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xml - R 从 Graphpad Prism 导入 XML

coder 2024-06-28 原文

我正在尝试从 Graphpad Prism .pzfx 文件导入原始数据，这些文件原则上是 .xml 文件。我去掉了大部分棱镜特定的东西，只留下了我感兴趣的部分。:

<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
<GraphPadPrismFile xmlns="http://graphpad.com/prism/Prism.htm" PrismXMLVersion="5.00">
  <TableSequence Selected="1">
    <Ref ID="Table0" Selected="1"/>
  </TableSequence>
  <Table ID="Table0" XFormat="error" YFormat="replicates" Replicates="1" TableType="XY" EVFormat="AsteriskAfterNumber">
    <Title>Data 1</Title>
    <XColumn Width="162" Decimals="0" Subcolumns="1">
      <Title>X</Title>
      <Subcolumn>
        <d>1</d>
        <d>2</d>
        <d>3</d>
        <d>4</d>
        <d>5</d>
      </Subcolumn>
    </XColumn>
    <YColumn Width="81" Decimals="4" Subcolumns="1">
      <Title>ML</Title>
      <Subcolumn>
        <d>120</d>
        <d>100</d>
        <d>5</d>
        <d>0</d>
        <d>1.5</d>
      </Subcolumn>
    </YColumn>
    <YColumn Width="81" Decimals="4" Subcolumns="1">
      <Title>MH</Title>
      <Subcolumn>
        <d>10</d>
        <d>560</d>
        <d>665</d>
        <d>40</d>
        <d>31.5</d>
      </Subcolumn>
    </YColumn>
    <YColumn Width="81" Decimals="6" Subcolumns="1">
      <Title>MH2</Title>
      <Subcolumn>
        <d>1.20</d>
        <d>100</d>
        <d>5</d>
        <d>0</d>
        <d>1.5</d>
      </Subcolumn>
    </YColumn>
    <YColumn Width="81" Decimals="6" Subcolumns="1">
      <Title>MH1</Title>
      <Subcolumn>
        <d>120</d>
        <d>100</d>
        <d>5</d>
        <d>0</d>
        <d>1.5</d>
      </Subcolumn>
    </YColumn>
  </Table>
</GraphPadPrismFile>

据我了解，我有一个节点表，它又具有 XColumn、YColumn 节点，这些节点具有标题，然后具有子列节点。这些包含我想转换成 R-data.frame 的原始数据。

到目前为止，我已经设法导入了一个 YColumn:(文件是上面那个的路径)

xData <- xmlParse(file)
xData.rt <- xmlRoot(xData)
xmlToDataFrame(xData.rt[["Table"]][["YColumn"]][["Subcolumn"]])

这给了我第一个 YColumn 作为 data.frame:

  text
1  120
2  100
3    5
4    0
5  1.5

是否有一种(也许也更简单？)将所有 X 和 Y 列导入一个数据框的方法？

最佳答案

更新:该库也在 CRAN 上，可以通过以下方式安装:

install.packages("pzfx")

tl;dr:在研究了 pzfx 文件的 XML 结构后，我写了一个包 here和一篇博文 here .简而言之，

devtools::install_github("Yue-Jiang/pzfx")
library(pzfx)
pzfx_tables("/path/to/my/pzfx/file") # list tables in a .pzfx file
df <- read_pzfx("/path/to/my/pzfx/file", 1) # read first table
df <- read_pzfx("/path/to/my/pzfx/file", "Table Name") # read table by name

我在尝试解析 prsim XML 时注意到的几件事:

  1. Prism 允许用户拥有子列，但它们可以表示不同的意思，这被指定为表格的 YFormat 属性。例如，replicates 表示子列是重复的，而 SDN 表示子列是均值、sd 和观察值。 pzfx 包尝试通过查看 YFormat 来推断子列类型，并将适当的后缀附加到列名称。

  2. Prism 允许用户从表格中删除某些单元格。这是由子列的 Excluded 属性指定的。阅读该表时，需要决定如何处理这些排除的值。 pzfx 包允许用户保留、排除或保留 prsim 文件中的“*”(这使得所有列都是 character 类型)。

如果有人需要做类似的事情，希望这会有点用处。欢迎在 github 上报告问题。

关于xml - R 从 Graphpad Prism 导入 XML，我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题： https://stackoverflow.com/questions/25506099/

GraphpadPrismltgt34xmlr

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