我在 Mac OSX Lion 上使用 pandas 0.11.0(数据处理)和 statsmodels 0.4.3 进行逻辑回归以进行实际回归。
我将运行约 2,900 个不同的逻辑回归模型,需要将结果输出到 csv 文件并以特定方式格式化。
目前,我只知道执行 print result.summary() 将结果(如下)打印到 shell:
Logit Regression Results
==============================================================================
Dep. Variable: death_death No. Observations: 9752
Model: Logit Df Residuals: 9747
Method: MLE Df Model: 4
Date: Wed, 22 May 2013 Pseudo R-squ.: -0.02672
Time: 22:15:05 Log-Likelihood: -5806.9
converged: True LL-Null: -5655.8
LLR p-value: 1.000
===============================================================================
coef std err z P>|z| [95.0% Conf. Int.]
-------------------------------------------------------------------------------
age_age5064 -0.1999 0.055 -3.619 0.000 -0.308 -0.092
age_age6574 -0.2553 0.053 -4.847 0.000 -0.359 -0.152
sex_female -0.2515 0.044 -5.765 0.000 -0.337 -0.166
stage_early -0.1838 0.041 -4.528 0.000 -0.263 -0.104
access -0.0102 0.001 -16.381 0.000 -0.011 -0.009
===============================================================================
我还需要优势比,它由 print np.exp(result.params) 计算,并在 shell 中打印如下:
age_age5064 0.818842
age_age6574 0.774648
sex_female 0.777667
stage_early 0.832098
access 0.989859
dtype: float64
我需要的是将这些每个都以非常长的行形式写入 csv 文件(我不确定,在这一点上,我是否需要像 Log-Likelihood 这样的东西, 但为了彻底起见将其包括在内):
`Log-Likelihood, age_age5064_coef, age_age5064_std_err, age_age5064_z, age_age5064_p>|z|,...age_age6574_coef, age_age6574_std_err, ......access_coef, access_std_err, ....age_age5064_odds_ratio, age_age6574_odds_ratio, ...sex_female_odds_ratio,.....access_odds_ratio`
我想您已经明白了——一行很长,包含所有这些实际值,以及一个包含所有列名称的标题,格式相似。
我熟悉 Python 中的 csv 模块,并且越来越熟悉 pandas。不确定此信息是否可以格式化并存储在 pandas dataframe 中,然后在完成所有 ~2,900 个逻辑回归模型后使用 to_csv 写入文件;那肯定没问题。此外,在每个模型完成时编写它们也很好(使用 csv 模块)。
更新:
因此,我更多地查看了 statsmodels 站点,特别是试图弄清楚模型的结果是如何存储在类中的。看起来有一个名为“Results”的类,需要使用它。我认为使用此类的继承来创建另一个类,其中一些方法/运算符被更改可能是要走的路,以获得我需要的格式。我在这方面的经验很少,需要花很多时间来弄清楚(这很好)。如果有人可以提供帮助/有更多经验,那就太好了!
这是布置类(class)的站点:statsmodels results class
最佳答案
目前没有预制的参数表及其结果统计。
本质上,您需要自己堆叠所有结果,无论是在列表、numpy 数组还是 pandas DataFrame 中,都取决于您更方便的方式。
例如,如果我想要一个包含模型结果的 numpy 数组,llf 和摘要参数表中的结果,那么我可以使用
res_all = []
for res in results:
low, upp = res.confint().T # unpack columns
res_all.append(numpy.concatenate(([res.llf], res.params, res.tvalues, res.pvalues,
low, upp)))
但根据您跨模型的结构,与 pandas 保持一致可能会更好。
您可以编写一个辅助函数,从结果实例中获取所有结果并将它们连接成一行。
(我不确定按行写入csv最方便的是什么)
编辑:
这是一个将回归结果存储在数据框中的示例
https://github.com/statsmodels/statsmodels/blob/master/statsmodels/sandbox/multilinear.py#L21
循环在第 159 行。
summary() 和 statsmodels 之外的类似代码,例如 http://johnbeieler.org/py_apsrtable/用于组合多个结果,面向打印而不是存储变量。
关于Python 2.7 - statsmodels - 格式化和编写摘要输出,我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题: https://stackoverflow.com/questions/16705598/
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