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python - Pandas :将多列绘制为相同的 x 值

coder 2023-08-21 原文

跟进 previous question关于 Pandas 的数据分析。我现在想绘制我的数据，如下所示:

PrEST ID    Gene    Sequence        Ratio1    Ratio2    Ratio3
HPRR12  ATF1    TTPSAXXXXXXXXXTTTK  6.3222    4.0558    4.958   
HPRR23  CREB1   KIXXXXXXXXPGVPR     NaN       NaN       NaN     
HPRR23  CREB1   ILNXXXXXXXXGVPR     0.22691   2.077     NaN
HPRR15  ELK4    IEGDCEXXXXXXXGGK    1.177     NaN       12.073  
HPRR15  ELK4    SPXXXXXXXXXXXSVIK   8.66      14.755    NaN
HPRR15  ELK4    IEGDCXXXXXXXVSSSSK  15.745    7.9122    9.5966

...除了有更多的行，我实际上并不想绘制比率，而是从中得出一些其他计算值，但这对我的绘图问题无关紧要。我有一个数据框，看起来或多或少像上面的数据，我想要的是:

  • 每一行(3 个比率)应该根据行的 ID 绘制，作为点
  • 具有相同 ID 的所有行都应绘制到相同的 x 值/ID， 但用另一种颜色
  • x 刻度应该是 ID，并且(如果 可能)相应的基因(所以一些基因会出现 在几个 x ticks 上，因为它们有多个 ID 映射到它们)

下面是我以前的非 pandas 脚本版本生成的图像:

... 其中红色三角形表示超出用于设置 y 轴最大值的截止值的值。 ID 被涂黑了，但你应该能看到我在找什么。拷贝数本质上是在它们之上进行计算的比率，因此它们只是另一个数字，而不是我在上面的数据中显示的数字。

我试图在文档中找到类似的问题和解决方案，但一无所获。大多数人似乎需要用日期来做这件事，似乎有现成的绘图功能，这对我没有帮助(我认为)。非常感谢任何帮助!

最佳答案

跳过一些绘图的细节，得到:

  • 每一行(3 个比率)应该根据行的 ID 绘制，作为点
  • 具有相同 ID 的所有行都应绘制为相同的 x 值/ID，但使用另一种颜色
  • x ticks 应该是 ID，并且(如果可能的话)相应的基因(所以一些基因会出现在几个 x ticks 上，因为它们有多个 ID 映射到它们)

我建议您尝试使用 matplotlib 来处理绘图，并手动循环颜色。你可以使用类似的东西:

import matplotlib.pyplot as plt
import pandas as pd
import itertools
#data
df = pd.DataFrame(
    {'id': [1, 2, 3, 3],
     'labels': ['HPRR1234', 'HPRR4321', 'HPRR2345', 'HPRR2345'],
     'g': ['KRAS', 'KRAS', 'ELK4', 'ELK4'],
     'r1': [15, 9, 15, 1],
     'r2': [14, 8, 7, 0],
     'r3': [14, 16, 9, 12]})
#extra setup
plt.rcParams['xtick.major.pad'] = 8
#plotting style(s)
marker = itertools.cycle((',', '+', '.', 'o', '*'))
color = itertools.cycle(('b', 'g', 'r', 'c', 'm', 'y', 'k'))
#plot
fig = plt.figure()
ax = fig.add_subplot(111)
ax.plot(df['id'], df['r1'], ls='', ms=10, mew=2,
        marker=marker.next(), color=color.next())
ax.plot(df['id'], df['r2'], ls='', ms=10, mew=2,
        marker=marker.next(), color=color.next())
ax.plot(df['id'], df['r3'], ls='', ms=10, mew=2,
        marker=marker.next(), color=color.next())
# set the tick labels
ax.xaxis.set_ticks(df['id'])
ax.xaxis.set_ticklabels(df['labels'])
plt.setp(ax.get_xticklabels(), rotation='vertical', fontsize=12)
plt.tight_layout()
fig.savefig("example.pdf")

如果您有很多行，您可能需要更多颜色，但这至少显示了概念。

关于python - Pandas :将多列绘制为相同的 x 值，我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题： https://stackoverflow.com/questions/21109521/

多列python39sectionHPRRmatplotlibplotpandas

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