我已经成功地为我正在编写的 compression testbed 实现了 BWT 阶段(使用常规字符串排序)。我可以应用 BWT，然后逆 BWT 变换，输出与输入匹配。现在我想使用后缀数组加速创建 BW 索引表。我发现了 2 个相对简单的、据说是快速的 O(n) 后缀数组创建算法，DC3 和 SA-IS，它们都带有 C++/C 源代码。我尝试使用源(开箱即用的编译 SA-IS 源也可以找到 here )，但未能获得正确的后缀数组/BWT 索引表。这是我所做的:
std::vector<int32_t> SuffixArray::generate(const std::vector<uint8_t> & data)
{
std::vector<int32_t> SA;
if (data.size() >= 2)
{
//copy data over. we need to append 3 zero bytes,
//as the algorithm expects T[n]=T[n+1]=T[n+2]=0
//also increase the symbol value by 1, because the algorithm alphabet is [1,K]
//(0 is used as an EOF marker)
std::vector<int32_t> T(data.size() + 3, 0);
std::copy(data.cbegin(), data.cend(), T.begin());
std::for_each(T.begin(), std::prev(T.end(), 3), [](int32_t & n){ n++; });
SA.resize(data.size());
SA_DC3(T.data(), SA.data(), data.size(), 256);
OR
//copy data over. we need to append a zero byte,
//as the algorithm expects T[n-1]=0 (where n is the size of its input data)
//also increase the symbol value by 1, because the algorithm alphabet is [1,K]
//(0 is used as an EOF marker)
std::vector<int32_t> T(data.size() + 1, 0);
std::copy(data.cbegin(), data.cend(), T.begin());
std::for_each(T.begin(), std::prev(T.end(), 1), [](int32_t & n){ n++; });
SA.resize(data.size() + 1); //crashes if not one extra byte at the end
SA_IS((unsigned char *)T.data(), SA.data(), data.size() + 1, 256, 4); //algorithm expects size including sentinel
std::rotate(SA.begin(), std::next(SA.begin()), SA.end()); //rotate left by one to get same result as DC3
SA.resize(data.size());
}
else
{
SA.push_back(0);
}
return SA;
}
void SuffixArray::toBWT(std::vector<int32_t> & SA)
{
std::for_each(SA.begin(), SA.end(), [SA](int32_t & n){ n = ((n - 1) < 0) ? (n + SA.size() - 1) : (n - 1); });
}
最佳答案
我现在已经想通了。我的解决方案有两方面。有人建议使用图书馆，我做到了 SAIS-lite作者森裕太。
真正的解决方案是复制和连接输入字符串并在此字符串上运行 SA 生成。保存输出字符串时，您需要过滤掉原始数据大小以上的所有 SA 索引。这不是一个理想的解决方案，因为您需要分配两倍的内存，复制两次并对两倍的数据量进行转换，但它仍然比 std::sort 快 50-70%。如果您有更好的解决方案，我很乐意听到。
您可以找到更新的代码 here .
关于c++ - 使用后缀数组算法进行 Burrows Wheeler 变换，我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题： https://stackoverflow.com/questions/34639854/
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