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KEGG富集分析又不能做了？

生信交流平台 2023-10-16 原文

前面粉丝反馈过，KEGG富集分析一直报错，得不到结果。小编第一时间跟大家分享了解决办法。

☞ KEGG富集分析一直报错，粉丝拯救了我！

今天又有粉丝反馈KEGG报错


小编尝试安装了最新版本的R version 4.2.0 (2022-04-22 ucrt），然后用BiocManager安装了clusterProfiler包，显示版本为clusterProfiler_4.6.2


BiocManager::install("clusterProfiler")

然后试了一下自带的例子

library(clusterProfiler)
data(geneList, package='DOSE')
de <- names(geneList)[1:100]
yy <- enrichKEGG(de, pvalueCutoff=0.01)
head(yy)

发现除了一些警告信息意外，是可以得到结果的。


小伙伴们可以自己尝试一下。
☞ 【推文汇总】GO和KEGG富集分析及可视化
前面小编也给大家整理过，生信交流平台上发表过的所有GO和KEGG富集分析相关的干货文章。

KEGG富集section2532526

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