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GEO单细胞测序数据下载

生信小白花 2023-03-28 原文

GEO数据库下载单细胞测序原始数据

  1. 如果想要分析数据库中的数据,可以从文献中获得数据的GSE号,举个例子:


    image.png
  2. 然后到NCBINational Center for Biotechnology Information (nih.gov)
    搜索 GSE144024,就会得到如下信息:

    image.png

    其中,GSM号为样本编号,后面有详细信息。点击SRA RUN Selector,就可以看到每个样本的SRR号。
    image.png

  3. 选择想要下载的SRR,点击selected-accessionlist,就可得到一个编号的文本文件。但是呢想要下载,还得需要借助其他软件sratools。


    image.png
  1. sratools的下载
    windows版本的SRA Toolkit
image

然后解压缩。
安装

E:\Download\sratoolkit.2.11.0-win64\bin\vdb-config --interactive

会出现以下界面

image

但是一般软件的安装程序就是自定义安装还是默认安装。为了防止各种插件出错,保险起见,选择默认。
按“default”当中标亮的字母,“f”即可。
然后后面会弹出两个问题,自己看着选择就行。

然后 过一会儿会跳出来你结果文件的存储路径。
按上下键选择,按“s”保存,再按“exit”退出。

然后输入

E:\Download\sratoolkit.2.11.0-win64\bin\prefetch -h

跳出以下界面说明安装成功。

image

然后把这个文件放到你知道的位置。

E:\Download\sratoolkit.3.0.0-win64\bin\prefetch.exe --option-file E:\NCBI\SRR_Acc_List.txt

等待数据下载完成。

image

4、获得fastq文件
上述步骤你会得到很多个SRR开头的文件夹。
然后通过fastq-dump将这些数据转换成FASTQ文件,即可。

E:\Download\sratoolkit.3.0.0-win64\bin\fastq-dump -I --split-files SRRxxxxx

作者:谢京合
链接:https://www.jianshu.com/p/3dc25abe7b1b
来源:简书

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