂时想不出来,但是我讲讲自己的理解,受试者所处的时期可以当作元素,比如筛选期或者洗脱期或者随访期;受试者吃的什么药或者是处于什么组别,这也是一个元素,就像下面这段话说的:


关于一个项目中有多少元素,需要根据试验设计判断,如果试验组别有四组,然后每组每个周期的剂量都是一样的,那么这四组就是4个元素。像乳腺癌,可能还会专门进行手术或者化疗,这些也可以考虑为一个元素。

但是有些试验设计是周期1第1天吃这个药,其他周期又联合用药,或者各个周期的给药剂量不统一,这时候可能就有很多个元素。所以碰上这种试验设计,头很大!

元素之间没有间隔。一个元素结束的瞬间,就是另外一个元素开始。受试者不会在元素之间花费时间。所以我们写SE的时候,除了最后一个元素,其他元素的SEENDTC一般都是下一个元素的开始日期.

我们就以固定剂量的给药组别、肿瘤项目举例子:

一般肿瘤项目会分为筛选期---治疗期--安全性随访--生存随访这几个阶段

注:随访可以理解为治疗结束后定期给你来个检查,可能在家或者在医院,这些一般发生在安全性随访,生存随访就是问你是否还活着没?打电话或者其他一些形式知道你的生存状态就可以了(这个放在SS domain)

那我们写SE,

筛选期是一个ELEMENT:

SESTDTC一般是签署知情同意的日期,SEENDTC就是治疗期开始的时间,这时候我们一般取DM.RFXSTDTC,为什么取RFXSTDTC,而不是RFSTDTC,这就跟我上一篇文章讲的这两个日期的区别有关系了。

105:DM SPEC和程序编写

然后我刚就在想,取RFXSTDTC,不会这个组别的RFXSTDTC替代另一个组别的RFXSTDTC吗?吃饭的时候才想起来,每个受试者都有属于它自己的ELEMENT,同理也有属于它唯一的RFXSTDTC,



处于治疗期的各个给药组别也算是ELEMENT,SESTDTC取DM.RFXSTDTC,

同时我也发现,有的人会用每个给药周期每个组别的开始给药时间作为SESTDTC,下一个周期的SESTDTC作为上一个周期的SEENDTC,所以你会发现SE中某个受试者,如果这个临床试验进行了100个周期,可能会有1000多条记录,这还是一个受试者的,最终数据集可能会有几千条记录,我感觉这样也可以,相当于把SE细化的很细,IG上好像也没有说不可以,也没有这样的例子,所以你们有建议,欢迎私信我。

我们以治疗期只取最早给药时间和治疗结束时间为例,只创建这个组别、治疗期的一条ELEMENT,那么SEENDTC我们知道取得是随访期的开始日期。


那我们就讲一下随访期的开始日期怎么处理:根据试验方案和“一个元素结束的瞬间,就是另外一个元素开始”这句话,治疗结束后一般随访期就开始了,这时候一般会有治疗结束日期、安全性随访日期、生存随访日期(有些受试者可能没有安全性随访数据记录,但是却有生存随访记录)这3个日期,我们一般是取这3个日期中最早的日期。所以最好先在程序中判断一下再赋予日期。


有人说我用最后一次给药结束日期可不可以,我觉得一般最后一次给药结束后,还会进行一系列的检查,这些检查做完后才会治疗结束,接着开始进入随访期,所以治疗结束时间一般是大于最后一次给药结束日期的,这时候最好不选择最后一次给药结束日期。


同时要注意的是,只有受试者进行了随访,在记录随访的这个数据集中有记录我们才创建这个ELEMENT,因为SE记录的是受试者在试验中实际的元素,就像SV一样,只记录受试者实际进行的访视,但是你在TE,TV中要根据方案列出所有的元素和访视。TE----SE,TV----SV.

随访期的SESTDTC做出来了,那么治疗期的SEENDTC也就有了。可如果受试者没有随访期的记录怎么办?那取研究结束的日期。又有人问了,没有研究结束日期怎么办?我靠!你怎么那么多问题,我也不知道怎么办。

一般治疗结束和研究结束都有专门的数据集记录这些信息的。

那么随访期的SEENDTC怎么解决呢?我们知道它一般是最后一个元素了,没有下一个元素的SESTDTC给它继承了。那我们就要在脑海里联想一下,什么时候随访结束呢?

第一:患者死亡,那么这时候随访就结束了,所以这时候ELEMENT=FU(随访期一般是用FU这个ELEMENT)的SEENDTC就是DTHDTC,死亡日期;但是要注意,在取随访信息数据集里面的日期的时候,有时候会出现随访日期大于死亡日期的情况(因为随访可能是一个月做一次,患者刚好在两个随访期之间死亡,咦,这不是取RFPENDTC需要注意的吗?wokao,脑袋懵掉了),这时候就不是将这个随访日期设为最大值了!

第二:患者在研究都结束了还没死亡(最好的结局),这时候ELEMENT=FU的SEENDTC取得就是研究结束日期了。

应该就这些了,以后有补充的再继续写。

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