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c++ - 在 C++ 函数环境中删除输入 R 对象

coder 2024-02-20 原文

我在 R 函数中有一个 Rcpp 函数。 R 函数生成一些对象(比如一个大列表)并将其提供给 Rcpp 函数。在 Rcpp 函数内部，我处理 R 对象，将结果加载到多个 C++ 类中。现在 R 对象变得无用了。我想清除 R 对象以为主要算法创建内存充足的环境。

思路是:

// [[Rcpp::export]]
void cppFun(List structuredData)
{
  // copy structuredData to C++ classes
  // Now I want structuredData gone to save memory
  // main algorithms ...
}

/***R
rFun(input)
{
  # R creates structuredData from input
  cppFun(structuredData)
}
*/

我尝试在 C++ 中调用 R 的“rm()”，但它只能识别 R 全局环境中的对象名称。例如:

// [[Rcpp::export]]
void cppFun()
{
  Language("rm", "globalDat").eval(); 
  Language("gc").eval();
}

/***R
globalDat = 1:10
ls() # shows "globalDat" is created.
cppFun() # shows "globalDat" is no longer in the environment.
ls()
*/

但是，以下内容不起作用:

// [[Rcpp::export]]
void cppFun()
{
  Language("rm", "localDat").eval(); 
  Language("gc").eval();
}

/***R
rFun <- function (x)
{
  locDat = x
  ls() //  shows "x" and "locDat" are created
  cppFun()
  ls()
}

globalDat = 1:10
ls() # shows "globalDat" is created.
rFun(globalDat) # it will print "x","locDat" twice and a warning message: In rm("localDat") : object 'localDat' not found

locDat = globalDat
rFun(globalDat) # this will still remove "locDat" from the global environment.
*/

我的目标是否正确？有没有更好的办法？

谢谢!

想到一个 hacky 解决方案:

  1. 编写一个 shell 类，包装对所有必要的 C++ 结构化数据类的引用。

  2. 在 R 函数中，(i) 处理输入； (ii) 将结构化的 R 数据提供给 Rcpp 函数； (iii) 在Rcpp函数中，new一个shell类对象，加载结构化R数据； (iv) memcpy 指向double的shell类指针(8字节，如果是32位系统，使用int)； (v) 返回 double； (vi) 从 R 函数中返回 double。现在结构化的 R 对象死了，而 newed C++ shell 对象仍然存在。调用 gc() 进行垃圾回收。

  3. 将 double 提供给主要的 C++/Rcpp 函数。 memcpy 这是一个 shell 类指针的 double 值。 删除函数返回前的shell类指针。

测试显示上述作品。刚刚找到“外部指针”或 Rcpp::XPtr 设计用于类似目的？

最佳答案

在 Rcpp 中，沿着这些路线做某事将被称为 antipattern 或高度适得其反。 为什么这是有问题的，因为 Rcpp 在将 R 对象移动到 C++浅拷贝 em>，这意味着 R 对象与实例化的 C++ 对象共享内存分配。如果您在 C++ 对象引用它时删除 R 对象，那么您稍后可能会遇到麻烦，因为 segmentation fault (segfault) 会可能发生。

现在，如果您打算将 R 对象深度复制到 C++ 结构中，这就不会像有毒的。进行深拷贝时，数据不引用原始R 对象。但是，这不是 Rcpp 的默认架构。

话虽如此，我强烈不鼓励在进程中删除对象。如果您确实内存不足，请尝试“分块”/更多地划分数据，对数据库执行操作，购买额外的 RAM，或等待 ALTREP 。

关于c++ - 在 C++ 函数环境中删除输入 R 对象，我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题： https://stackoverflow.com/questions/45745799/

amp43codeem34c++rrcpp

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