我有一个正在处理的 R 包，它包含在 src 文件夹下用 C 和 C++ 编写的代码。目前，该包在 Rstudio 上编译和工作，因为它遵循默认目录结构。随着项目的构建，我希望能够在 src 下的子文件夹中组织我的代码。按照“编写 R 扩展”- 在子目录下编译的指示，我创建了一个名为“test”(/src/test) 的文件夹，其中现在包含我的所有文件(*.c、*.cpp、*.h)和像这样修改我的 Makevars -

SOURCES_C = $(wildcard test/*.c)
SOURCES_CPP = $(wildcard test/*.cpp)
PKG_CPPFLAGS= -I${R_HOME}/include -I.
PKG_LIBS = -L${R_HOME}/lib 

CXX_STD = CXX11
OBJECTS =$(SOURCES_CPP:.cpp=.o)  $(SOURCES_C:.c=.o) 

all : $(SHLIB) 
#PKG_CFLAGS= -Wall

clean : rm -f *.o

我希望能够在此状态下编译程序，其中 C/C++ 文件位于 src 内的子文件夹下。使用前面提到的 Makevars -> 使用正确的标志和编译器从测试文件夹为所有 C/CPP 文件构建单独的目标文件。但是，共享对象的构建命令存在一些差异。这是编译 src/test 下的文件时的日志，它因 undefined symbol 错误而失败。

gcc -std=gnu99 -shared -L/usr/local/lib64 -o BioCro.so test/BBox.o test/Climate.o test/Compound.o test/Grid.o test/LeafOptics.o test/Maths.o test/Normal.o test/Point3D.o test/Ray.o test/Triangle.o test/Vector3D.o test/runFastTracer.o test/Assigncropcent.o test/AuxBioCro.o test/AuxCropGro.o test/AuxMaizeGro.o test/AuxcaneGro.o test/Auxcropcent.o test/AuxwillowGro.o test/BioCro.o test/CalculateBiogeochem.o test/Calculate_Soil_Layer_Temperature.o test/CanA.o test/CanAC_3D.o test/Century.o test/Copy_CropCent_To_DayCent_Structure.o test/Copy_SoilWater_BioCro_To_CropCent.o test/CropGro.o test/CropGro_c.o test/Filling_BioCro_SoilStructure.o test/assignManagement.o test/c3CanA.o test/c3EvapoTrans.o test/c3photo.o test/c4photo.o test/caneGro.o test/createNULLc3tree.o test/cropcent.o test/dailywillow.o test/denitrify.o test/diffusiv.o test/eC4photo.o test/getIdirIdiff.o test/getsoilprop.o test/leachdly.o test/maizeGro.o test/methane.o test/microclimate_for_3Dcanopy.o test/nitrify.o test/nox_pulse.o test/pi_funcs.o test/printcropcentoutput.o test/test_mainC.o test/tgmodel.o test/tracegas.o test/update_3Dcanopy_structure.o test/wfps.o test/willowCent.o test/willowGro.o -L/usr/local/R-3.1.0/lib64/R/lib -L/usr/local/R-3.1.0/lib64/R/lib -lR

installing to /home/vashist1/R/x86_64-unknown-linux-gnu-library/3.1/BioCro/

** R
** data
** inst
** preparing package for lazy loading
** help
*** installing help indices
** building package indices
** installing vignettes
** testing if installed package can be loaded
Error in dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...) : 
  unable to load shared object '/home/vashist1/R/x86_64-unknown-linux-gnu-library/3.1/BioCro/libs/BioCro.so':
  /home/vashist1/R/x86_64-unknown-linux-gnu-library/3.1/BioCro/libs/BioCro.so:
undefined symbol: _ZTVN10__cxxabiv117__class_type_infoE
Error: loading failed

对比构建成功的成功日志!

g++ -shared -L/usr/local/lib64 -o BioCro.so Assigncropcent.o AuxBioCro.o AuxCropGro.o AuxMaizeGro.o AuxcaneGro.o Auxcropcent.o AuxwillowGro.o BBox.o BioCro.o CalculateBiogeochem.o Calculate_Soil_Layer_Temperature.o CanA.o CanAC_3D.o Century.o Climate.o Compound.o Copy_CropCent_To_DayCent_Structure.o Copy_SoilWater_BioCro_To_CropCent.o CropGro.o CropGro_c.o Filling_BioCro_SoilStructure.o Grid.o LeafOptics.o Maths.o Normal.o Point3D.o Ray.o Triangle.o Vector3D.o assignManagement.o c3CanA.o c3EvapoTrans.o c3photo.o c4photo.o caneGro.o createNULLc3tree.o cropcent.o dailywillow.o denitrify.o diffusiv.o eC4photo.o getIdirIdiff.o getsoilprop.o leachdly.o maizeGro.o methane.o microclimate_for_3Dcanopy.o nitrify.o nox_pulse.o pi_funcs.o printcropcentoutput.o runFastTracer.o test_mainC.o tgmodel.o tracegas.o update_3Dcanopy_structure.o wfps.o willowCent.o willowGro.o -L/usr/local/R-3.1.0/lib64/R/lib -lR

installing to /home/vashist1/R/x86_64-unknown-linux-gnu-library/3.1/BioCro/libs

1) 共享对象在默认条件下使用g++编译，而在子目录条件下使用的编译器是gcc。我可以通过 Makevars 更改该行为吗？

2) 进一步的研究让我发现 undefined symbol 错误是由 -L/-l 标志修复的链接错误。但是，两个构建命令的 -L 标志是相同的。是否有任何其他我无法链接的默认链接库？

最佳答案

我遇到了同样的问题。查看在 "Writing R Extensions" section 1.2.1.3 中作为示例提到的 RSiena 包的示例我注意到该包中仍有一些 .cpp 文件不在子目录中。所以我在 src/ 中添加了一个 dummy.cpp 文件，内容如下:

void dummy (void)
{
}

此 g++ 正确用于链接步骤后，.so 文件按预期创建。

在我的例子中，事实证明我不需要像我在回答中首先提到的那样更改 Makevars 文件。即使没有下面的更改(因此只有 dummy.cpp 文件出现在 src/ 中)链接也正确完成。 我会留下它以防它可以帮助其他人进行(稍微)不同的设置。

并在Makevars文件中的$(OBJECTS)变量列表中添加对应的.o文件:

OBJECTS = $(SOURCES:.cpp=.o) dummy.o

关于c++ - 如何在 rstudio 上为使用子目录内 src 文件夹中的 C/C++ 文件的包构建和加载共享库？，我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题： https://stackoverflow.com/questions/26951274/