草庐IT

python - 正确使用大广播变量的技巧?

coder 2023-08-21 原文

我正在使用大小约为 100 MB 的广播变量,我将其近似为:

>>> data = list(range(int(10*1e6)))
>>> import cPickle as pickle
>>> len(pickle.dumps(data))
98888896

在具有 3 个 c3.2xlarge 执行程序和一个 m3.large 驱动程序的集群上运行,使用以下命令启动交互式 session :

IPYTHON=1 pyspark --executor-memory 10G --driver-memory 5G --conf spark.driver.maxResultSize=5g

在 RDD 中,如果我持久化对这个广播变量的引用,内存使用量就会激增。对于 100 MB 变量的 100 次引用,即使它被复制 100 次,我预计数据使用总量也不会超过 10 GB(更不用说 3 个节点上的 30 GB 了)。但是,当我运行以下测试时,我看到内存不足的错误:

data = list(range(int(10*1e6)))
metadata = sc.broadcast(data)
ids = sc.parallelize(zip(range(100), range(100)))
joined_rdd = ids.mapValues(lambda _: metadata.value)
joined_rdd.persist()
print('count: {}'.format(joined_rdd.count()))

堆栈跟踪:

TaskSetManager: Lost task 17.3 in stage 0.0 (TID 75, 10.22.10.13): 

org.apache.spark.api.python.PythonException: Traceback (most recent call last):
  File "/usr/lib/spark/python/lib/pyspark.zip/pyspark/worker.py", line 111, in main
    process()
  File "/usr/lib/spark/python/lib/pyspark.zip/pyspark/worker.py", line 106, in process
    serializer.dump_stream(func(split_index, iterator), outfile)
  File "/usr/lib/spark/python/pyspark/rdd.py", line 2355, in pipeline_func
    return func(split, prev_func(split, iterator))
  File "/usr/lib/spark/python/pyspark/rdd.py", line 2355, in pipeline_func
    return func(split, prev_func(split, iterator))
  File "/usr/lib/spark/python/pyspark/rdd.py", line 317, in func
    return f(iterator)
  File "/usr/lib/spark/python/pyspark/rdd.py", line 1006, in <lambda>
    return self.mapPartitions(lambda i: [sum(1 for _ in i)]).sum()
  File "/usr/lib/spark/python/pyspark/rdd.py", line 1006, in <genexpr>
    return self.mapPartitions(lambda i: [sum(1 for _ in i)]).sum()
  File "/usr/lib/spark/python/lib/pyspark.zip/pyspark/serializers.py", line 139, in load_stream
    yield self._read_with_length(stream)
  File "/usr/lib/spark/python/lib/pyspark.zip/pyspark/serializers.py", line 164, in _read_with_length
    return self.loads(obj)
  File "/usr/lib/spark/python/lib/pyspark.zip/pyspark/serializers.py", line 422, in loads
    return pickle.loads(obj)
MemoryError


  at org.apache.spark.api.python.PythonRDD$$anon$1.read(PythonRDD.scala:138)
  at org.apache.spark.api.python.PythonRDD$$anon$1.<init>(PythonRDD.scala:179)
  at org.apache.spark.api.python.PythonRDD.compute(PythonRDD.scala:97)
  at org.apache.spark.rdd.RDD.computeOrReadCheckpoint(RDD.scala:297)
  at org.apache.spark.rdd.RDD.iterator(RDD.scala:264)
  at org.apache.spark.scheduler.ResultTask.runTask(ResultTask.scala:66)
  at org.apache.spark.scheduler.Task.run(Task.scala:88)
  at org.apache.spark.executor.Executor$TaskRunner.run(Executor.scala:214)
  at java.util.concurrent.ThreadPoolExecutor.runWorker(ThreadPoolExecutor.java:1145)
  at org.apache.spark.scheduler.Task.run(Task.scala:88)
  at org.apache.spark.executor.Executor$TaskRunner.run(Executor.scala:214)
  at java.util.concurrent.ThreadPoolExecutor.runWorker(ThreadPoolExecutor.java:1145)
  at java.util.concurrent.ThreadPoolExecutor$Worker.run(ThreadPoolExecutor.java:615)
  at java.lang.Thread.run(Thread.java:745)

16/05/25 23:57:15 ERROR TaskSetManager: Task 17 in stage 0.0 failed 4 times; aborting job
---------------------------------------------------------------------------
Py4JJavaError                             Traceback (most recent call last)
<ipython-input-1-7a262fdfa561> in <module>()
      7 joined_rdd.persist()
      8 print('persist called')
----> 9 print('count: {}'.format(joined_rdd.count()))

