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python - 遍历和处理大型 (10GB+) 文本文件的最佳方法是什么?

coder 2023-10-10 原文

我需要遍历一个非常大的文本文件,大小为几千兆字节(准确地说是一个区域文件)。我需要对区域文件中的每个条目运行一些查询,然后将结果存储在可搜索的数据库中。

我目前选择的武器是 Python 和 MySQL,主要是因为我了解它们。不过,我不确定它们在处理这种大小的文件时效果如何。

在这方面有经验的人是否对打开和循环文件而不会使我的系统重载的最佳方式有任何建议?一旦我可以打开文件(线程?)并存储处理后的数据,处理文件的最有效方式如何?

最佳答案

尽管您可能无法将整个数据库存储在内存中,但在 MySQL 中存储如此大量的数据应该不会有任何真正的问题,因此预计会出现一些 IO 性能问题。一如既往,确保在运行查询之前拥有适当的索引。

最重要的是不要试图将整个文件加载到内存中。循环遍历文件,不要尝试使用像 readlines 这样的方法,它会一次加载整个文件。

确保对请求进行批处理。一次加载几千行并将它们全部发送到一个大的 SQL 请求中。

这种方法应该有效:

def push_batch(batch):
    # Send a big INSERT request to MySQL

current_batch = []
with open('filename') as f:
    for line in f:
        batch.append(line)

        if len(current_batch) > 1000:
            push_batch(current_batch)
            current_batch = []

    push_batch(current_batch)

区域文件的格式很正常,考虑一下你是否可以只使用 LOAD DATA INFILE .您还可以考虑创建一个命名管道,将部分格式化的数据从 python 推送到其中,然后使用 LOAD DATA INFILE 将其读入 MySQL。

MySQL 在 optimizing inserts 上有一些很棒的技巧, 一些亮点:

  • 在每个插入语句中使用多个值列表。
  • 使用 INSERT DELAYED,特别是当您同时从多个客户端推送时(例如使用线程)。
  • 在插入之前锁定您的表格。
  • 调整 key_buffer_size 和 bulk_insert_buffer_size。

最快的处理将在 MySQL 中完成,因此请考虑是否可以在数据进入数据库之后而不是之前进行所需的查询。如果您确实需要在 Python 中进行操作,线程将无济于事。一次只能执行一个 Python 代码线程 (GIL),因此除非您在 C 中花费大量时间或与外部资源接口(interface),否则您只会在一个线程中运行无论如何。

最重要的优化问题是什么是限制速度,如果数据库是限制因素,那么启动一堆线程来读取文件是没有意义的。真正知道的唯一方法是尝试并进行调整,直到它足够快以达到您的目的。

关于python - 遍历和处理大型 (10GB+) 文本文件的最佳方法是什么?,我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题: https://stackoverflow.com/questions/7975774/

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