科研工作者在发表paper的时候，如果文章中涉及高通量测序数据分析，就需要提前向NCBI上传数据获得登录号。然而，如何向NCBI提交这些序列？提交什么序列？总是提交失败怎么办？这一系列问题成为科研工作者不得不面对的一个难题。今天小编就来介绍一种重要的NCBI数据库GEO，它可用于存储测序数据，实现资源共享。小编将GEO数据库的提交过程做一个简单概述，希望能为大家提供一点帮助。
1. NCBI 账号注册
数据上传前需要注册一个NCBI（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/）账号
若账号已存在，可点击“Log in”直接登录，若未注册账号，需点击“Sign up“注册后登录。
2. GEO账号注册
登录NCBI后点击“Submit”
下拉至“Other Tools”点击GEO对应的“learn more”，进入GEO
填写姓名、电话、E-mail等基本信息 （带*号的为必填信息）注：http://qq.com、http://163.com 或 http://foxmail.com 电子邮件地址可能不能收到来自 NCBI 的邮件。请提供其他邮箱以确保NCBI能够与您沟通。
注册成功后会收到GEO注册成功邮件。
注：GEO帐户三个月内不上传数据将自动删除。
3. 数据上传导航
RNA-seq 选择高通量测序
需要提交的数据：Metadata spreadsheet 可在下方直接下载填写
processed data fies即表达量文件gene count或gene fpkm文件
raw data files即原始数据raw data
4. Metadata spreadsheet 表格填写
（1）STUDY主要包含文章的标题、概述、实验整体设计、共同作者等
（2）SAMPLES: 包括样品名称、样品的详细信息、物种、细胞系、细胞类型、试验处理情况、单双端测序情况、测序机器、原始文件名等。
Processeddata files主要是基因表达的数据文件（readcount或FPKM），需要换成文本txt格式。raw file对应原始数据raw data中的压缩包名称，以fq.gz结尾，由于是双端测序，因此一个样本对应-1、-2两端数据。
（3）PROTOCLS: 样本的处理方案，建库方案，类型，处理步骤，处理过程中文件信息等
（4）PAIRED-END EXPERIMENTS: 双端测序的样本fq文件名
（5）MD5 ChecksumsMD5 即 Message-Digest Algorithm 5，是当前计算机领域广泛使用的哈希算法之一，用于确保信息传输完整一致。
RAW FILES即raw data，对应的file cheksum可直接在释放的全部数据中的md5.txt直接查看。PROCESSED DATA FILES即结果文件中的表达量fpkm文件，需将文件转换成txt格式后上传，windows电脑的file cheksum可利用md5.exe（释放的全部数据中有）生成，具体操作如下。
5.数据上传
将以上涉及的三部分需提交的内容（表格与数据）打包到一个文件夹内
注：可接受的压缩格式是 gzip 和 bzip2（即以 .gz 或 .bz2 扩展名结尾的文件）。切勿压缩二进制文件（例如，BAM、bigWig、bigBed），也不要上传 ZIP 档案（扩展名为 .zip 的文件）。
点击“Uploading your submission”跳转到数据上传界面
分两步：第一步下载FTP软件上传数据，第二步发邮件通知GEO
上传路径：
上传的主机，账号及密码：
“快速连接”工具栏中输入主机（http://ftp-private.ncbi.nlm.nih.gov），用户名（geoftp）和密码（rebUzyi1）来快速连接，会看到“快速连接”错误，可以忽略此错误。在“远程站点”地址栏中输入个性化工作区的路径（如我的路径为：/ uploads / zhaoyuhuan_8zOL842G）。然后可以通过从“本地站点”窗口拖动包含所有提交文件的文件夹并将其拖放到右侧的上传空间（“远程站点”窗口）中来传输文件。
此外，可以通过设置站点管理器避免目标列表错误，步骤如下：
（1）选择文件-站点管理器-常规-输入主机（http://ftp-private.ncbi.nlm.nih.gov），用户名（geoftp）和密码（rebUzyi1）
（2）选择文件-站点管理器-高级-选择需要上传数据的文件夹-数据库给出的远程站点
（3）选择文件-站点管理器-传输设置-选择主动-点击连接即可
6.邮件确认
待传输完成后，点击Notify GEO通知GEO审核数据，GEO官方大概在5个工作日左右回复，在收到管理员邮件确认之前不要引用GEO号。
在方框输入上传文件路径选择数据公开的时间(根据需求自行决定)注：若老师选择3年后公开，后续想更改时间，可以进行提交界面，通过设置修改时间，或者直接反馈GEO官网进行修改。