/usr/lib/spark/python/pyspark/rdd.py in count(self)
   1004         3
   1005         """
-> 1006         return self.mapPartitions(lambda i: [sum(1 for _ in i)]).sum()
   1007
   1008     def stats(self):

/usr/lib/spark/python/pyspark/rdd.py in sum(self)
    995         6.0
    996         """
--> 997         return self.mapPartitions(lambda x: [sum(x)]).fold(0, operator.add)
    998
    999     def count(self):

/usr/lib/spark/python/pyspark/rdd.py in fold(self, zeroValue, op)
    869         # zeroValue provided to each partition is unique from the one provided
    870         # to the final reduce call
--> 871         vals = self.mapPartitions(func).collect()
    872         return reduce(op, vals, zeroValue)
    873

/usr/lib/spark/python/pyspark/rdd.py in collect(self)
    771         """
    772         with SCCallSiteSync(self.context) as css:
--> 773             port = self.ctx._jvm.PythonRDD.collectAndServe(self._jrdd.rdd())
    774         return list(_load_from_socket(port, self._jrdd_deserializer))
    775

/usr/lib/spark/python/lib/py4j-0.8.2.1-src.zip/py4j/java_gateway.py in __call__(self, *args)

  at py4j.reflection.MethodInvoker.invoke(MethodInvoker.java:231)
  at py4j.reflection.ReflectionEngine.invoke(ReflectionEngine.java:379)
  at py4j.Gateway.invoke(Gateway.java:259)
  at py4j.commands.AbstractCommand.invokeMethod(AbstractCommand.java:133)
  at py4j.commands.CallCommand.execute(CallCommand.java:79)
  at py4j.GatewayConnection.run(GatewayConnection.java:207)
  at java.lang.Thread.run(Thread.java:745)

我已经看到以前的线程关于 pickle 反序列化的内存使用是一个问题。但是,我希望广播变量仅被反序列化(并在执行程序上加载到内存中)一次,随后对 .value 的引用将引用该内存地址。然而,情况似乎并非如此。我错过了什么吗?

我看到的广播变量示例将它们作为字典,用于一次转换一组数据(即用机场名称替换机场首字母缩写词)。将它们保留在这里的动机是创建具有广播变量知识的对象以及如何与之交互、保留这些对象并使用它们执行多项计算(spark 负责将它们保存在内存中)。

使用大型(100 MB 以上)广播变量有哪些技巧?坚持广播变量是否被误导?这可能是 PySpark 特有的问题吗?

谢谢!感谢您的帮助。

请注意,我还在 databricks forums 上发布了这个问题

编辑 - 后续问题:

建议默认的 Spark 序列化器的批处理大小为 65337。在不同批处理中序列化的对象不会被识别为相同的,并且会分配不同的内存地址,通过内置的 id 函数检查.然而,即使使用理论上需要 256 批序列化的更大广播变量,我仍然只能看到 2 个不同的副本。我不应该看更多吗?我对批量序列化工作原理的理解有误吗?

>>> sc.serializer.bestSize
65536
>>> import cPickle as pickle
>>> broadcast_data = {k: v for (k, v) in enumerate(range(int(1e6)))}
>>> len(pickle.dumps(broadcast_data))
16777786
>>> len(pickle.dumps({k: v for (k, v) in enumerate(range(int(1e6)))})) / sc.serializer.bestSize
256
>>> bd = sc.broadcast(broadcast_data)
>>> rdd = sc.parallelize(range(100), 1).map(lambda _: bd.value)
>>> rdd.map(id).distinct().count()
1
>>> rdd.cache().count()
100
>>> rdd.map(id).distinct().count()
2

最佳答案

嗯,细节决定成败。要了解发生这种情况的原因,我们必须仔细研究 PySpark 序列化程序。首先让我们使用默认设置创建 SparkContext:

from pyspark import SparkContext

sc = SparkContext("local", "foo")

并检查什么是默认序列化程序:

sc.serializer
## AutoBatchedSerializer(PickleSerializer())

sc.serializer.bestSize
## 65536

它告诉我们三个不同的事情:

  • 这是AutoBatchedSerializer序列化器
  • 它正在使用 PickleSerializer 来执行实际工作
  • 序列化批处理的
  • bestSize为65536字节

快速浏览 at the source code将向您展示此序列化在运行时调整当时序列化的记录数,并尝试使批处理大小小于 10 * bestSize。重要的一点是,并非单个分区中的所有记录都同时序列化。

