我有一个包含多个具有相同结构的 xml 文件的列表。其中一些有结构错误,因此无法读取,我无法手动控制它们,因为文件太多。我知道我需要暗示 try 或 trycatch 函数,我试图理解它们,但我不理解如何在我的案例中谨慎地使用它们。为了简化示例,我只想将它们全部转换为 csv。
library(XML)
k <- 1
Initial.files<- list.files("/My/Initial/Folder")
for(i in initial.files){
data<-dataTable(xmlToDataFrame(xmlParse(i)))
write.csv(data, file = paste("data",(k)".csv"))
k <- k+1
}
我得到的错误通常是这样的:
Start tag expected, '<' not found
Error in xmlToDataFrame(xmlParse(i)) :
error in evaluation the argument 'doc' in selecting a method for function 'xmlToDataFrame': Error 1: Start tag expected, '<' not found
为了处理我的问题,我必须重写我的第 5 行代码(我知道这是错误的):
data<- if(try(dataTable(xmlToDataFrame(xmlParse(i)))!= "try-error")
else{ haven't looked close to this because i didn't got that far...}...
我希望它读取文件并给我一个无法读取的文件路径列表。
xml文件的结构如下:
<ROWSET>
<ROW>
<line1>asdf</line1>
<line2>ghjk</line2>
</ROW>
</ROWSET>
最佳答案
这里是一个tryCatch的例子。当然,您可以用您的函数替换 read.table,它应该仍然有效。
第一个会捕获任何错误并只返回有错误的文件路径(我创建了两个测试文件——一个可以被 read.table 读取,另一个会报错)
f <- function(path = "~/desktop/test", ...) {
lf <- list.files(path = path, ...)
l <- lapply(lf, function(x) {
tryCatch(read.table(x, header = TRUE),
error = function(e) x)
})
setNames(l, basename(lf))
}
f(full.names = TRUE)
# $cool_test.txt
# cool test file
# 1 1 2 3
#
# $notcool_test.txt
# [1] "/Users/rawr/desktop/test/notcool_test.txt"
tryCatch 更强大,可以节省你很多时间
如果您希望以不同方式处理它们,您可以grep 特定文本的错误和/或警告。例如,在这里,如果我尝试读取的文件不存在,我想要一条消息。我想要那些存在但由于某种原因无法读取的文件路径。
f2 <- function(path = "~/desktop/test", ..., lf) {
lf <- if (!missing(lf)) lf else list.files(path = path, ...)
l <- lapply(lf, function(x) {
tryCatch(read.table(x, header = TRUE),
warning = function(w) if (grepl('No such file', w)) {
sprintf('%s does not exist', x)
} else sprintf('Some other warning for %s', x),
error = function(e) if (grepl('Error in scan', e)) {
message(sprintf('Check format of %s', x))
x
} else message(sprintf('Some other error for %s', x)))
})
setNames(l, basename(lf))
}
我添加了一个新参数,这样我就可以传递一个文件路径列表,而不是显示它如何处理不存在的文件:
lf <- c("/Users/rawr/desktop/test/cool_test.txt",
"/Users/rawr/desktop/test/notcool_test.txt",
"/Users/rawr/desktop/test/file_does_not_exist.txt")
(out <- f2(lf = lf))
# Check format of /Users/rawr/desktop/test/notcool_test.txt
# $cool_test.txt
# cool test file
# 1 1 2 3
#
# $notcool_test.txt
# [1] "/Users/rawr/desktop/test/notcool_test.txt"
#
# $file_does_not_exist.txt
# [1] "/Users/rawr/desktop/test/file_does_not_exist.txt does not exist"
现在您有了一个可以包含数据框、文件路径或其他消息的列表。可以过滤掉数据框,写法有很多种,这里介绍两种:
lapply(Filter(is.data.frame, out), function(x) do stuff)
for (ii in out)
if (is.data.frame(ii)) write.csv(ii) else print('not a data frame')
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