如果想要分析数据库中的数据,可以从文献中获得数据的GSE号,举个例子:

然后到NCBINational Center for Biotechnology Information (nih.gov)
搜索 GSE144024,就会得到如下信息:


选择想要下载的SRR,点击selected-accessionlist,就可得到一个编号的文本文件。但是呢想要下载,还得需要借助其他软件sratools。


然后解压缩。
安装
E:\Download\sratoolkit.2.11.0-win64\bin\vdb-config --interactive
会出现以下界面

但是一般软件的安装程序就是自定义安装还是默认安装。为了防止各种插件出错,保险起见,选择默认。
按“default”当中标亮的字母,“f”即可。
然后后面会弹出两个问题,自己看着选择就行。
然后 过一会儿会跳出来你结果文件的存储路径。
按上下键选择,按“s”保存,再按“exit”退出。
然后输入
E:\Download\sratoolkit.2.11.0-win64\bin\prefetch -h
跳出以下界面说明安装成功。

然后把这个文件放到你知道的位置。
E:\Download\sratoolkit.3.0.0-win64\bin\prefetch.exe --option-file E:\NCBI\SRR_Acc_List.txt
等待数据下载完成。

4、获得fastq文件
上述步骤你会得到很多个SRR开头的文件夹。
然后通过fastq-dump将这些数据转换成FASTQ文件,即可。
E:\Download\sratoolkit.3.0.0-win64\bin\fastq-dump -I --split-files SRRxxxxx
作者:谢京合
链接:https://www.jianshu.com/p/3dc25abe7b1b
来源:简书
我主要使用Ruby来执行此操作,但到目前为止我的攻击计划如下:使用gemsrdf、rdf-rdfa和rdf-microdata或mida来解析给定任何URI的数据。我认为最好映射到像schema.org这样的统一模式,例如使用这个yaml文件,它试图描述数据词汇表和opengraph到schema.org之间的转换:#SchemaXtoschema.orgconversion#data-vocabularyDV:name:namestreet-address:streetAddressregion:addressRegionlocality:addressLocalityphoto:i
我正在编写一个小脚本来定位aws存储桶中的特定文件,并创建一个临时验证的url以发送给同事。(理想情况下,这将创建类似于在控制台上右键单击存储桶中的文件并复制链接地址的结果)。我研究过回形针,它似乎不符合这个标准,但我可能只是不知道它的全部功能。我尝试了以下方法:defauthenticated_url(file_name,bucket)AWS::S3::S3Object.url_for(file_name,bucket,:secure=>true,:expires=>20*60)end产生这种类型的结果:...-1.amazonaws.com/file_path/file.zip.A
当我尝试安装Ruby时遇到此错误。我试过查看this和this但无济于事➜~brewinstallrubyWarning:YouareusingOSX10.12.Wedonotprovidesupportforthispre-releaseversion.Youmayencounterbuildfailuresorotherbreakages.Pleasecreatepull-requestsinsteadoffilingissues.==>Installingdependenciesforruby:readline,libyaml,makedepend==>Installingrub
有时我需要处理键/值数据。我不喜欢使用数组,因为它们在大小上没有限制(很容易不小心添加超过2个项目,而且您最终需要稍后验证大小)。此外,0和1的索引变成了魔数(MagicNumber),并且在传达含义方面做得很差(“当我说0时,我的意思是head...”)。散列也不合适,因为可能会不小心添加额外的条目。我写了下面的类来解决这个问题:classPairattr_accessor:head,:taildefinitialize(h,t)@head,@tail=h,tendend它工作得很好并且解决了问题,但我很想知道:Ruby标准库是否已经带有这样一个类? 最佳
我正在尝试使用Curbgem执行以下POST以解析云curl-XPOST\-H"X-Parse-Application-Id:PARSE_APP_ID"\-H"X-Parse-REST-API-Key:PARSE_API_KEY"\-H"Content-Type:image/jpeg"\--data-binary'@myPicture.jpg'\https://api.parse.com/1/files/pic.jpg用这个:curl=Curl::Easy.new("https://api.parse.com/1/files/lion.jpg")curl.multipart_form_
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本教程将在Unity3D中混合Optitrack与数据手套的数据流,在人体运动的基础上,添加双手手指部分的运动。双手手背的角度仍由Optitrack提供,数据手套提供双手手指的角度。 01 客户端软件分别安装MotiveBody与MotionVenus并校准人体与数据手套。MotiveBodyMotionVenus数据手套使用、校准流程参照:https://gitee.com/foheart_1/foheart-h1-data-summary.git02 数据转发打开MotiveBody软件的Streaming,开始向Unity3D广播数据;MotionVenus中设置->选项选择Unit
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我正在尝试在Rails上安装ruby,到目前为止一切都已安装,但是当我尝试使用rakedb:create创建数据库时,我收到一个奇怪的错误:dyld:lazysymbolbindingfailed:Symbolnotfound:_mysql_get_client_infoReferencedfrom:/Library/Ruby/Gems/1.8/gems/mysql2-0.3.11/lib/mysql2/mysql2.bundleExpectedin:flatnamespacedyld:Symbolnotfound:_mysql_get_client_infoReferencedf