草庐IT

java - 在 MATLAB 中更改 seqlogo 图形的 x 轴

coder 2024-03-27 原文

我正在制作大量 seqlogos以编程方式。它们有数百列宽，因此运行 seqlogo 通常会创建太细而看不见的字母。我注意到我只关心其中的一些列(不一定是连续的列)......大多数是噪音，但有些是高度保守的。

我使用类似这样的片段:

wide_seqs = cell2mat(arrayfun(@randseq, repmat(200, [500 1]), 'uniformoutput', false));
wide_seqs(:, [17,30, 55,70,130]) = repmat(['ATCGG'], [500 1])

conserve_cell = seqlogo(wide_seqs, 'displaylogo', false);
high_bit_cols = any(conserve_cell{2}>1.0,1);
[~, handle] = seqlogo(wide_seqs(:,high_bit_cols ));

虽然当我这样做时，我丢失了有关数据来自哪些列的信息。

通常我只会更改seqlogo 的x 轴。然而，seqlogo 是某种疯狂的基于 java 的对象和调用，例如:

set(handle, 'xticklabel', num2str(find(high_bit_cols)))

不工作。任何帮助将不胜感激。

谢谢， 将

编辑:

关于赏金，我愿意接受任何一种更改轴标签的疯狂方法，包括(但不限于):使用图像处理工具箱在保存后修改图像，使用文本框创建新的 seqlogo 函数，修改 java 代码(如果可能)等。我不愿意接受诸如“使用 python”、“使用此 R 库”或任何其他类型的非 Matlab 解决方案。

最佳答案

好吧，这个问题让我浪费了几个小时。看来您不能将任何 MATLAB 对象(轴或文本框)放在该 hgjavacomponent 对象的顶部。当然，我不能修改 java 代码。所以我找到的唯一可行的解​​决方案是从头开始创建图形。

我不想重写代码来计算权重矩阵(符号高度)，您已经这样做了。但如果您根本不想使用 MATLAB 的 seqlogo，也可以这样做。所以我稍微改变了你的最后一行以获得矩阵:

[wm, handle] = seqlogo(wide_seqs(:,high_bit_cols ));

文本符号的问题在于您无法精确控制它们的大小，无法使符号适合文本框。这可能就是 MATLAB 决定使用 java 图形对象的原因。但是我们可以创建符号图像并对其进行处理。

这是创建字母图像的代码:

letters = wm{1};
clr = [0 1 0; 0 0 1; 1 0.8 0;1 0 0]; % corresponding colors
for t = 1:numel(letters)
    hf = figure('position',[200 200 100 110],'color','w');
    ha = axes('parent',hf, 'visible','off','position',[0 0 1 1]);
    ht = text(50,55,letters(t),'color',clr(t,:),'units','pixels',...
        'fontsize',100,'fontweight','norm',...
        'vertical','mid','horizontal','center');
    F = getframe(hf); % rasterize the letter
    img = F.cdata;
    m = any(img < 255,3); % convert to binary image
    m(any(m,2),any(m,1))=1; % mask to cut white borders
    imwrite(reshape(img(repmat(m,[1 1 3])),[sum(any(m,2)) sum(any(m,1)) 3]),...
        [letters(t) '.png'])
    close(hf)
end

然后我们使用这些图像绘制新的 seqlogo 图:

xlabels = cellstr(num2str(find(high_bit_cols)'));
letters = wm{1};
wmat=wm{2}; % weight matrix from seqlogo
[nletters  npos] = size(wmat);
wmat(wmat<0) = 0; % cut negative values

% prepare the figure
clf
hAx = axes('parent',gcf,'visible','on');
set(hAx,'XLim',[0.5 npos+0.5],'XTick',1:npos,'XTickLabel',xlabels)
ymax = ceil(max(sum(wmat)));
ylim([0 ymax])
axpos = get(hAx,'Position');
step = axpos(3)/npos;

% place images of letters
for i=1:npos
    [wms idx] = sort(wmat(:,i)); % largest on the top
    let_show = letters(idx);
    ybot = axpos(2);
    for s=1:nletters
        if wms(s)==0, continue, end;
        axes('position',[axpos(1) ybot step wms(s)/ymax*axpos(4)])
        ybot = ybot + wms(s)/ymax*axpos(4);
        img = imread([let_show(s) '.png']);
        image(img)
        set(gca,'visible','off')
    end
    axpos(1)=axpos(1)+step;
end

结果如下: alt text http://img716.imageshack.us/img716/2073/seqlogoexample.png

当然，代码和图形可以进一步改进，但我希望这是您可以开始工作的东西。如果我遗漏了什么，请告诉我。

关于java - 在 MATLAB 中更改 seqlogo 图形的 x 轴，我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题： https://stackoverflow.com/questions/2526714/

seqlogoMATLAB39codejavaplotbioinformatics

有关java - 在 MATLAB 中更改 seqlogo 图形的 x 轴的更多相关文章

  1. ruby-on-rails - Ruby on Rails 迁移，将表更改为 MyISAM - 2

    如何正确创建Rails迁移，以便将表更改为MySQL中的MyISAM？目前是InnoDB。运行原始执行语句会更改表，但它不会更新db/schema.rb，因此当在测试环境中重新创建表时，它会返回到InnoDB并且我的全文搜索失败。我如何着手更改/添加迁移，以便将现有表修改为MyISAM并更新schema.rb，以便我的数据库和相应的测试数据库得到相应更新？ 最佳答案 我没有找到执行此操作的好方法。您可以像有人建议的那样更改您的schema.rb，然后运行:rakedb:schema:load，但是，这将覆盖您的数据。我的做法是(假设

