我正在使用 Python 和正则表达式来查找 ORF(开放阅读框)。

查找仅由字母 ATGC(无空格或换行符)组成的字符串的子字符串:

以 ATG 开始，以 TAG 或 TAA 或 TGA 结束，应该考虑从第一个开始的顺序字符，然后是第二个，然后是第三个:

Seq= "CCTCAGCGAGGACAGCAAGGGACTAGCCAGGAGGGAGAACAGAAACTCCAGAACATCTTGGAAATAGCTCCCAGAAAAGC
AAGCAGCCAACCAGGCAGGTTCTGTCCCTTTCACTCACTGGCCCAAGGCGCCACATCTCCCTCCAGAAAAGACACCATGA
GCACAGAAAGCATGATCCGCGACGTGGAACTGGCAGAAGAGGCACTCCCCCAAAAGATGGGGGGCTTCCAGAACTCCAGG
CGGTGCCTATGTCTCAGCCTCTTCTCATTCCTGCTTGTGGCAGGGGCCACCACGCTCTTCTGTCTACTGAACTTCGGGGT
GATCGGTCCCCAAAGGGATGAGAAGTTCCCAAATGGCCTCCCTCTCATCAGTTCTATGGCCCAGACCCTCACACTCAGAT
CATCTTCTCAAAATTCGAGTGACAAGCCTGTAGCCCACGTCGTAGCAAACCACCAAGTGGAGGAGCAGCTGGAGTGGCTG
AGCCAGCGCGCCAACGCCCTCCTGGCCAACGGCATGGATCTCAAAGACAACCAACTAGTGGTGCCAGCCGATGGGTTGTA
CCTTGTCTACTCCCAGGTTCTCTTCAAGGGACAAGGCTGCCCCGACTACGTGCTCCTCACCCACACCGTCAGCCGATTTG
CTATCTCATACCAGGAGAAAGTCAACCTCCTCTCTGCCGTCAAGAGCCCCTGCCCCAAGGACACCCCTGAGGGGGCTGAG
CTCAAACCCTGGTATGAGCCCATATACCTGGGAGGAGTCTTCCAGCTGGAGAAGGGGGACCAACTCAGCGCTGAGGTCAA
TCTGCCCAAGTACTTAGACTTTGCGGAGTCCGGGCAGGTCTACTTTGGAGTCATTGCTCTGTGAAGGGAATGGGTGTTCA
TCCATTCTCTACCCAGCCCCCACTCTGACCCCTTTACTCTGACCCCTTTATTGTCTACTCCTCAGAGCCCCCAGTCTGTA
TCCTTCTAACTTAGAAAGGGGATTATGGCTCAGGGTCCAACTCTGTGCTCAGAGCTTTCAACAACTACTCAGAAACACAA
GATGCTGGGACAGTGACCTGGACTGTGGGCCTCTCATGCACCACCATCAAGGACTCAAATGGGCTTTCCGAATTCACTGG
AGCCTCGAATGTCCATTCCTGAGTTCTGCAAAGGGAGAGTGGTCAGGTTGCCTCTGTCTCAGAATGAGGCTGGATAAGAT
CTCAGGCCTTCCTACCTTCAGACCTTTCCAGATTCTTCCCTGAGGTGCAATGCACAGCCTTCCTCACAGAGCCAGCCCCC
CTCTATTTATATTTGCACTTATTATTTATTATTTATTTATTATTTATTTATTTGCTTATGAATGTATTTATTTGGAAGGC
CGGGGTGTCCTGGAGGACCCAGTGTGGGAAGCTGTCTTCAGACAGACATGTTTTCTGTGAAAACGGAGCTGAGCTGTCCC
CACCTGGCCTCTCTACCTTGTTGCCTCCTCTTTTGCTTATGTTTAAAACAAAATATTTATCTAACCCAATTGTCTTAATA
ACGCTGATTTGGTGACCAGGCTGTCGCTACATCACTGAACCTCTGCTCCCCACGGGAGCCGTGACTGTAATCGCCCTACG
GGTCATTGAGAGAAATAA"

我尝试过的:

# finding the  stop codon here 

def stop_codon(seq_0):

        for i in range(0,len(seq_0),3):
            if (seq_0[i:i+3]== "TAA" and i%3==0) or (seq_0[i:i+3]== "TAG" and i%3==0) or (seq_0[i:i+3]== "TGA" and i%3==0) :
                a =i+3

                break

            else:
                a = None

# finding the start codon here 

startcodon_find =[m.start() for m in re.finditer('ATG', seq_0)]

我怎样才能找到一种方法来检查起始密码子，然后找到第一个终止密码子。随后找到下一个起始密码子和下一个终止​​密码子。

我希望将其运行三帧。如前所述，三帧将序列的第一个、第二个和第三个字符视为开始。

序列也需要分成 3 个小部分。它应该是这样的:

ATG TTT AAA ACA AAA TAT TTA TCT AAC CCA ATT GTC TTA ATA ACG CTG ATT TGA

我们将不胜感激。

我的最终答案:

def orf_find(st0):

    seq_0=""
    for i in range(0,len(st0),3):
        if len(st0[i:i+3])==3:
            seq_0 = seq_0 + st0[i:i+3]+ " "

    ms_1 =[m.start() for m in re.finditer('ATG', seq_0)]
    ms_2 =[m.start() for m in re.finditer('(TAA)|(TAG)|(TGA)', seq_0)]

    def get_next(arr,value):
        for a in arr:
            if a > value:
                return a
        return -1




    codons = []
    start_codon=ms_1[0]
    while (True):
        stop_codon = get_next(ms_2,start_codon)
        if stop_codon == -1:
            break
        codons.append((start_codon,stop_codon))
        start_codon = get_next(ms_1,stop_codon)
        if start_codon==-1:
            break

    max_val = 0
    selected_tupple = ()
    for i in codons:
        k=i[1]-i[0]
        if k > max_val:
            max_val = k
            selected_tupple = i

    print "selected tupple is ", selected_tupple

    final_seq=seq_0[selected_tupple[0]:selected_tupple[1]+3]

    print final_seq
    print "The longest orf length is " + str(max_val)



output_file = open('Longorf.txt','w')
output_file.write(str(orf_find(st0)))

output_file.close()

上面的写入功能无法帮助我将内容写入文本文件。我得到的只是 NONE.. 为什么会出现这个错误.. 任何人都可以帮忙吗？

最佳答案

如果您想手动编码:

import re
from string import maketrans

pattern = re.compile(r'(?=(ATG(?:...)*?)(?=TAG|TGA|TAA))')

def revcomp(dna_seq):
    return dna_seq[::-1].translate(maketrans("ATGC","TACG"))

def orfs(dna):
    return set(pattern.findall(dna) + pattern.findall(revcomp(dna)))

print orfs(Seq)

关于python - 如何在 Python 中查找开放阅读框，我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题： https://stackoverflow.com/questions/13114246/