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【R画图学习22.1】进化树和气泡组合图

jjjscuedu 2023-10-06 原文

今天学习绘制下面这个paper里面的一个图。

从图中，可以看出，图片分成2个部分，左边是进化树，右边是类似气泡图。

下面我们用一组简单的文件进行测试：

进化树文件：

(((A8:0.9735669859,((A5:0.7219205995,A9:0.5385038075):0.6462689626,A1:0.3329299772):0.03139768029):0.06015197909,A10:0.4923124262):0.4108513703,(((A6:0.8690173309,A4:0.5830903472):0.309844861,(A3:0.5314095169,A7:0.8771070722):0.7551963951):0.5753640204,A2:0.7064118343):0.2585936433);

这个是一个简单的对每一个节点的分类文件：

library(ggtree)

library(treeio)

library(readxl)

library(tidyverse)

tree<-read.tree("tree.txt")

dat01<-read.table("group.txt",header=T)

tree<-full_join(tree,dat01,by="label")

p1<-ggtree(tree)+

geom_tiplab(align = TRUE,fontface=3)+

geom_tippoint(aes(color=groupinfo),

                show.legend = F,

                size=5)+

scale_color_manual(values = c('group1'='#df237b','group2'='#11926a'))+

xlim(0,3)

p1

然后，随机生成了一个基本的表达值文件，只做测试，不具备任何生物学意义。

dat02<-read.table("exp.txt",header=T)

dat02$tiplabel<-factor(dat02$tiplabel,levels = p1$data %>% na.omit() %>% arrange(y) %>% pull(label))   #主要调整控制气泡图中sample的顺序，和进化树保持一致

p2 <- ggplot(data=dat02,aes(x=FC,y=tiplabel))+

geom_point(aes(size=Mean,fill=groupinfo),shape=21)+

geom_vline(xintercept = 0,lty="dashed",color="grey")+

facet_wrap(~species,nrow = 1,scales = 'free')+

scale_fill_manual(values = c('group1'='#df237b','group2'='#11926a'))+

guides(size=guide_legend(order = 1), fill=guide_legend(order = 2))+

theme_minimal()+

theme(legend.position = 'bottom',

        legend.direction = 'vertical',

        legend.justification = c(0,0),

        axis.line.x = element_line(),

        axis.ticks.x = element_line(),

        axis.title.y = element_blank(),

        axis.text.y = element_blank(),

        panel.grid = element_blank(),

        strip.background = element_rect(fill = "grey"))

p2

library(patchwork)

p1+p2+plot_layout(widths = c(1,4))

画图进化sectionimagesupload

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