草庐IT

python - 使用 scipy curve_fit 正确拟合包括 x 中的错误？

coder 2023-08-13 原文

我正在尝试使用 scipy.optimize.curve_fit 拟合其中包含一些数据的直方图。如果我想在 y 中添加错误，我可以简单地通过对拟合应用 weight 来实现。但是如何在 x 中应用误差(即在直方图的情况下由于合并引起的误差)？

我的问题也适用于使用 curve_fit 或 polyfit 进行线性回归时 x 中的错误；我知道如何在 y 中添加错误，但不知道如何在 x 中添加错误。

这里有一个例子(部分来自 matplotlib documentation ):

import numpy as np
import pylab as P
from scipy.optimize import curve_fit

# create the data histogram
mu, sigma = 200, 25
x = mu + sigma*P.randn(10000)

# define fit function
def gauss(x, *p):
    A, mu, sigma = p
    return A*np.exp(-(x-mu)**2/(2*sigma**2))

# the histogram of the data
n, bins, patches = P.hist(x, 50, histtype='step')
sigma_n = np.sqrt(n)  # Adding Poisson errors in y
bin_centres = (bins[:-1] + bins[1:])/2
sigma_x = (bins[1] - bins[0])/np.sqrt(12)  # Binning error in x
P.setp(patches, 'facecolor', 'g', 'alpha', 0.75)

# fitting and plotting
p0 = [700, 200, 25]
popt, pcov = curve_fit(gauss, bin_centres, n, p0=p0, sigma=sigma_n, absolute_sigma=True)
x = np.arange(100, 300, 0.5)
fit = gauss(x, *popt)
P.plot(x, fit, 'r--')

现在，这个拟合(当它没有失败时)确实考虑了 y 误差 sigma_n，但我还没有找到让它考虑 sigma_x 的方法.我扫描了 scipy 邮件列表上的几个线程，发现了如何使用 absolute_sigma 值和 Stackoverflow 上关于 asymmetrical errors 的帖子，但与两个方向的错误无关。是否可以实现？

最佳答案

scipy.optmize.curve_fit 使用标准的非线性最小二乘优化，因此只会最小化响应变量的偏差。如果您想在要考虑的自变量中出现错误，可以尝试使用正交距离回归的 scipy.odr。顾名思义，它在自变量和因变量中都最小化。

请看下面的示例。 fit_type 参数确定 scipy.odr 是否执行完全 ODR(fit_type=0)或最小二乘优化(fit_type=2)。

编辑

虽然这个例子有效，但它没有多大意义，因为 y 数据是在嘈杂的 x 数据上计算的，这只会导致一个不等距的独立变量。我更新了示例，它现在还展示了如何使用 RealData，它允许指定数据的标准误差而不是权重。

from scipy.odr import ODR, Model, Data, RealData
import numpy as np
from pylab import *

def func(beta, x):
    y = beta[0]+beta[1]*x+beta[2]*x**3
    return y

#generate data
x = np.linspace(-3,2,100)
y = func([-2.3,7.0,-4.0], x)

# add some noise
x += np.random.normal(scale=0.3, size=100)
y += np.random.normal(scale=0.1, size=100)

data = RealData(x, y, 0.3, 0.1)
model = Model(func)

odr = ODR(data, model, [1,0,0])
odr.set_job(fit_type=2)
output = odr.run()

xn = np.linspace(-3,2,50)
yn = func(output.beta, xn)
hold(True)
plot(x,y,'ro')
plot(xn,yn,'k-',label='leastsq')
odr.set_job(fit_type=0)
output = odr.run()
yn = func(output.beta, xn)
plot(xn,yn,'g-',label='odr')
legend(loc=0)

关于python - 使用 scipy curve_fit 正确拟合包括 x 中的错误？，我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题： https://stackoverflow.com/questions/26058792/

curve_fitpythoncodesigmafitnumpyscipycurve-fitting

有关python - 使用 scipy curve_fit 正确拟合包括 x 中的错误？的更多相关文章

  1. ruby - 如何使用 Nokogiri 的 xpath 和 at_xpath 方法 - 2

    我正在学习如何使用Nokogiri，根据这段代码我遇到了一些问题:require'rubygems'require'mechanize'post_agent=WWW::Mechanize.newpost_page=post_agent.get('http://www.vbulletin.org/forum/showthread.php?t=230708')puts"\nabsolutepathwithtbodygivesnil"putspost_page.parser.xpath('/html/body/div/div/div/div/div/table/tbody/tr/td/div

  2. ruby - 如何从 ruby​​ 中的字符串运行任意对象方法？ - 2

    总的来说，我对ruby​​还比较陌生，我正在为我正在创建的对象编写一些rspec测试用例。许多测试用例都非常基础，我只是想确保正确填充和返回值。我想知道是否有办法使用循环结构来执行此操作。不必为我要测试的每个方法都设置一个assertEquals。例如:describeitem,"TestingtheItem"doit"willhaveanullvaluetostart"doitem=Item.new#HereIcoulddotheitem.name.shouldbe_nil#thenIcoulddoitem.category.shouldbe_nilendend但我想要一些方法来使用