1. FileZilla连接失败问题
2. FTP上传数据报550错误
请求操作未被执行，文件不可用，可以尝试以下的方法来解决：（1）准备要传输的文件，不要打开使用，很多人经常会忘记关闭了个别的文件，同时又将文件发给别人，这种正在使用着的文件是传输不过去的；（2）文件的体积比较大，传输过程中耗费时间比较长，网络不稳定，容易造成传输文件中断，可以尝试将体积比较大的文件分开传输，或者尝试将文件压缩一些体积，打包传输；（3）网络条件比较差，网络不给力，传输文件比较困难，可以在网络较好的情况下再传输；（4）电脑上某些杀毒软件拦截文件，造成文件传输的错误，可以尝试暂时关闭特殊的杀毒软件。
3. Ftp服务器连接失败
主要分为以下四种情况：
（1）连接被拒, 错误信息如下:正在连接到 http://www.yourdomain.com -> DNS=http://www.yourdomain.com IP=218.13.164.102 PORT=21连接失败 (连接被拒)
原因:这是因为客户在作Ftp上传时 填写错了Ftp服务器造成这个问题。
解决:在Ftp上传时服务器填写。
（2）FTP用户登入失败 错误信息如下:正在连接到 http://www.72dns.com -> DNS=http://www.72dns.com IP=211.155.224.184 PORT=21 已连接到 http://www.72dns.com (Ftp服务器连接成功)220 Serv-U FTP Server v6.2 for WinSock ready...USER test331 User name okay, need password.PASS (隐藏)530 Not logged in.
原因:这是用户填写错误的FTP服务器、Ftp用户名/或Ftp密码。
解决:请您核对您的Ftp 信息（开通空间时，系统会把FTP信息发到你邮箱里，你可以查看一下邮件）。如果您忘记Ftp密码。可以在“用户中心－－－虚拟主机管理－－－控制面板”里重设Ftp密码。
（3）用户本地上网问题，错误信息如下:无法解析主机：s501.72dns.comC:\>ping s501.72dns.comPing request could not find host s501.72dns.com.please check the name and try again.
原因:如这两种情况同时都出现，那是用户本地上网的DNS有问题。
解决:请用其它的DNS试下。
（4）Ftp服务器解析正常,Ftp服务器连接超时，错误信息如下:正在连接到 http://s501.72dns.com -> DNS=http://s501.72dns.com IP=203.171.239.16 PORT=21 连接失败（连接超时）
原因:网络方面有问题。
解决:更换网络再次尝试。
总结：目前最常见的FTP错误检查主要是检查FTP服务器、Ftp用户名/或Ftp密码是否正确；切换站点管理器中传输设置的主动被动模式；站点管理器常规中的加密选项选择只使用普通FTP（不安全）。
以上就是本次GEO数据上传操作指南的主要内容啦，希望可以对各位老师有所帮助。后续小编还会推出SRA数据上传指南，敬请期待~
我主要使用Ruby来执行此操作，但到目前为止我的攻击计划如下:使用gemsrdf、rdf-rdfa和rdf-microdata或mida来解析给定任何URI的数据。我认为最好映射到像schema.org这样的统一模式，例如使用这个yaml文件，它试图描述数据词汇表和opengraph到schema.org之间的转换:#SchemaXtoschema.orgconversion#data-vocabularyDV:name:namestreet-address:streetAddressregion:addressRegionlocality:addressLocalityphoto:i
我发现ActiveRecord::Base.transaction在复杂方法中非常有效。我想知道是否可以在如下事务中从AWSS3上传/删除文件:S3Object.transactiondo#writeintofiles#raiseanexceptionend引发异常后，每个操作都应在S3上回滚。S3Object这可能吗？？ 最佳答案 虽然S3API具有批量删除功能，但它不支持事务，因为每个删除操作都可以独立于其他操作成功/失败。该API不提供任何批量上传功能(通过PUT或POST)，因此每个上传操作都是通过一个独立的API调用完成的
有时我需要处理键/值数据。我不喜欢使用数组，因为它们在大小上没有限制(很容易不小心添加超过2个项目，而且您最终需要稍后验证大小)。此外，0和1的索引变成了魔数(MagicNumber)，并且在传达含义方面做得很差(“当我说0时，我的意思是head...”)。散列也不合适，因为可能会不小心添加额外的条目。我写了下面的类来解决这个问题:classPairattr_accessor:head,:taildefinitialize(h,t)@head,@tail=h,tendend它工作得很好并且解决了问题，但我很想知道:Ruby标准库是否已经带有这样一个类？ 最佳
