草庐IT

c++ - Rcpp 可以替换 R 中的 unif 函数吗？

coder 2023-11-16 原文

我刚刚开始使用 R 中的 Rcpp 包，我的学习受到了 Hadley Wickham 的 Advanced R 类(class)的启发。

在 R studio 中，我有以下 .cpp 文件。这个问题更笼统，但这个例子有帮助。 

#include <Rcpp.h>
using namespace Rcpp;

// [[Rcpp::export]]
NumericVector runifC(int n, double min=0, double max=1) {
  NumericVector out(n);

  for(int i = 0; i < n; ++i) {
    out[i] = min + ((double) rand() / (RAND_MAX)) * (max - min);
  }
  return out;
}

/*** R
library(microbenchmark)
microbenchmark(
  'R unif-1'      = runif(1),
  'C++ unif-1'    = runifC(1),
  'R unif-100'    = runif(100),
  'C++ unif-100'  = runifC(100),
  'R unif-1000'   = runif(1000),
  'C++ unif-1000' = runifC(1000),
  'R unif-100000'   = runif(100000),
  'C++ unif-100000' = runifC(100000)
)
*/

当我获取/保存文件时，它会显示性能输出。 

Unit: nanoseconds
             expr     min        lq       mean    median        uq     max neval
         R unif-1    2061    2644.5    4000.71    3456.0    4297.0   15402   100
       C++ unif-1     710    1190.0    1815.11    1685.0    2168.5    5776   100
       R unif-100    4717    5566.5    6794.14    6563.0    7435.5   16600   100
     C++ unif-100    1450    1997.5    2663.29    2591.5    3107.0    5307   100
      R unif-1000   28210   29584.5   31310.54   30380.0   31599.0   52879   100
    C++ unif-1000    8292    8951.0   10113.78    9462.5   10121.5   25099   100
    R unif-100000 2642581 2975117.0 3104580.62 3030938.5 3119489.0 5435046   100
  C++ unif-100000  699833  990924.0 1058855.49 1034430.5 1075078.0 1530351   100

我希望 runif 是一个非常优化的函数，但 C++ 代码运行效率更高。我在这里可能很天真，但如果性能有如此大的差异，那么为什么不是所有适用的 R 函数都用 C++ 重写呢？

这似乎很明显，有很多可能的改进，我觉得我好像错过了为什么不是所有的 R 函数都可以盲目地复制到 C++ 以提高性能的一个重要原因。

编辑:对于此示例，已表明 rand() 的 C++ 实现存在轻微缺陷。我注意到最多的性能差距是使用 rand() 函数。其他功能的性能似乎并不那么激烈，所以我更改了问题的名称。

最佳答案

请不要使用rand()。如果您提交它，这样做也会将您的包裹从 CRAN 中踢出。

参见例如 this C++ reference page警告:

Notes

There are no guarantees as to the quality of the random sequence produced. In the past, some implementations of rand() have had serious shortcomings in the randomness, distribution and period of the sequence produced (in one well-known example, the low-order bit simply alternated between 1 and 0 between calls).

如果您对备用随机数生成器和计时感兴趣，Rcpp Gallery .

一般来说，使用 R 提供的生成器，它们具有出色的统计质量，并且由 Rcpp 提供标量和矢量化形式(“Rcpp Sugar”)。

关于c++ - Rcpp 可以替换 R 中的 unif 函数吗？，我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题： https://stackoverflow.com/questions/26466437/

amp43C++unifcodec++rrcpp

有关c++ - Rcpp 可以替换 R 中的 unif 函数吗？的更多相关文章

  1. ruby - 如何从 ruby​​ 中的字符串运行任意对象方法？ - 2

    总的来说，我对ruby​​还比较陌生，我正在为我正在创建的对象编写一些rspec测试用例。许多测试用例都非常基础，我只是想确保正确填充和返回值。我想知道是否有办法使用循环结构来执行此操作。不必为我要测试的每个方法都设置一个assertEquals。例如:describeitem,"TestingtheItem"doit"willhaveanullvaluetostart"doitem=Item.new#HereIcoulddotheitem.name.shouldbe_nil#thenIcoulddoitem.category.shouldbe_nilendend但我想要一些方法来使用

  2. ruby - 为什么我可以在 Ruby 中使用 Object#send 访问私有(private)/ protected 方法？ - 2

    类classAprivatedeffooputs:fooendpublicdefbarputs:barendprivatedefzimputs:zimendprotecteddefdibputs:dibendendA的实例a=A.new测试a.foorescueputs:faila.barrescueputs:faila.zimrescueputs:faila.dibrescueputs:faila.gazrescueputs:fail测试输出failbarfailfailfail.发送测试[:foo,:bar,:zim,:dib,:gaz].each{|m|a.send(m)resc

