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生信数据下载及服务器传输

27生信学习 2023-03-28 原文

1 公共数据下载
SRA Toolkit安装方法:进入服务器 下载包命令:wget 及复制下载链接 https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/2.11.3/sratoolkit.2.11.3-centos_linux64.tar.gz,下载完成后命令:ls查看,解压命令:tar -zxvf sratoolkit.2.11.3-centos_linux64.tar.gz
步骤一 下载数据 prefetch
执行下载命令:prefetch SRR4434435(数据号)即可(若环境变量未添加成功,prefetch全路径即可如/home/4.0T.3/xuyaru/sratoolkit.2.11.3-centos_linux64/bin/prefetch)
(Tip下载数据方法二:wget 下载链接(此链接可为公共数据SRR fastq的链接))
步骤二 sra转变fastq格式
执行下载命令:fastq-dump --gzip --split-3 XXX.sra
批量命令:for i in *sra;do;echo i;done
注:若环境变量未添加成功,/home/4.0T.3/sratoolkit/sratoolkit.2.11.3-centos_linux64/bin/fastq-dump即可
2 服务器之间传输数据
本地服务器发起
scp -r -P 5860 xxxxx@11.11.111.11:/public/home/xiaoliang/methylation/results/ /home/share_data1/zhoujx/methy_cross/result/
注:将xxxxx@11.11.111.11:/public/home/xiaoliang/methylation/results/ 定为服务器A传输文件所在位置;/home/share_data1/zhoujx/methy_cross/result/定为服务器B的接收到的文件位置,-P是服务器接收端口Port数字。

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