  2. ruby-on-rails - 项目升级后 Pow 不会更改 ruby​​ 版本 - 2

    我在我的Rails项目中使用Pow和powifygem。现在我尝试升级我的ruby​​版本(从1.9.3到2.0.0，我使用RVM)当我切换ruby​​版本、安装所有gem依赖项时，我通过运行railss并访问localhost:3000确保该应用程序正常运行以前，我通过使用pow访问http://my_app.dev来浏览我的应用程序。升级后，由于错误Bundler::RubyVersionMismatch:YourRubyversionis1.9.3,butyourGemfilespecified2.0.0，此url不起作用我尝试过的:重新创建pow应用程序重启pow服务器更新战俘

  3. ruby - Capistrano 3 在任务中更改 ssh_options - 2

    我尝试使用不同的ssh_options在同一阶段运行capistranov.3任务。我的production.rb说:set:stage,:productionset:user,'deploy'set:ssh_options,{user:'deploy'}通过此配置，capistrano与用户deploy连接，这对于其余的任务是正确的。但是我需要将它连接到服务器中配置良好的an_other_user以完成一项特定任务。然后我的食谱说:...taskswithoriginaluser...task:my_task_with_an_other_userdoset:user,'an_othe

  4. java - 等价于 Java 中的 Ruby Hash - 2

    我真的很习惯使用Ruby编写以下代码:my_hash={}my_hash['test']=1Java中对应的数据结构是什么？ 最佳答案 HashMapmap=newHashMap();map.put("test",1);我假设？ 关于java-等价于Java中的RubyHash，我们在StackOverflow上找到一个类似的问题： https://stackoverflow.com/questions/22737685/

  5. ruby - 更改 ActiveRecord 中对象的类 - 2

    假设我有一个FireNinja我的数据库中的对象，使用单表继承存储。后来才知道他真的是WaterNinja.将他更改为不同的子类的最干净的方法是什么？更好的是，我很想创建一个新的WaterNinja对象并替换旧的FireNinja在数据库中，保留ID。编辑我知道如何创建新的WaterNinja来self现有FireNinja的对象，我也知道我可以删除旧的并保存新的。我想做的是改变现有项目的类别。我是通过创建一个新对象并执行一些ActiveRecord魔法来替换行，还是通过对对象本身做一些疯狂的事情，或者甚至通过删除它并使用相同的ID重新插入来做到这一点，这是问题的一部分。

  6. java - 从 JRuby 调用 Java 类的问题 - 2

    我正在尝试使用boilerpipe来自JRuby。我看过guide从JRuby调用Java，并成功地将它与另一个Java包一起使用，但无法弄清楚为什么同样的东西不能用于boilerpipe。我正在尝试基本上从JRuby中执行与此Java等效的操作:URLurl=newURL("http://www.example.com/some-location/index.html");Stringtext=ArticleExtractor.INSTANCE.getText(url);在JRuby中试过这个:require'java'url=java.net.URL.new("http://www

  7. java - 我的模型类或其他类中应该有逻辑吗 - 2

    我只想对我一直在思考的这个问题有其他意见，例如我有classuser_controller和classuserclassUserattr_accessor:name,:usernameendclassUserController//dosomethingaboutanythingaboutusersend问题是我的User类中是否应该有逻辑user=User.newuser.do_something(user1)oritshouldbeuser_controller=UserController.newuser_controller.do_something(user1,user2)我

  8. java - 什么相当于 ruby​​ 的 rack 或 python 的 Java wsgi？ - 2

    什么是ruby​​的rack或python的Java的wsgi？还有一个路由库。 最佳答案 来自Python标准PEP333:Bycontrast,althoughJavahasjustasmanywebapplicationframeworksavailable,Java's"servlet"APImakesitpossibleforapplicationswrittenwithanyJavawebapplicationframeworktoruninanywebserverthatsupportstheservletAPI.ht

  9. 世界前沿3D开发引擎HOOPS全面讲解——集3D数据读取、3D图形渲染、3D数据发布于一体的全新3D应用开发工具 - 2

    无论您是想搭建桌面端、WEB端或者移动端APP应用，HOOPSPlatform组件都可以为您提供弹性的3D集成架构，同时，由工业领域3D技术专家组成的HOOPS技术团队也能为您提供技术支持服务。如果您的客户期望有一种在多个平台（桌面/WEB/APP，而且某些客户端是“瘦”客户端）快速、方便地将数据接入到3D应用系统的解决方案，并且当访问数据时，在各个平台上的性能和用户体验保持一致，HOOPSPlatform将帮助您完成。利用HOOPSPlatform，您可以开发在任何环境下的3D基础应用架构。HOOPSPlatform可以帮您打造3D创新型产品，HOOPSSDK包含的技术有：快速且准确的CAD

  10. Matlab imread（）读到了什么 （浅显 当复习文档了） - 2

    matlab打开matlab，用最简单的imread方法读取一个图像clcclearimg_h=imread('hua.jpg');返回一个数组（矩阵），往往是a*b*cunit8类型解释一下这个三维数组的意思，行数、数和层数，unit8：指数据类型，无符号八位整形，可理解为0~2^8的数三个层数分别代表RGB三个通道图像rgb最常用的是24-位实现方法，即RGB每个通道有256色阶（2^8）。基于这样的24-位RGB模型的色彩空间可以表现256×256×256≈1670万色当imshow传入了一个二维数组，它将以灰度方式绘制；可以把图像拆分为rgb三层，可以以灰度的方式观察它figure(1

随机推荐