  3. ruby - 其他文件中的 Rake 任务 - 2

    我试图在一个项目中使用rake，如果我把所有东西都放到Rakefile中，它会很大并且很难读取/找到东西，所以我试着将每个命名空间放在lib/rake中它自己的文件中，我添加了这个到我的rake文件的顶部:Dir['#{File.dirname(__FILE__)}/lib/rake/*.rake'].map{|f|requiref}它加载文件没问题，但没有任务。我现在只有一个.rake文件作为测试，名为“servers.rake”，它看起来像这样:namespace:serverdotask:testdoputs"test"endend所以当我运行rakeserver:testid时

  4. ruby-on-rails - Ruby net/ldap 模块中的内存泄漏 - 2

    作为我的Rails应用程序的一部分，我编写了一个小导入程序，它从我们的LDAP系统中吸取数据并将其塞入一个用户表中。不幸的是，与LDAP相关的代码在遍历我们的32K用户时泄漏了大量内存，我一直无法弄清楚如何解决这个问题。这个问题似乎在某种程度上与LDAP库有关，因为当我删除对LDAP内容的调用时，内存使用情况会很好地稳定下来。此外，不断增加的对象是Net::BER::BerIdentifiedString和Net::BER::BerIdentifiedArray，它们都是LDAP库的一部分。当我运行导入时，内存使用量最终达到超过1GB的峰值。如果问题存在，我需要找到一些方法来更正我的代

  5. ruby-on-rails - Rails 3 中的多个路由文件 - 2

    Rails2.3可以选择随时使用RouteSet#add_configuration_file添加更多路由。是否可以在Rails3项目中做同样的事情？ 最佳答案 在config/application.rb中:config.paths.config.routes在Rails3.2(也可能是Rails3.1)中，使用:config.paths["config/routes"] 关于ruby-on-rails-Rails3中的多个路由文件，我们在StackOverflow上找到一个类似的问题

  6. ruby - 使用 Vim Rails，您可以创建一个新的迁移文件并一次性打开它吗？ - 2

    使用带有Rails插件的vim，您可以创建一个迁移文件，然后一次性打开该文件吗？textmate也可以这样吗？ 最佳答案 你可以使用rails.vim然后做类似的事情::Rgeneratemigratonadd_foo_to_bar插件将打开迁移生成的文件，这正是您想要的。我不能代表textmate。 关于ruby-使用VimRails，您可以创建一个新的迁移文件并一次性打开它吗？，我们在StackOverflow上找到一个类似的问题： https://sta

  7. ruby-on-rails - Rails - 一个 View 中的多个模型 - 2

    我需要从一个View访问多个模型。以前，我的links_controller仅用于提供以不同方式排序的链接资源。现在我想包括一个部分(我假设)显示按分数排序的顶级用户(@users=User.all.sort_by(&:score))我知道我可以将此代码插入每个链接操作并从View访问它，但这似乎不是“ruby方式”，我将需要在不久的将来访问更多模型。这可能会变得很脏，是否有针对这种情况的任何技术？注意事项:我认为我的应用程序正朝着单一格式和动态页面内容的方向发展，本质上是一个典型的网络应用程序。我知道before_filter但考虑到我希望应用程序进入的方向，这似乎很麻烦。最终从任何

  8. ruby - 我可以使用 Ruby 从 CSV 中删除列吗？ - 2

    查看Ruby的CSV库的文档，我非常确定这是可能且简单的。我只需要使用Ruby删除CSV文件的前三列，但我没有成功运行它。 最佳答案 csv_table=CSV.read(file_path_in,:headers=>true)csv_table.delete("header_name")csv_table.to_csv#=>ThenewCSVinstringformat检查CSV::Table文档:http://ruby-doc.org/stdlib-1.9.2/libdoc/csv/rdoc/CSV/Table.html

  9. ruby-on-rails - Rails 3.2.1 中 ActionMailer 中的未定义方法 'default_content_type=' - 2

    我在我的项目中添加了一个系统来重置用户密码并通过电子邮件将密码发送给他，以防他忘记密码。昨天它运行良好(当我实现它时)。当我今天尝试启动服务器时，出现以下错误。=>BootingWEBrick=>Rails3.2.1applicationstartingindevelopmentonhttp://0.0.0.0:3000=>Callwith-dtodetach=>Ctrl-CtoshutdownserverExiting/Users/vinayshenoy/.rvm/gems/ruby-1.9.3-p0/gems/actionmailer-3.2.1/lib/action_mailer

  10. ruby-on-rails - 如何优雅地重启 thin + nginx？ - 2

    我的瘦服务器配置了nginx，我的ROR应用程序正在它们上运行。在我发布代码更新时运行thinrestart会给我的应用程序带来一些停机时间。我试图弄清楚如何优雅地重启正在运行的Thin实例，但找不到好的解决方案。有没有人能做到这一点？ 最佳答案 #Restartjustthethinserverdescribedbythatconfigsudothin-C/etc/thin/mysite.ymlrestartNginx将继续运行并代理请求。如果您将Nginx设置为使用多个上游服务器，例如server{listen80;server

随机推荐