给定一个尺寸为 (170k x 170k) 且具有 4.4 亿个非空点的 Scipy CSC 稀疏矩阵“sm”和一个具有几个非空点的稀疏 CSC 向量“v”(170k x 1),是否存在任何问题可以这样做来提高操作的性能:
resul = sm.dot(v)
?
目前大约需要 1 秒。将矩阵初始化为 CSR 将时间增加到 3 秒,因此 CSC 表现更好。
SM 是产品之间的相似性矩阵,V 是表示用户购买或点击了哪些产品的向量。所以对于每个用户 sm 都是一样的。
我使用的是 Ubuntu 13.04、Intel i3 @3.4GHz、4 核。
研究 SO 我读到了 Ablas 包。我在终端输入:
~$ ldd /usr/lib/python2.7/dist-packages/numpy/core/_dotblas.so
结果是:
linux-vdso.so.1 => (0x00007fff56a88000)
libblas.so.3 => /usr/lib/libblas.so.3 (0x00007f888137f000)
libc.so.6 => /lib/x86_64-linux-gnu/libc.so.6 (0x00007f8880fb7000)
libm.so.6 => /lib/x86_64-linux-gnu/libm.so.6 (0x00007f8880cb1000)
/lib64/ld-linux-x86-64.so.2 (0x00007f888183c000)
据我所知,这意味着我已经在使用 Ablas 的高性能软件包。我仍然不确定这个包是否已经实现了并行计算,但看起来它没有。
多核处理是否有助于提高性能?如果是这样,是否有任何库对 python 有帮助?
我也在考虑在 Cython 中实现这个想法,但我不知道这是否会带来好的结果。
提前致谢。
最佳答案
稀疏矩阵乘法例程直接用 C++ 编码,只要快速查看源代码就会发现,似乎没有任何优化库的 Hook 。此外,它似乎没有利用第二个矩阵是向量来最小化计算的事实。因此,您可以通过访问稀疏矩阵的内部并自定义乘法算法来大大加快速度。以下代码在纯 Python/Numpy 中执行此操作,并且如果向量确实具有“一些非空点”,则它与 scipy 的 C++ 代码的速度相匹配:如果您在 Cython 中实现它,速度提升应该是显而易见的:
def sparse_col_vec_dot(csc_mat, csc_vec):
# row numbers of vector non-zero entries
v_rows = csc_vec.indices
v_data = csc_vec.data
# matrix description arrays
m_dat = csc_mat.data
m_ind = csc_mat.indices
m_ptr = csc_mat.indptr
# output arrays
sizes = m_ptr.take(v_rows+1) - m_ptr.take(v_rows)
sizes = np.concatenate(([0], np.cumsum(sizes)))
data = np.empty((sizes[-1],), dtype=csc_mat.dtype)
indices = np.empty((sizes[-1],), dtype=np.intp)
indptr = np.zeros((2,), dtype=np.intp)
for j in range(len(sizes)-1):
slice_ = slice(*m_ptr[[v_rows[j] ,v_rows[j]+1]])
np.multiply(m_dat[slice_], v_data[j], out=data[sizes[j]:sizes[j+1]])
indices[sizes[j]:sizes[j+1]] = m_ind[slice_]
indptr[-1] = len(data)
ret = sps.csc_matrix((data, indices, indptr),
shape=csc_vec.shape)
ret.sum_duplicates()
return ret
快速解释正在发生的事情:CSC 矩阵定义在三个线性数组中:
data 包含非零条目,按列主要顺序存储。indices 包含非零条目的行。indptr 比矩阵的列数多一个条目,j 列的项目在 data[indptr[j]:indptr [j+1]] 并且在行 indices[indptr[j]:indptr[j+1]] 中。因此,要乘以稀疏列向量,您可以迭代列向量的 data 和 indices,并且对于每个 (d, r) 对,提取矩阵的相应列并乘以 d,即 data[indptr[r]:indptr[r+1]] * d 和指数[indptr[r]:indptr[r+1]]。
关于python - 提高 Scipy 稀疏矩阵乘法的性能,我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题: https://stackoverflow.com/questions/18595981/
关闭。这个问题是opinion-based.它目前不接受答案。想要改进这个问题?更新问题,以便editingthispost可以用事实和引用来回答它.关闭4年前。Improvethisquestion我想在固定时间创建一系列低音和高音调的哔哔声。例如:在150毫秒时发出高音调的蜂鸣声在151毫秒时发出低音调的蜂鸣声200毫秒时发出低音调的蜂鸣声250毫秒的高音调蜂鸣声有没有办法在Ruby或Python中做到这一点?我真的不在乎输出编码是什么(.wav、.mp3、.ogg等等),但我确实想创建一个输出文件。
这个问题在这里已经有了答案:关闭10年前。PossibleDuplicate:Pythonconditionalassignmentoperator对于这样一个简单的问题表示歉意,但是谷歌搜索||=并不是很有帮助;)Python中是否有与Ruby和Perl中的||=语句等效的语句?例如:foo="hey"foo||="what"#assignfooifit'sundefined#fooisstill"hey"bar||="yeah"#baris"yeah"另外,类似这样的东西的通用术语是什么?条件分配是我的第一个猜测,但Wikipediapage跟我想的不太一样。
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