我有带有Logo图像的公司模型has_attached_file:logo我用他们的Logo创建了许多公司。现在，我需要添加新样式has_attached_file:logo,:styles=>{:small=>"30x15>",:medium=>"155x85>"}我是否应该重新上传所有旧数据以重新生成新样式？我不这么认为……或者有什么rake任务可以重新生成样式吗？ 最佳答案 参见Thumbnail-Generation.如果rake任务不适合你，你应该能够在控制台中使用一个片段来调用重新处理!关于相关公司
我在Rails应用程序中使用CarrierWave/Fog将视频上传到AmazonS3。有没有办法判断上传的进度，让我可以显示上传进度如何？ 最佳答案 CarrierWave和Fog本身没有这种功能；你需要一个前端uploader来显示进度。当我不得不解决这个问题时，我使用了jQueryfileupload因为我的堆栈中已经有jQuery。甚至还有apostonCarrierWaveintegration因此您只需按照那里的说明操作即可获得适用于您的应用的进度条。 关于ruby-on-r
我正在尝试使用Curbgem执行以下POST以解析云curl-XPOST\-H"X-Parse-Application-Id:PARSE_APP_ID"\-H"X-Parse-REST-API-Key:PARSE_API_KEY"\-H"Content-Type:image/jpeg"\--data-binary'@myPicture.jpg'\https://api.parse.com/1/files/pic.jpg用这个:curl=Curl::Easy.new("https://api.parse.com/1/files/lion.jpg")curl.multipart_form_
无论您是想搭建桌面端、WEB端或者移动端APP应用，HOOPSPlatform组件都可以为您提供弹性的3D集成架构，同时，由工业领域3D技术专家组成的HOOPS技术团队也能为您提供技术支持服务。如果您的客户期望有一种在多个平台（桌面/WEB/APP，而且某些客户端是“瘦”客户端）快速、方便地将数据接入到3D应用系统的解决方案，并且当访问数据时，在各个平台上的性能和用户体验保持一致，HOOPSPlatform将帮助您完成。利用HOOPSPlatform，您可以开发在任何环境下的3D基础应用架构。HOOPSPlatform可以帮您打造3D创新型产品，HOOPSSDK包含的技术有：快速且准确的CAD
本教程将在Unity3D中混合Optitrack与数据手套的数据流，在人体运动的基础上，添加双手手指部分的运动。双手手背的角度仍由Optitrack提供，数据手套提供双手手指的角度。 01 客户端软件分别安装MotiveBody与MotionVenus并校准人体与数据手套。MotiveBodyMotionVenus数据手套使用、校准流程参照：https://gitee.com/foheart_1/foheart-h1-data-summary.git02 数据转发打开MotiveBody软件的Streaming，开始向Unity3D广播数据；MotionVenus中设置->选项选择Unit
文章目录一、概述简介原理模块二、配置Mysql使用版本环境要求1.操作系统2.mysql要求三、配置canal-server离线下载在线下载上传解压修改配置单机配置集群配置分库分表配置1.修改全局配置2.实例配置垂直分库水平分库3.修改group-instance.xml4.启动监听四、配置canal-adapter1修改启动配置2配置映射文件3启动ES数据同步查询所有订阅同步数据同步开关启动4.验证五、配置canal-admin一、概述简介canal是Alibaba旗下的一款开源项目，Java开发。基于数据库增量日志解析，提供增量数据订阅&消费。Git地址：https://github.co
我正在尝试在Rails上安装ruby，到目前为止一切都已安装，但是当我尝试使用rakedb:create创建数据库时，我收到一个奇怪的错误:dyld:lazysymbolbindingfailed:Symbolnotfound:_mysql_get_client_infoReferencedfrom:/Library/Ruby/Gems/1.8/gems/mysql2-0.3.11/lib/mysql2/mysql2.bundleExpectedin:flatnamespacedyld:Symbolnotfound:_mysql_get_client_infoReferencedf
