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xmlstarlet 选择具有特定属性值的节点

coder 2024-06-27 原文

我是新手，所以如果答案很明显，请原谅我!我有一个从 NCBI 下载的 XML 文档，我试图从每个条目中提取主机信息，它看起来有点像这样(但嵌套更深):

<OrgName_mod>
    <OrgMod>
        <OrgMod_subtype value="strain">2</OrgMod_subtype>
        <OrgMod_subname>Mvs/Jiroft.IRN/14.15/1[B3]</OrgMod_subname>
    </OrgMod>
    <OrgMod>
        <OrgMod_subtype value="nat-host">21</OrgMod_subtype>
        <OrgMod_subname>Homo sapiens</OrgMod_subname>
    </OrgMod>
</OrgName_mod>

我已经成功使用了以下内容:

xml sel -t -v //OrgName_mod/OrgMod[2]/OrgMod_subname -n file.xml

但问题在于，有时OrgMod 节点中的信息或多或少，宿主并不总是处于第二位。所以我已经尝试了几乎每个版本来尝试专门选择主机节点:

xml sel -t -m //OrgMod/OrgMod_subtype[@value=nat-host] -v ../OrgMod_subname -n file.xml

我想选择具有 nat-host 属性的 OrgMod_subtype 节点，然后随后打印具有物种名称的兄弟(？)OrgMod_subname 节点。

任何帮助将不胜感激!

最佳答案

试试这个方法:

 //OrgMod[OrgMod_subtype/@value = 'nat-host']/OrgMod_subname/text()

关于xmlstarlet 选择具有特定属性值的节点，我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题： https://stackoverflow.com/questions/31172107/

xmlstarlet选择OrgModOrgMod_subnameOrgMod_subtypexmlbashxpathattributes

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