  3. ruby - 使用 RubyZip 生成 ZIP 文件时设置压缩级别 - 2

    我有一个Ruby程序，它使用rubyzip压缩XML文件的目录树。gem。我的问题是文件开始变得很重，我想提高压缩级别，因为压缩时间不是问题。我在rubyzipdocumentation中找不到一种为创建的ZIP文件指定压缩级别的方法。有人知道如何更改此设置吗？是否有另一个允许指定压缩级别的Ruby库？ 最佳答案 这是我通过查看ruby​​zip内部创建的代码。level=Zlib::BEST_COMPRESSIONZip::ZipOutputStream.open(zip_file)do|zip|Dir.glob("**/*")d

  4. ruby - 为什么我可以在 Ruby 中使用 Object#send 访问私有(private)/ protected 方法？ - 2

    类classAprivatedeffooputs:fooendpublicdefbarputs:barendprivatedefzimputs:zimendprotecteddefdibputs:dibendendA的实例a=A.new测试a.foorescueputs:faila.barrescueputs:faila.zimrescueputs:faila.dibrescueputs:faila.gazrescueputs:fail测试输出failbarfailfailfail.发送测试[:foo,:bar,:zim,:dib,:gaz].each{|m|a.send(m)resc

  5. ruby-on-rails - 使用 Ruby on Rails 进行自动化测试 - 最佳实践 - 2

    很好奇，就使用ruby​​onrails自动化单元测试而言，你们正在做什么？您是否创建了一个脚本来在cron中运行rake作业并将结果邮寄给您？git中的预提交Hook？只是手动调用？我完全理解测试，但想知道在错误发生之前捕获错误的最佳实践是什么。让我们理所当然地认为测试本身是完美无缺的，并且可以正常工作。下一步是什么以确保他们在正确的时间将可能有害的结果传达给您？ 最佳答案 不确定您到底想听什么，但是有几个级别的自动代码库控制:在处理某项功能时，您可以使用类似autotest的内容获得关于哪些有效，哪些无效的即时反馈。要确保您的提

  6. ruby - 在 Ruby 中使用匿名模块 - 2

    假设我做了一个模块如下:m=Module.newdoclassCendend三个问题:除了对m的引用之外，还有什么方法可以访问C和m中的其他内容？我可以在创建匿名模块后为其命名吗(就像我输入“module...”一样)？如何在使用完匿名模块后将其删除，使其定义的常量不再存在？ 最佳答案 三个答案:是的，使用ObjectSpace.此代码使c引用你的类(class)C不引用m:c=nilObjectSpace.each_object{|obj|c=objif(Class===objandobj.name=~/::C$/)}当然这取决于

  7. ruby - 其他文件中的 Rake 任务 - 2

    我试图在一个项目中使用rake，如果我把所有东西都放到Rakefile中，它会很大并且很难读取/找到东西，所以我试着将每个命名空间放在lib/rake中它自己的文件中，我添加了这个到我的rake文件的顶部:Dir['#{File.dirname(__FILE__)}/lib/rake/*.rake'].map{|f|requiref}它加载文件没问题，但没有任务。我现在只有一个.rake文件作为测试，名为“servers.rake”，它看起来像这样:namespace:serverdotask:testdoputs"test"endend所以当我运行rakeserver:testid时

  8. ruby-on-rails - Ruby net/ldap 模块中的内存泄漏 - 2

    作为我的Rails应用程序的一部分，我编写了一个小导入程序，它从我们的LDAP系统中吸取数据并将其塞入一个用户表中。不幸的是，与LDAP相关的代码在遍历我们的32K用户时泄漏了大量内存，我一直无法弄清楚如何解决这个问题。这个问题似乎在某种程度上与LDAP库有关，因为当我删除对LDAP内容的调用时，内存使用情况会很好地稳定下来。此外，不断增加的对象是Net::BER::BerIdentifiedString和Net::BER::BerIdentifiedArray，它们都是LDAP库的一部分。当我运行导入时，内存使用量最终达到超过1GB的峰值。如果问题存在，我需要找到一些方法来更正我的代

  9. ruby - 使用 ruby​​ 和 savon 的 SOAP 服务 - 2

    我正在尝试使用ruby​​和Savon来使用网络服务。测试服务为http://www.webservicex.net/WS/WSDetails.aspx?WSID=9&CATID=2require'rubygems'require'savon'client=Savon::Client.new"http://www.webservicex.net/stockquote.asmx?WSDL"client.get_quotedo|soap|soap.body={:symbol=>"AAPL"}end返回SOAP异常。检查soap信封，在我看来soap请求没有正确的命名空间。任何人都可以建议我

  10. python - 如何使用 Ruby 或 Python 创建一系列高音调和低音调的蜂鸣声？ - 2

    关闭。这个问题是opinion-based.它目前不接受答案。想要改进这个问题？更新问题，以便editingthispost可以用事实和引用来回答它.关闭4年前。Improvethisquestion我想在固定时间创建一系列低音和高音调的哔哔声。例如:在150毫秒时发出高音调的蜂鸣声在151毫秒时发出低音调的蜂鸣声200毫秒时发出低音调的蜂鸣声250毫秒的高音调蜂鸣声有没有办法在Ruby或Python中做到这一点？我真的不在乎输出编码是什么(.wav、.mp3、.ogg等等)，但我确实想创建一个输出文件。

随机推荐