我们可以通过如下实验验证:

from operator import add

bd = sc.broadcast({})

rdd = sc.parallelize(range(10), 1).map(lambda _: bd.value)
rdd.map(id).distinct().count()
## 1

rdd.cache().count()
## 10

rdd.map(id).distinct().count()
## 2

正如您在序列化-反序列化之后的这个简单示例中所看到的,我们得到了两个不同的对象。您可以直接使用 pickle 观察到类似的行为:

v = {}
vs = [v, v, v, v]

v1, *_, v4 = pickle.loads(pickle.dumps(vs))
v1 is v4
## True

(v1_, v2_), (v3_, v4_) = (
    pickle.loads(pickle.dumps(vs[:2])),
    pickle.loads(pickle.dumps(vs[2:]))
)

v1_ is v4_
## False

v3_ is v4_
## True

在同一个批处理引用中序列化的值,在 unpickling 之后,同一个对象。来自不同批处理的值指向不同的对象。

在实践中,Spark 有多个序列化和不同的序列化策略。例如,您可以使用无限大小的批处理:

from pyspark.serializers import BatchedSerializer, PickleSerializer

rdd_ = (sc.parallelize(range(10), 1).map(lambda _: bd.value)
    ._reserialize(BatchedSerializer(PickleSerializer())))
rdd_.cache().count()

rdd_.map(id).distinct().count()
## 1

您可以通过将 serializer 和/或 batchSize 参数传递给 SparkContext 构造函数来更改序列化器:

sc = SparkContext(
    "local", "bar",
    serializer=PickleSerializer(),  # Default serializer
    # Unlimited batch size -> BatchedSerializer instead of AutoBatchedSerializer
    batchSize=-1  
)

sc.serializer
## BatchedSerializer(PickleSerializer(), -1)

选择不同的序列化器和批处理策略会导致不同的权衡(速度、序列化任意对象的能力、内存要求等)。

您还应该记住,Spark 中的广播变量不会在执行线程之间共享,因此同一个 worker 可以同时存在多个反序列化副本。

此外,如果您执行需要改组的转换,您会看到与此类似的行为。

关于python - 正确使用大广播变量的技巧?,我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题: https://stackoverflow.com/questions/37468405/

有关python - 正确使用大广播变量的技巧?的更多相关文章

  1. ruby - 如何使用 Nokogiri 的 xpath 和 at_xpath 方法 - 2

    我正在学习如何使用Nokogiri,根据这段代码我遇到了一些问题:require'rubygems'require'mechanize'post_agent=WWW::Mechanize.newpost_page=post_agent.get('http://www.vbulletin.org/forum/showthread.php?t=230708')puts"\nabsolutepathwithtbodygivesnil"putspost_page.parser.xpath('/html/body/div/div/div/div/div/table/tbody/tr/td/div

  2. ruby - 使用 RubyZip 生成 ZIP 文件时设置压缩级别 - 2

    我有一个Ruby程序,它使用rubyzip压缩XML文件的目录树。gem。我的问题是文件开始变得很重,我想提高压缩级别,因为压缩时间不是问题。我在rubyzipdocumentation中找不到一种为创建的ZIP文件指定压缩级别的方法。有人知道如何更改此设置吗?是否有另一个允许指定压缩级别的Ruby库? 最佳答案 这是我通过查看ruby​​zip内部创建的代码。level=Zlib::BEST_COMPRESSIONZip::ZipOutputStream.open(zip_file)do|zip|Dir.glob("**/*")d

  3. ruby - 为什么我可以在 Ruby 中使用 Object#send 访问私有(private)/ protected 方法? - 2

    类classAprivatedeffooputs:fooendpublicdefbarputs:barendprivatedefzimputs:zimendprotecteddefdibputs:dibendendA的实例a=A.new测试a.foorescueputs:faila.barrescueputs:faila.zimrescueputs:faila.dibrescueputs:faila.gazrescueputs:fail测试输出failbarfailfailfail.发送测试[:foo,:bar,:zim,:dib,:gaz].each{|m|a.send(m)resc

