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ProjecTILs系列教程(七):在线网站

生信宝库 2023-10-11 原文

前言

生信宝库在之前推出了一系列文章,分别对ProjecTILs从整体框架、代码实操、案例应用等角度进行全面解读。考虑到大多部分小伙伴是不会R语言的,因此在这期推文中,Immugent将会介绍ProjecTILs软件的在线网站版。

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网址在:https://spica.unil.ch.

通过在线工具,大家可以直接将自己的单细胞数据传到网站上进行直接注释,并且注释的结果还可以下载下来进行后续的作图。不过需要注意的是需要根据自己的模型选择合适的参考图谱,这样注释的结果才比较准确。


主要内容

第一幅图就是介绍这个网站构建的流程。

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接下来的这幅图就是通过实例展示如何利用SPICA对肿瘤模型的单细胞数据进行注释。

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最后一幅图就是通过实例展示如何利用SPICA对小鼠感染模型的单细胞数据进行注释。

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全文总共3副图,再简单不过的文章了,也没有多少深入解读的价值,但是没有编程能力的小伙伴可以通过这篇文章学习如何使用这个网站对自己的单细胞数据进行注释。


展望

这篇文章很好的向我们展示了如何做一份工作来发表两篇高分SCI的技巧,而且这两篇研究都是通过数据挖掘完成的,自己实验室没有花一分钱。从最开始发表的那篇Nature communications(ProjecTILs:一站式解决肿瘤和感染模型中T细胞的注释)到今天解读的这篇核酸,不到半年时间。总结一下,其实主要就是两点:1.首先要具备系统的理论知识,着手解决具体的科学问题!2.在线网站的立意要新,别人没做过的,或者功能比现有的要好的。自己测的数据当然是最好,但是目前市面上有很多已经发表的公共数据,这些都可以直接使用,特别是当自己测的数据可能还没有已经发表的数据好时,数据再利用是很关键的。

好啦,截至到目前生信宝库对ProjecTILs软件的介绍已经全部结束,如果小伙伴们有自己常用的比较好的软件,可以通过后台与我们联系。

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