  4. ruby-on-rails - 使用 Ruby on Rails 进行自动化测试 - 最佳实践 - 2

    很好奇,就使用ruby​​onrails自动化单元测试而言,你们正在做什么?您是否创建了一个脚本来在cron中运行rake作业并将结果邮寄给您?git中的预提交Hook?只是手动调用?我完全理解测试,但想知道在错误发生之前捕获错误的最佳实践是什么。让我们理所当然地认为测试本身是完美无缺的,并且可以正常工作。下一步是什么以确保他们在正确的时间将可能有害的结果传达给您? 最佳答案 不确定您到底想听什么,但是有几个级别的自动代码库控制:在处理某项功能时,您可以使用类似autotest的内容获得关于哪些有效,哪些无效的即时反馈。要确保您的提

  5. ruby - 在 Ruby 中使用匿名模块 - 2

    假设我做了一个模块如下:m=Module.newdoclassCendend三个问题:除了对m的引用之外,还有什么方法可以访问C和m中的其他内容?我可以在创建匿名模块后为其命名吗(就像我输入“module...”一样)?如何在使用完匿名模块后将其删除,使其定义的常量不再存在? 最佳答案 三个答案:是的,使用ObjectSpace.此代码使c引用你的类(class)C不引用m:c=nilObjectSpace.each_object{|obj|c=objif(Class===objandobj.name=~/::C$/)}当然这取决于

  6. ruby - 使用 ruby​​ 和 savon 的 SOAP 服务 - 2

    我正在尝试使用ruby​​和Savon来使用网络服务。测试服务为http://www.webservicex.net/WS/WSDetails.aspx?WSID=9&CATID=2require'rubygems'require'savon'client=Savon::Client.new"http://www.webservicex.net/stockquote.asmx?WSDL"client.get_quotedo|soap|soap.body={:symbol=>"AAPL"}end返回SOAP异常。检查soap信封,在我看来soap请求没有正确的命名空间。任何人都可以建议我

  7. python - 如何使用 Ruby 或 Python 创建一系列高音调和低音调的蜂鸣声? - 2

    关闭。这个问题是opinion-based.它目前不接受答案。想要改进这个问题?更新问题,以便editingthispost可以用事实和引用来回答它.关闭4年前。Improvethisquestion我想在固定时间创建一系列低音和高音调的哔哔声。例如:在150毫秒时发出高音调的蜂鸣声在151毫秒时发出低音调的蜂鸣声200毫秒时发出低音调的蜂鸣声250毫秒的高音调蜂鸣声有没有办法在Ruby或Python中做到这一点?我真的不在乎输出编码是什么(.wav、.mp3、.ogg等等),但我确实想创建一个输出文件。

  8. ruby-on-rails - 'compass watch' 是如何工作的/它是如何与 rails 一起使用的 - 2

    我在我的项目目录中完成了compasscreate.和compassinitrails。几个问题:我已将我的.sass文件放在public/stylesheets中。这是放置它们的正确位置吗?当我运行compasswatch时,它不会自动编译这些.sass文件。我必须手动指定文件:compasswatchpublic/stylesheets/myfile.sass等。如何让它自动运行?文件ie.css、print.css和screen.css已放在stylesheets/compiled。如何在编译后不让它们重新出现的情况下删除它们?我自己编译的.sass文件编译成compiled/t

  9. ruby - 使用 ruby​​ 将 HTML 转换为纯文本并维护结构/格式 - 2

    我想将html转换为纯文本。不过,我不想只删除标签,我想智能地保留尽可能多的格式。为插入换行符标签,检测段落并格式化它们等。输入非常简单,通常是格式良好的html(不是整个文档,只是一堆内容,通常没有anchor或图像)。我可以将几个正则表达式放在一起,让我达到80%,但我认为可能有一些现有的解决方案更智能。 最佳答案 首先,不要尝试为此使用正则表达式。很有可能你会想出一个脆弱/脆弱的解决方案,它会随着HTML的变化而崩溃,或者很难管理和维护。您可以使用Nokogiri快速解析HTML并提取文本:require'nokogiri'h

  10. ruby - 在 64 位 Snow Leopard 上使用 rvm、postgres 9.0、ruby 1.9.2-p136 安装 pg gem 时出现问题 - 2

    我想为Heroku构建一个Rails3应用程序。他们使用Postgres作为他们的数据库,所以我通过MacPorts安装了postgres9.0。现在我需要一个postgresgem并且共识是出于性能原因你想要pggem。但是我对我得到的错误感到非常困惑当我尝试在rvm下通过geminstall安装pg时。我已经非常明确地指定了所有postgres目录的位置可以找到但仍然无法完成安装:$envARCHFLAGS='-archx86_64'geminstallpg--\--with-pg-config=/opt/local/var/db/postgresql90/defaultdb/po

随机推荐